1. 질의내용 요약

□ 사실관계 및 질의요지

- ○○공단은 ×××법률에 의하여 설립된 비영리법인임.

- 당해법인의 주된 목적은 광산에서 발생하는 중금속 등 광해(鑛害)를 방지하면서 수질정화시설을 설치․가동함으로써 자연환경을 복구하는 사업과 폐광대칙과 관련된 사업임

- 목적사업에 직접 소요되는 비용은 대부분 정부로부터 출연받아 집행하나, 일부는 자체자금으로 하는 부분도 있음

- 정부의 출연금 중 일부를 수질정화시설물의 설치를 위한 토지구입 및 위 지상구조물의 설치, 토양․수질․광물찌꺼기 분석장비 등의 기구 및 비품 등을 취득하는데 사용함

＊ 당해 재산 소유권은 질의법인이며, 정부출연금은 법 제36조의 국고보조금이 아님

- 상기의 고정자산 취득비용이 법인세법 제29조의 고유목적사업에 지출한 것으로 볼 수 있는지 여부

【關聯法令】

□ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호부터 제10호까지의 이자소득의 금액 (2009. 12. 31. 개정)(이하생략)

□ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 (2006. 2. 9. 개정)(이하생략)

□ 법인세법 제61조 【준비금의 손금계상 특례】

① 내국법인이 「조세특례제한법」에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. (2006. 12. 30. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 준비금의 손금계상 및 그 금액의 처리에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정)

□ 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정) (이하생략)

□ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. (1999. 5. 24. 개정)

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다. (1999. 5. 24. 개정)

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다. (1999. 5. 24. 개정)

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. (2005. 2. 28. 후단개정)

□ 법인세법 기본통칙 113-156…3 【비영리법인의 잉여금의 범위】

① 규칙 제76조 제4항의 규정에서 “잉여금”이라 함은 이미 법인세가 과세된 소득(법 및 조세특례제한법에 의하여 비과세되거나 익금불산입된 금액을 포함한다)으로서 수익사업부문에 유보되어 있는 금액을 말한다. (2001. 11. 1. 개정)

② 규칙 제76조 제4항의 규정을 적용함에 있어 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 당해 자산가액을 다음 각호에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리하여야 한다. (2001. 11. 1. 개정)

1. 고유목적사업준비금 중 법 제29조의 규정에 의하여 손금산입된 금액(같은조 제2항 후단의 금액을 포함한다) (2001. 11. 1. 개정)

2. 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액

3. 법인세과세후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다)

4. 자본의 원입액

【關聯例規】

○ 법인46012-2758(1998.09.25)

【질의】

수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 수익사업에서 발행한 수익을 고유목적사업비로 지출한 경우에 지출금액 전액을 당해 사업연도의 손금으로 인정받는지, 아니면 지정기부금의 손금인정 한도내의 금액만 손금으로 인정되는 지 여부

【회신】

비영리내국법인이 법인세법 제12조의 2 제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하지 아니하고 수익사업에서 생긴 소득을 당해 법인의 고유목적사업 등에 직접 지출한 경우에 그 금액은 고유목적사업준비금을 계상하여 지출한 것으로 보는 것이므로, 같은법의 규정에 의한 고유목적사업준비금 한도액을 초과하여 지출한 금액은 이를 손금에 산입하지 아니하는 것임.

○ 법인46012-2088(1998.07.25)

【질의】

비영리법인이 기본재산 17억원(예금)과 보통재산 7억원(예금)을 보유하고 있으나 감독기관인 교육부의 권유에 의해 보통재산 1억원을 기본재산에 출연하고 1998년 5월에 등기를 마쳤을 경우

- 기본재산으로 전환된 1억원을 고유목적사업에 사용한 것으로 보아 기설정된 고유목적사업준비금과 상계할 수 있는지 여부

【회신】

비영리내국법인이 각 사업연도 소득금액계산시 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 계상한 후 수익사업에서 발생한 소득금액의 일부를 당해 법인의 기본재산에 편입한 경우에는 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 보지 아니하는 것임.