1. 질의내용 요약

가. 사실관계 및 질의요지

○ 甲교회(법인으로 보는 단체임)는 법인세법 시행령 제36조제1항제1호마목에 따른 지정기부금단체에 해당함

- 乙법인의 대표이사(최대주주)는 甲교회 대표(담임목사)의 장녀임

- 甲교회의 재산은 어느 특정 인물의 것이 아니라 교회에 출석하는 성도 모두가 공유하는 總有에 해당됨

○ 乙법인이 대표이사의 부친이 담임목사로 시무하는 甲교회에 지출하는 기부금이 지정기부금인지, 부당행위계산 부인대상에 해당하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

□ 법인세법 제4조 【실질과세】

① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)

□ 법인세법 제24조 【기부금의 손금불산입】

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. (1998. 12. 28. 개정) (이하생략)

□ 법인세법 시행령 제36조 【지정기부금의 범위 등】

① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기부금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2009. 2. 4. 개정)

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업연도(이하 “지정기간”이라 한다) 동안 지출하는 기부금에 한정한다. (2010. 2. 18. 개정)

마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다) (2009. 2. 4. 개정)

□ 법인세법 기본통칙 24-36…6 【특수관계있는 단체 등에 지출한 지정기부금의 처리】

영 제36조에 규정하는 단체 등과 특수관계있는 법인이 동 단체 등에 동조에 규정하는 각종 시설비, 교육비 또는 연구비 등으로 지출한 기부금이나 장학금은 이를 지정기부금으로 본다. (2001. 11. 1. 개정)

□ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)

□ 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 (2002. 12. 30. 개정)

3. 법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족 (1998. 12. 31. 개정)

□ 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2009. 2. 4. 개정)

5. 출연금을 대신 부담한 경우 (1998. 12. 31. 개정)

□ 법인세법 기본통칙 52-88…2 【조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 예시】

“조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”에는 법에서 규정하는 것을 제외하고, 다음 각호의 1에 해당되는 경우를 포함하는 것으로 한다.

2. 주주 등이 부담하여야 할 성질의 것을 법인이 부담한 때 (2001. 11. 1. 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인세과-1385(2009.12.8)

내국법인이 업무와 관계없이 「법인세법」제24조제1항에서 정한 비지정기부금을 지출한 경우 같은 법 시행령 제106조제1항제3호에 의하여 당해 금액을 손금불산입하고 기타사외유출로 소득처분하는 것이나, 사실상 법인의 대표이사가 부담하여야 할 성질의 금액을 법인이 대신 부담한 경우에는 대표이사에 대한 상여로 처분하여야 하는 것임.