1. 질의내용 요약

가. 사실관계 및 질의요지

○ 비영리 내국법인(교회)의 명의로 10년 전 교회인근에 사택(아파트)를 취득하고 목사님이 계속 10년간 거주하였음(3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 주택임)

○ 당해 법인이 주택을 양도할 경우 법인세법 제62조의2제1항에 따라 법인세가 비과세되더라도 제2항 및 제3항에 따라 소득세법을 준용하여 계산한 양도소득세 상당액을 별도로 납부하여야 하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (2008. 12. 26. 개정)

1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)

2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)

3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득 (2008. 12. 26. 신설)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

○ 법인세법 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2006. 12. 30. 개정)

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설)

3. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산 (2009. 12. 31. 신설)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2006. 12. 30. 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인46012-987(1998.04.22)

【질의】

1) 감독, 스테이크부장, 성전장 등이 교회명의로 취득한 주택에서 5년∼20년이상 거주하다 부득이한 사정으로 동주택을 매각하는 경우 법인세 및 특별부가세 대상여부와 양도차익 계산방법

2) 전도사의 사택인 국민주택규모 아파트를 취득하여 3년∼5년 거주후 타지역전출로 인하여 매각하는 경우 법인세 및 특별부가세 과세여부

【회신】

종교법인이 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하기 위하여 당해법인에 소속되어 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 성직자에게 사택으로 제공한 부동산은 법인세법시행령 제2조 제2항의 규정에 의한 “고유목적사업에 직접 사용한 고정자산” 및 조세감면규제법 제74조 제1항 제2호의 규정에 의한 “고유목적사업에 직접 사용한 토지등”에 해당되는 것이나, 교화업무를 전업으로 하는 성직자가 아닌 자가 사택으로 사용하는 부동산은 이에 해당하지 아니하는 것이며

위 사택이 처분일 현재 3년이상 계속하여 고유목적사업에 사용되었는지 여부 및 당해법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도하였는지 등은 사실판단할 사항임.