1. 질의내용 요약
○ 사실관계 및 질의요지
-지식경제부가 연구용역 발주하고 대학교과 기업이 컨소시엄을 구성하여 대학교를 주관기관, 기업을 참여기관으로 하여 연구과세를 수행하고 있음
- 연구과제의 결과물 소유권은 주관기관, 참여기관, 주관기관․참여기관 공동소유로 나누어 가짐
- 상기와 같이 기업이 대학교와 컨소시엄을 구성하여 국가출연금으로 국책연구과제를 수행하는 경우 계산서를 교부하여야 하는지
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부등】
① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.
② 「부가가치세법」 제12조제1항제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자 또는 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 당해 재화를 공급받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 제1항의 규정에 의하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서등을 교부하는 경우에는 그러하지 아니하다.
나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)
기업의 연구기관 등이 국가연구개발 사업에 참여하여 정부로부터 출연금 또는 국고보조금을 직접 수령하지 않고 해당 연구의 주관연구기관으로부터 수령하는 경우 해당 출연금 또는 국고보조금이 연구관련 재화 또는 용역 제공에 대한 대가에 해당되지 않는 경우에는 계산서를 교부하지 아니하는 것이며, 이 경우 출연금 또는 국고보조금이 재화 또는 용역 제공의 대가인지 여부는 협약 내용에 따라 연구개발 결과물의 소유권을 출연금 또는 국고보조금의 제공자가 취득하는지 여부 등을 고려하여 사실 판단할 사항임
○ 서면3팀-823, 2006.05.02
부가가치세 과세표준은 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하는 것이나, 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 제48조 제10항의 규정에 의해 과세표준에 포함하지 아니하는 것임. 다만, 귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 사업수행에 대한 계약관계, 보조사업의 수행자에 해당하는지 등을 종합적으로 사실판단 하여야 하는 것임
○ 서면2팀-1976, 2005.12.05
비영리법인이 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정에 의하여 정부 또는 국가기관과 연구 개발협약을 체결하고 연구개발에 소요되는 비용을 주관연구기관의 자격으로 국가로부터 출연금의 형태로 지급 받아 이를 세부연구 기관에 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 지급하는 경우 동출연금에 대하여는 법인세법 제121조의 규정에 의한 계산서 작성ㆍ교부의무가 없는 것이므로, 귀 질의의 경우가 연구용역의 대가관계에 의하여 지급되는 것인지 위의 경우에 해당하는 것인지에 대하여는 사실판단 하여야 하는 것임.
기업의 연구기관이 국가연구개발사업에 참여하여 정부로부터 출연금을 지급받는 경우, 정부로부터 출연금을 직접 수령하지 않고 해당 연구관련 주관연구기관으로부터 출연금을 수령하며, 해당 출연금이 연구관련 재화 또는 용역의 제공에 대한 대가에 해당하지 않는 경우에는 계산서를 교부하여야 하는 대상에 해당하지 않는 것임.