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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

당사는 해운업 및 기타사업을 영위하는 회사로서

 - 조특법 제104조의10에서 규정한 톤세제 적용을 받고 있으며, 해운소득과 비해운소득에 대해 구분경리하고 있음

- 공통사업과 관련된 공통익금은 해운소득과 비해운소득의 수입금액으로, 공통손금은 해운소득과 비해운소득의 개별손금비율로 안분하여 신고하고 있음

공통자산을 2005.1.1 매입하여 정액법으로 감가상각하며, 회계상 내용연수는 5년, 법인세법상 신고내용년수는 10년으로 되어 있으며, 2009년에 동 공통자산을 매각하였으며 연도별 감가상각부인액은 아래와 같음

○ 질의내용

해운소득과 비해운소득에 공통으로 사용하던 자산의 처분시 감가상각 한도초과액의 손금추인액중 비해운소득으로 안분할 금액계산

 - 각 사업연도별로 비해운소득관련 손금불산입액에 대하여 단순집계 또는 당해사업연도 개별손금비율로 계산한 금액을 손금추인 여부

톤세제 포기후 매각하는 경우 공통자산의 손금추인 방법

 - 유보금액 전체를 손금추인 또는 비해운소득부분에 대한 금액만 손금추인

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제104조의10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

① 내국법인 중 「해운법」상 외항운송사업의 경영 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 "해운기업"이라 한다)의 법인세과세표준은 2014년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다.

1. 외항운송 활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제13조부터 제54조까지의 규정에도 불구하고 선박별로 다음 계산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 "선박표준이익"이라 한다) 개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 톤당 1운항일 이익 × 운항일수 × 사용률

2. 해운소득 외의 소득(이하 이 조에서 "비해운소득"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제13조부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 금액

② 제1항에 따른 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라 한다)를 적용받으려는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받으려는 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도(이하 "과세표준계산특례적용기간"이라 한다) 동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. 다만, 과세표준계산특례를 적용받고 있는 해운기업은 2010년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기할 수 있다.

③ 제1항을 적용할 때 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 합산하지 아니하며, 해운소득에 대해서는 이 법, 「국세기본법」 및 조약과 제3조제1항 각 호에 규정된 법률에 따른 비과세, 세액면제, 세액감면, 세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다.

④ 해운소득에 「법인세법」 제73조에 따라 원천징수된 소득이 포함되어 있는 경우 그 소득에 대한 원천징수세액은 법인세의 산출세액에서 이미 납부한 세액으로 공제하지 아니한다.

⑤ 과세표준계산특례 적용을 받기 전에 발생한 이월결손금은 제1항 각 호의 금액 계산 시 공제하지 아니한다.

⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간 동안 제1항에 따른 요건을 2개 사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 해당 과세표준계산특례적용기간의 남은 기간과 다음 5개 사업연도 기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다.

⑦ 과세표준계산특례를 적용받는 내국법인이 「법인세법」 제63조제4항에 따라 중간예납을 하는 경우 중간예납의 과세표준은 제1항부터 제5항까지의 규정에 따라 계산한 금액으로 하고, 같은 법 제63조제4항제1호 및 제2호는 비해운소득과 관련된 부분에 대해서만 적용한다.

⑧ 제1항을 적용할 때 톤당 1운항일 이익은 선박톤수, 해운기업의 운항소득, 법인세 납부 실적 및 외국의 운영 사례 등을 고려하여 톤당 30원을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정한다.

⑨ 운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 「법인세법」을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조특법시행령 제104조의7【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

⑥ 특례적용기업은 법 제104조의10제2항 본문에 따른 과세표준계산특례적용기간(이하 이 조에서 "특례적용기간"이라 한다)에 속하는 사업연도(제5항에 따라 제출된 국토해양부장관의 확인서에 의하여 요건의 충족을 확인할 수 있는 사업연도는 제외한다)의 과세표준을 신고하는 때에 기획재정부령으로 정하는 해운기업의 법인세과세표준계산특례 요건명세서에 제1항에 따른 요건의 충족여부에 대한 국토해양부장관의 확인서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 특례적용기업이 법 제104조의10제2항 단서에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기하려는 때에는 과세표준계산특례를 적용받지 아니하려는 최초 사업연도의 과세표준신고기한까지 기획재정부령으로 정하는 해운기업의 법인세 과세표준계산특례 포기신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2009.6.19 부칙>

⑧ 특례적용기업은 특례적용기간이 종료되거나 제1항에 따른 요건을 위반하거나 법 제104조의10제2항 단서에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기함으로써 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 「법인세법」을 적용받게 되는 경우에는 특례적용기간에도 계속하여 「법인세법」을 적용받은 것으로 보고 각 사업연도의 소득을 계산한다. 다만, 다음 각 호의 「법인세법」 규정을 적용하는 때에는 각각 해당 호의 계산방법에 따른다. <신설 2009.2.4 부칙, 2009.6.19 부칙>

1.「법인세법」 제19조의2를 적용할 때에는 같은 조 제1항의 대손금으로서 같은 법 시행령 제19조의2제1항 각 호의 채권을 회수할 수 없는 사유가 특례적용기간에 발생한 경우에는 같은 조 제3항에도 불구하고 해당 사유가 발생한 사업연도에 손금에 산입한 것으로 본다.

2. 「법인세법」 제23조를 적용할 때 같은 조 제1항의 상각범위액은 같은 법 시행령 제30조를 준용하여 계산한다. 이 경우 특례적용기간에 「법인세법 시행령」 제26조제1항 각 호의 구분을 달리하는 고정자산이나 같은 법 시행령 제28조제1항제2호의 자산별ㆍ업종별 구분에 따른 기준내용연수가 다른 고정자산을 새로 취득한 경우에는 같은 법 시행령 제26조제3항 및 제28조제3항에도 불구하고 해당 자산에 관한 감가상각방법신고서 또는 내용연수신고서를 「법인세법」을 적용받게 된 최초 사업연도의 법인세 과세표준신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)할 수 있다.

3.「법인세법」 제33조를 적용할 때 특례적용기간에는 같은 법 시행령 제60조제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 계산한 각 사업연도의 퇴직급여충당금의 손금산입 한도액에 해당하는 금액을 해당 사업연도에 퇴직급여충당금으로서 손금에 산입한 것으로 보고 같은 조 제2항의 퇴직급여충당금의 누적액을 계산한다.

4.「법인세법」 제13조ㆍ제34조 및 이 법 제144조를 적용할 때에는 다음 각 목에 따른다. 다만, 해당 법인이 「법인세법」을 적용받게 된 최초 사업연도의 과세표준신고기한까지 특례적용기간에 관하여 「법인세법」 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서 등 기획재정부령으로 정하는 서류를 작성하여 같은 조 제1항에 따른 신고와 함께 납세지 관할세무서장에게 제출하는 경우에는 특례적용기간에도 계속하여 「법인세법」을 적용받은 것으로 보고 같은 법 제13조ㆍ제34조 및 이 법 제144조를 적용한다.

가.「법인세법」 제13조를 적용할 때에는 같은 조 제1호에도 불구하고 특례적용기간의 종료일 현재의 같은 법 시행령 제18조제1항에 따른 이월결손금의 잔액은 없는 것으로 본다.

나.「법인세법」 제34조를 적용할 때에는 같은 조 제4항에도 불구하고 과세표준계산특례를 적용받기 직전 사업연도 종료일 현재의 대손충당금 잔액은 「법인세법」을 적용받게 된 최초 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

다. 이 법 제144조를 적용할 때에는 같은 조 제1항에도 불구하고 같은 항에 따라 이월된 특례적용기간의 종료일 현재의 미공제금액은 없는 것으로 본다.

⑨ 특례적용기업은 해운소득과 비해운소득을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 하고, 해운소득과 비해운소득에 공통되는 익금과 손금은 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 안분하여 계산한다.

-> (법인세법 시행규칙 제76조 제6항 준용하여 계산하는 방법을 말함)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-70. 2006.1.10

1.「조세특례제한법」 제23조의 규정에 의한 국제선박양도차익을 계산하기 위하여 양도가액에서 장부가액을 차감하는 경우의 장부가액은 「조세특례제한법」 제30조의 규정에 의한 감가상각비의 손금산입 특례 적용을 감안한 장부가액을 의미하는 것이며

2. 세법의 적용과 관련한 기간계산의 최소단위는 일(日)수에 의하여 계산하는 것이므로 세법에서 별도의 규정이 없이 특정소득을 기간에 따라 안분하여 계산하는 경우의 기준은 보유기간을 일수로 안분하여 계산하는 것이며

3. 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례 적용대상 기업에 대한 해운소득과 비해운소득은 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 하며 해운소득과 비해운소득에 공통되는 익금과 손금은 「법인세법 시행규칙」 제76조 제6항 “ 비영리법인의 수익사업과 기타사업의 공통손익 안분계산방법”을 준용하여 안분계산하는 것임.