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1. 질의내용 요약

○ 질의요지

○사실관계

당 조합은 국가‧자방자치단체로부터 국고보조금을 받음

 - 지역특화사업(축산분야)보조금 : 계란집하장 및 관리실 신축에

 - 고품질 축산물 위생포장재 지원사업 보조금 : 계란포장재 디자인 및 구입비용으로 사용

 - 당해 조합의 정관 제4조(사업)에 계란 유통업 및 계란 도소매업이 포함되어 있음

 - 제3자로부터 무상으로 받는 포장재(사업목적에 사용가능)의 처분으로 발생한 자산수증이익이나 이자수익, 장려금/후원금 등이 있음

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조특법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "농업소득"이라 한다) 전액과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

○ 조특법 시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

 ① 법 제66조제1항의 규정에 의하여 농업소득외의 소득 중 법인세가 면제되는 소득금액은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다.

                { 1천200만원 ×조합원 수 × (사업연도월수/12) }

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제11조【조합법인의 사업】

 ① 영농조합법인의 사업은 다음 각 호와 같다.

  1. 농업의 경영 및 그 부대사업

  2. 농업과 관련된 공동이용시설의 설치ㆍ운영

  3. 농산물의 공동 출하ㆍ가공 및 수출

  4. 농작업의 대행

  5. 그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업

○ 조세특례제한법 제143조 【구분경리】

　① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 감면대상사업 이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

　② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다.

　③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다.

○ 조세특례제한법 기본통칙 143-0…1 【 구분경리 】

　법 제143조 제1항에 규정하는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에 있어서 영 제136조 제1항의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법시행령 제156조 및 같은법시행규칙 제75조의 규정을 준용하는 것으로 구분경리 대상법인의 익금과 손금의 구분계산은 법 및 다른 법에 특별히 정한 것을 제외하고는 법인세법기본통칙 113-156…6에 의한다.(2002.04.15 개정)

○ 조세특례제한법 시행령 제136조 【구분경리】

　①법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 「법인세법」 제113조의 규정을 준용한다. <개정 2005.2.19 부칙>

○ 법인세법 제113조 【구분경리】

　⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 영위하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2008.12.26 부칙>

○ 법인세법 시행령 제156조 【구분경리】

　①법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. <개정 2008.2.29 부칙, 2009.2.4 부칙>

○ 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】

　①영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

　②법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조제6항제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다.

○ 법인세법 기본통칙 113-156…6 【 개별손익·공통손익 등의 계산 】

　규칙 제75조 제2항의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타사업을 겸영하는 법인의 익금과 손금의 구분계산은 법에 특별히 규정한 것을 제외하고는 다음과 같이 계산한다.(2001.11.01 개정)

 1. 개별익금

 가. 매출액 또는 수입금액은 소득구분계산의 기준으로서 이는 개별익금으로 구분한다.

 나. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생하는 부수수익은 개별익금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.

   (1) 부산물ㆍ작업폐물의 매출액　　　 (2) 채무면제익

   (3) 원가차익　　　　　　　　　　　 (4) 채권추심익

   (5) 지출된 손금 중 환입된 금액　　 (6) 준비금 및 충당금의 환입액

 다. 영업외수익과 특별이익 중 과세사업의 개별익금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.

   (1) 수입배당금　　　　　　　　 (2) 수입이자

   (3) 유가증권처분익　　　　　　 (4) 수입임대료

   (5) 가지급금인정이자　　　　　 (6) 고정자산처분익

   (7) 수증익

         ( 이하 생략 )

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인세과-604, 2010.06.29 및 법규과-564, 2010.4.3

 영농조합법인이 지방자치단체로부터 현대화된 산지유통시설 건립, 농산물관리제도 시설보완, 찰보리 건조 및 저장시설의 지원과 관련하여 지급받은 보조금은「조세특례제한법」제66조제1항의 “농업소득 외의 소득”에 해당되지 아니하는 것입니다.

○ 법규과-232 (2007.01.15)

「농업ㆍ농촌기본법」에 의하여 설립된 농업회사법인이 「쌀소득 등의 보전에 관한 법률」 제4조의 규정에 의하여 지급받는 직접지불금은 「조세특례제한법」 제68조의 규정에 의하여 법인세가 면제되는 농업소득에 해당하는 것이나,

 당해 법인이 받는 MMF이자수입 및 은행예금이자수입은 「조세특례제한법」 제68조의 규정에 의하여 법인세가 면제 또는 감면되는 소득에 해당하지 않는 것입니다.

○ 법규과-4880, 2008.11.20.

｢농업･농촌기본법｣에 따른 영농조합법인이 영위하는 주유소에서 발생한 소득은 ｢조세특례제한법｣ 제66조제1항의 “농업소득 외 소득”에 해당하지 아니하는 것임

○ 재법인-218, 2006.03.17.

｢농업․농촌기본법｣에 의하여 설립된 농업회사법인의 농지 분양 및 농지 분양 대행 수수료의 수입, 찜질방 이용료 수입은 ｢조세특례제한법｣ 제68조의 규정에 의하여 감면되는 “농업소득 외의 소득”에 해당되지 아니하는 것이며, 이에 관한 농림부 검토의견(경영인력과-665, 2006.3.8)을 참고하기 바람

 * 농림부 경영인력과-665, 2006.3.8.

농업회사법인의 부대사업으로 수행이 가능한 사업은 ①농업회사 법인의 부대사업으로 열거하고 있는 사업과 ②농업을 경영하거나 농산물의 유통․가공․판매 등 법인설립의 목적과 부합되는 사업이라면 열거되지 않은 사업도 가능한 것이므로,

 농업회사법인의 설립목적과 상이한 농지 분양․매출 및 농지분양대행 사업, 찜질방 사업 등은 부대사업으로 수행할 수 없음

○ 법인46012-630, 1994.03.05

 위탁영농회사가 국가·지방자치단체로부터 농기계 구입용도로 국고보조금을 지급받은 경우 이는 조세감면규제법 제53조제1항의 규정에 의한 감면소득에 해당되지 않는 것임.

○ 법인46012-469, 1998.02.24 → 삭제대상(잘못된 해석)

국고보조금은 영농조합법인의 농지소득외의 소득에 해당되어 같은법 제52조 제1항 및 같은법시행령 제51조 제1항의 규정에 의거 조합원당 1,200만원 이하의 금액은 법인세가 면제되는 것임.