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1. 질의내용 요약

○사실관계

당사는 제조업을 영위하는 법인으로 2008년 중에 조특법 시행령 제2조 제1항 제1호의 규모기준을 초과하여 동법 시행령 제2항에 따라 2011년까지 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있음

 - 당사는 2010. 5월중 제조사업부문을 물적분할하여 신설하고, 분할존속법인은 지주회사 형태로 운영하고 있음

○ 질의요지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】

① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업, 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조제1항제1호커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조제8항에 따른 물류산업, 제6조제1항에 따른 수탁생산업, 제54조제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. <개정 2000.1.10 부칙, 2000.12.29 부칙, 2001.12.31 부칙, 2002.12.30 부칙, 2004.6.5 부칙, 2004.10.5 부칙, 2005.2.19 부칙, 2006.2.9 부칙, 2007.9.6 부칙, 2007.9.27 부칙, 2007.11.30 부칙, 2008.2.22 부칙, 2008.2.29 부칙, 2009.2.4 부칙, 2010.2.18 부칙>

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제 <2000.12.29 부칙>

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호의 규정에 적합할 것. 이 경우 같은 영 제3조제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2005.2.19 부칙, 2006.2.9 부칙>

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 법인과 합병하는 경우

3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다. <개정 2000.12.29 부칙>

④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2002.12.30 부칙, 2008.2.22 부칙, 2008.2.29 부칙>

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. <개정 2000.1.10 부칙, 2000.12.29 부칙, 2005.2.19 부칙, 2006.2.9 부칙, 2008.2.22 부칙, 2010.2.18 부칙>

○ 법인세법 제46조 【분할 시 분할법인등에 대한 과세】[2009.12.31 개정후]

① 내국법인이 분할 또는 분할합병으로 해산하는 경우(물적분할은 제외한다) 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액

2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산장부가액

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제2항제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

③ 제1항 및 제2항에 따른 양도가액 및 순자산장부가액의 계산, 분할대가의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제46조【분할평가차익상당액의 손금산입】[2009.12.31 개정전]

①다음 각호의 요건을 갖춘 분할(물적분할을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것

2. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제1항제2호의 비율이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것

3. 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업년도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

○ 법인세법 제47조 【물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례】

 ① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우로서 제46조제2항 각 호의 요건(동항제2호의 경우 전액이 주식이어야 한다)을 갖춘 경우 당해 주식의 가액중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조제2항제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다. <개정 2001.12.31 부칙, 2005.12.31 부칙, 2009.12.31 부칙>

○ 법인세법 시행령 제96조 【감면 및 세액공제액의 계산】

② 법 제59조제1항 각호의 규정에 의한 감면 또는 세액공제를 적용받던 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우에는 다음 각호에 의하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. <개정 2010.6.8 부칙>

1. 법 제59조제1항제1호의 규정에 의한 감면(일정기간에 걸쳐 감면되는 것에 한한다)의 경우에는 합병법인등이 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 합병 또는 분할당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용

2. 법 제59조제1항제3호에 따른 세액공제(외국납부세액공제를 포함한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병법인 또는 분할신설법인등(분할법인이 소멸한 경우만 해당한다)이 다음 각 호의 구분에 따라 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 공제

가. 이월된 외국납부세액공제 미공제액: 승계받은 사업에서 발생한 국외원천소득을 해당 사업연도의 과세표준으로 나눈 금액에 해당 사업연도의 세액을 곱한 금액의 범위에서 공제

나. 「조세특례제한법」 제132조에 따른 법인세 최저한세액(이하 이 조에서 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하여 공제받지 못한 금액으로서 같은 법 제144조에 따라 이월된 미공제액: 승계받은 사업부문에 대하여 「조세특례제한법」 제132조를 적용하여 계산한 법인세 최저한세액의 범위에서 공제. 이 경우 공제하는 금액은 합병법인의 법인세 최저한세액을 초과할 수 없다.

다. 가목 및 나목 외에 납부할 세액이 없어 공제받지 못한 금액으로서 「조세특례제한법」 제144조에 따라 이월된 미공제액: 승계받은 사업부문에 대하여 계산한 법인세 산출세액의 범위에서 공제

③ 제2항 각 호는 법 제44조제2항ㆍ제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖추거나 법 제44조제3항에 해당하는 경우에만 적용하며, 법 제44조의3제3항ㆍ제46조의3제3항 또는 제47조제2항에 해당하는 경우에는 피합병법인등으로부터 승계하여 공제한 세액공제액 상당액을 해당 사유가 발생한 사업연도의 법인세에 더하여 납부하고, 해당 사유가 발생한 사업연도부터 적용하지 아니한다. <개정 2010.6.8 부칙>

○ 조세특례제한법 제146조【 감면세액의 추징 】

 제5조, 제11조, 제24조부터 제26조까지, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 같은 조에 따라 투자완료일부터 2년이 지나기 전에 해당 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 해당 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

○ 조세특례제한법 시행령 제137조 【감면세액의 추징】

① 법 제146조에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2005.2.19 부칙, 2009.2.4 부칙, 2010.2.18 부칙>

1. 현물출자, 합병, 분할, 분할합병, 「법인세법」 제50조의 적용을 받는 교환, 통합, 사업전환 또는 사업의 승계로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전되는 경우

2. 내용연수가 경과된 자산을 처분하는 경우

3. 국가·지방자치단체 또는 「법인세법 시행령」 제36조제1항제1호나목에 따른 학교 등에 기부하고 그 자산을 사용하는 경우

② 법 제146조의 규정에 의한 이자상당가산액은 공제받은 세액에 제1호의 기간 및 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 공제받은 과세연도의 과세표준신고일의 다음날부터 법 제146조의 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고일까지의 기간

2. 1일 1만분의 3의 율

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법규과-0136, 2010.01.27

｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항에 따른 중소기업이 「법인세법」 제47조제1항의 요건을 갖춰 물적분할함에 있어서, 분할신설법인이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 각호 외의 부분단서에 해당되거나 같은 항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우

해당 분할신설법인은 같은 조 제2항에 따라 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 것입니다.

○ 재조특-145, 2008.05.09

(사실관계)

□ 갑법인(주1)은 창업 후 조특법상 중소기업 적용을 받던 중 성장하여 2004년에 중소기업 요건(주2)을 초과하였으나, 유예기간(주3) 적용으로 2007년까지 중소기업에 해당

(주1) 컴퓨터 설비 자문 및 소프트웨어 개발업 영위

(주2) 규모요건 중 상시종헙원수 300인이 초과

(주3) 1회에 한하여 초과한 과세연도와 다음 3년간 중소기업으로 취급

o 2007.4월 중 경영의 다각화를 위해 회사분할 실시

o 갑법인이 인적분할로 을법인* 신설 후 병법인과 정법인을 추가로 물적분할하여 갑법인은 지주회사로 전환

* 을법인은 갑법인 매출의 90％, 직원의 70％ 이상을 승계하여 중소기업 규모 요건 초과

(질의사항) 분할신설법인(을)이 분할 당시 중소기업 규모를 초과한 경우 분할법인(갑)의 잔존 유예기간 승계 여부

【회신】

「조세특례제한법 시행령」 제2조 제2항 본문에 따라 ‘유예기간’의 적용을 받던 법인이 「법인세법」 제46조 제1항 각 호의 요건을 갖춰 분할함에 있어, 분할신설법인이 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 제1호의 ‘규모기준’을 초과한 경우에 해당하더라도 분할 당시의 분할법인의 잔존 ‘유예기간’내에 종료하는 각 과세연도까지는 중소기업으로 보는 것임.

 ( 위 기획재정부 회신문은 서면2팀-187, 2008.1.29, 법규과-238, 2008.1.15 호로 중소기업 잔존 유예기간을 승계하지 못한다는 내용을 변경한 것임 )