1. 질의내용 요약

○ 사실관계 및 질의요지

-소액주주의 소재 불분명 등 불가피한 사유로 모회사가 자회사의 주식을 99.953%만 보유하고 있는 경우 연결납세방식 적용가능여부

 * 실질적으로 회사를 완전지배하고 있는 경우 연결납세방식이 적용가능한지를 문의

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제76조의8 【연결납세방식의 적용 등】

① 내국법인(비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)과 해당 내국법인이 완전지배하는 다른 내국법인(청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"이라 한다)은 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 2 이상인 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.

② 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 각 연결법인의 사업연도는 연결사업연도와 일치하여야 한다. 이 경우 연결사업연도의 기간은 1년을 초과하지 못하며, 연결사업연도의 변경에 관하여는 제7조를 준용한다.

③ 제2항을 적용할 때 사업연도(이하 이 조, 제76조의9 및 제76조의10에서 "본래사업연도"라 한다)가 법령 등에 규정되어 연결사업연도와 일치시킬 수 없는 완전자법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 내국법인인 경우에는 연결사업연도를 해당 내국법인의 사업연도로 보아 연결납세방식을 적용할 수 있다. <신설 2009.12.31 부칙>

④ 연결법인의 납세지는 제9조제1항에도 불구하고 연결모법인의 납세지로 한다. <개정 2009.12.31 부칙>

⑤ 제1조제9호 및 이 장에서 "완전지배"란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수(주식회사가 아닌 법인인 경우에는 출자총액을 말하며, 의결권 없는 주식등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 전부(「근로자복지기본법」 제2조제4호에 따른 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 등 대통령령으로 정하는 주식으로서 발행주식총수의 100분의 5 이내의 주식은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 보유하는 경우를 말하며, 내국법인과 그 내국법인의 완전자법인이 보유한 다른 내국법인의 주식등의 합계가 그 다른 내국법인의 발행주식총수의 전부인 경우를 포함한다. <개정 2009.12.31 부칙>

○ 법인세법 시행령 제120조의12【연결납세방식의 적용제외 법인 등】

④ 법 제76조의8제5항에서 "「근로복지기본법」 제2조제4호에 따른 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 등 대통령령으로 정하는 주식"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식을 말한다. <개정 2010.2.18 부칙, 2010.12.7 부칙>

 1. 우리사주조합이 보유한 주식

 2. 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식(근로자가 제3자에게 매도한 주식을 포함한다)

 3. 제20조제1항제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 발행되거나 양도된 주식(주식매수선택권을 행사한 자가 제3자에게 양도한 주식을 포함한다)

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

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