1. 질의내용 요약

가. 사실관계 및 질의요지

○ 질의법인은 컨테이너터미널 운영 및 관련 용역을 제공하고 있음. 질의법인 주주는 甲법인(50%) 및 乙법인(50%)으로 구성되어 있음

- 甲‧乙법인은 한국컨테이너부두공단으로부터 컨테이너터미널 각 1개선석의 전용사용권을 입찰받아 운영하고 있으며(乙법인은 최초 입찰자로부터 전용사용권을 인수)

- 하역수입 등은 甲‧乙법인이 인식하되, 질의법인은 이를 위탁받아 하역용역을 제공하고 발생비용에 일정마진을 추가하여 甲‧乙법인에 청구하고 있음

- 甲‧乙법인이 보유하고 있는 선석 전용사용권을 외부평가를 받아 질의법인에 현물출자를 하고자 함

＊ 선석사용권 : 부두를 독점적으로 사용할 수 있는 권리(항만공사로부터 10년을 부여받고 이후 5년씩 기간연장)

나. 질의요지

1) 甲‧乙법인이 보유하고 있는 컨테이너터미널 전용사용권을 질의법인에게 현물출자할 경우 법인세법 제47조의2에 따른 과세특례 적용대상 여부

2) 현물출자하는 甲법인은 2009년에 인적분할하여 해운업을 사업부문으로 하는 신설법인임. 이 경우 법인세법 제47조의2제1항제1호의 5년이상 사업영위 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

□ 법인세법 제47조의 2 【현물출자 시 과세특례】

① 내국법인(이하 이 조에서 “출자법인”이라 한다)이 다음 각 호의 요건을 갖춘 현물출자를 하는 경우 그 현물출자로 취득한 현물출자를 받은 법인(이하 이 조에서 “피출자법인”이라 한다)의 주식가액 중 현물출자로 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 현물출자일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제3호 또는 제5호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다. (2009. 12. 31. 개정)

1. 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것 (2009. 12. 31. 개정)

2. (삭제, 2009. 12. 31.)

3. 피출자법인이 그 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 출자법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 (2009. 12. 31. 개정)

4. 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하는 경우 공동으로 출자한 자가 출자법인의 제52조 제1항에 따른 특수관계자가 아닐 것 (2008. 12. 26. 신설)

5. 출자법인(제4호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자를 포함한다)이 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80 이상의 주식등을 보유하고, 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 (2009. 12. 31. 신설)

□ 법인세법 시행규칙 제12조 【감가상각자산의 범위】

① 영 제24조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 영업권에는 다음 각호의 금액이 포함되는 것으로 한다. (1999. 5. 24. 개정)

1. 사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액 (1999. 5. 24. 개정)

2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시 등과 관련하여 부담한 기금ㆍ입회금 등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금 등 (1999. 5. 24. 개정)

□ 법인세법 시행령 제84조의 2 【현물출자로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】

① 법 제47조의 2 제1항에 따라 출자법인이 손금에 산입하는 금액은 피출자법인으로부터 취득한 주식의 가액 중 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로 한다. (2010. 6. 8. 개정)

② 제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. (2010. 6. 8. 개정)

③ 제2항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 해당 주식의 일부를 처분(현물출자 외의 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우 현물출자로 취득한 주식을 먼저 양도하는 것으로 본다)할 때 익금에 산입하는 금액은 처분한 주식수를 피출자법인의 설립등기일 현재 현물출자로 취득한 피출자법인의 주식수(주식 소각 또는 자본 감소가 있는 경우 그 소각 또는 감소 후의 주식수를 말한다)로 나누어 계산한 율을 압축기장충당금에 곱하여 계산한 금액으로 한다. (2010. 6. 8. 개정)

④ 피출자법인은 법 제47조의 2 제1항에 따라 출자법인이 양도차익 상당액을 손금에 산입한 경우 양도받은 출자법인의 자산 및 부채의 가액을 현물출자일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 출자법인의 장부가액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 자산조정계정의 처리에 관하여는 제80조의 4 제1항을 준용한다. (2010. 6. 8. 개정)

□ 조세특례제한법 제38조 【현물출자에 대한 과세특례】(2009.12.31 삭제)

① 내국법인이 2009년 12월 31일까지 다음 각호의 요건을 갖춘 현물출자에 의하여 새로운 내국법인(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사 및 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 제외한다. 이하 이 조에서 “신설법인”이라 한다)을 설립하는 경우에는 그 출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식가액 중 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물출자할 것 (1999. 12. 28. 신설)

2. 주식 또는 대통령령이 정하는 자산을 현물출자할 것 (1999. 12. 28. 신설)

□ 조세특례제한법 시행령 제35조 【현물출자에 대한 과세특례】

① 법 제38조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2006. 2. 9. 개정)

1. 토지 (2000. 1. 10. 개정)

2. 건축물 (2000. 1. 10. 개정)

3. 제4조 제2항에 따른 자산 (2008. 10. 7. 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인세과-1186(2010.12.30.) ⇐법규과-1892(2010.12.21.)

내국법인이 2010.7.1. 이후 특정사업부문을 특수관계법인에게 현물출자함에 따라 해당 사업부문의 이전되는 자산과는 별도로 법인세법 시행규칙 제12조에 따른 영업권의 대가를 별도로 수수한 경우 법인세법 제47조의2제1항 각호의 요건을 충족한 현물출자로 인한 양도차익 중 영업권 양도차익 상당액은 같은 법 시행령 제84조의2제1항에 따라 손금에 산입할 수 있는 것임

○ 서면4팀-1699(2004.10.22)

조세특례제한법 제32조의 규정에 의하여 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 동법시행령 제29조에서 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인(동법 제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있는 것입니다.

이 경우 사업용 고정자산이란 조세특례제한법 제31조 제1항의 규정을 준용하여 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산을 말하는 것이며, 무형자산의 범위는 현행 기업회계기준(기업회계기준서 포함)에 의하는 것으로서 내부적으로 창출된 영업권이 무형자산에 해당하는 지는 동 회계기준에 따라 사실판단하여 적용할 사항입니다.

○ 법인46012-607(2000.3.3)

조세특례제한법 제38조제1항의 과세특례적용 대상이 되는 자산은 같은법시행령 제35조제1항의 자산을 말하는 것으로서 귀 질의와 같이 기업이 스스로 기업가치를 평가한 영업권을 현물출자하는 경우 그 영업권의 양도차익에 대하여는 같은법에 의한 과세특례를 적용받을 수 없는 것임

○ 법인46012-3172(1999.08.12)

법인의 스스로 기업가치를 평가한 영업권을 현물출자하는 경우 그 영업권의 양도차익에 대하여는 조세특례제한법 제38조 제1항의 규정에 의한 과세특례를 적용받을 수 없는 것임.

○ 법인세과-1186(2010.12.30.)

내국법인이 2010.7.1.이후 특정사업부문을 특수관계법인에게 현물출자함에 따라 해당 사업부문의 이전되는 자산과는 별도로「법인세법 시행규칙」제12조에 따른 영업권의 대가를 별도로 수수한 경우

「법인세법」제47조의2제1항 각 호의 요건을 충족한 현물출자로 인한 양도차익 중 영업권 양도차익 상당액은 같은 법 시행령 제84조의2제1항에 따라 손금에 산입할 수 있는 것임.

○ 서면2팀-1103(2006.06.14) ⇦ 법규과-2379(2006.6.14)

귀 질의의 경우 내국법인이 법인세법 제46조 제1항 제1호의 규정에 의한 ‘분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위하였는지의 여부’를 판단함에 있어 분할신설법인이 승계받은 사업부문만을 분리하여 다시 분할하는 경우 그 사업영위기간은 분할전 사업기간을 포함하는 것이나, 분할신설법인이 새로이 추가한 사업을 분할하는 경우에는 분할전 사업기간을 포함하지 아니하는 것임.

○ 법인-3754(2008.12.02)

「조세특례제한법」 제38조에서 ‘설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위’하였는지 여부를 판단함에 있어서 법인이 분할한 경우 「법인세법」 제46조 제1항 제1호의 규정에 의한 분할신설 법인의 승계받은 사업부문에 대한 사업영위기간은 분할 전 사업기간을 포함하여 계산하는 것임.