1. 사실관계

○ ●●●조직위원회(이하 ‘신청인’이라 한다)는 2012년에 개최되는 ●●● 준비 및 성공적 개최를 위하여 ｢○○○지원특별법｣(이하 ‘○○특별법’이라 한다) 제4조에 따라 국토해양부장관의 인가를 받아 설립된 단체임

○ 설립목적 : 세계박람회기구가 공인하는 ●●●를 효율적으로 준비, 운영하여 해양과학기술의 진흥, 해양산업의 발전과 해양자원 및 연안의 지속가능한 발전을 촉진하고 국토의 균형적인 발전과 국가위상을 제고하는 동시에 나아가 인류공영에 이바지하는 것임

○ 신청인은 박람회 직접시설인 ◉◉◉(이하 ‘쟁점시설물’이라 한다)의 설치․이용을 위하여 2010. 1. 7. ▲▲▲(이하 ‘사업시행자’라 한다)와 수익형 민자사업(BTO)방식으로 ‘◉◉◉ 민간투자사업 실시협약’을 체결하여 제세공과금을 포함한 총사업비 000억원의 일부인 000억원(60%)을 2010년 2/4분기부터 2012년 2/4분기까지 신청인이 건설보조금으로 사업시행자에게 총 9회에 걸쳐 분기별로 분납할 예정임(총사업비의 40%인 000억원은 사업시행자가 부담)

 - 쟁점시설물은 11,104㎡에 총 사업비는 000억원이며, 바다생태관, 바다동물관, 바다체험관으로 구성

○ 쟁점시설물의 소유권은 준공과 동시에 조직위원회에 귀속되고, 사업시행자에게 00년간의 관리운영권을 부여하며 사업시행자는 관리운영권 설정기간 동안 쟁점시설물을 무상 사용할 수 있고, 이용자들로부터 사용료를 징수할 수 있음

2. 신청내용

○ 신청인이 민간투자사업 실시협약을 체결한 후 사업시행자로부터 수익형 민자사업(BTO) 방식으로 시설물을 기부채납을 받고, 해당 시설물에 대한 관리운영권을 00년 동안 부여키로 함에 있어 신축비용에 대하여 일부 건설보조금을 지급키로 하는 경우

【쟁점1】해당 사업시행자가 시설물 기부채납과 관련하여 건설보조금을 지급받을 때마다 세금계산서를 발급하여야 하는지 또는 시설물의 공급이 확정되는 때에 투입된 총투자비에 대하여 세금계산서를 발급하여야 하는지 여부

【쟁점2】사업시행자가 건설보조금을 분기별로 지급받을 때마다 세금계산서를 발급하여야 한다면 해당 시설물이 귀속되는 시점에 총투자비에서 건설보조금에 대한 세금계산서 발급액을 제외한 나머지 금액을 과세표준으로 하여 세금계산서를 발급하여야 하는지 여부

【쟁점3】면세사업자인 신청인이 부동산임대업을 운영하는 것으로 보아 시설물 기부채납과 관련하여 발급받은 세금계산서에 대하여 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

○ 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

○ 부가가치세법 제9조 【거래 시기】

○ 부가가치세법 시행령 제22조【용역의 공급시기】