[ 관련 첨부서류 ]

1. 질의내용 요약

○ 질의내용

당사가 해산한 신기술사업투자조합으로부터 모든 주식을 취득 후 동 주식을 제3자 등에 매각하는 경우 주식양도차익의 과세 여부

○ 사실관계

당사는 여신전문금융업법에 의한 신기술사업자로서 신기술사업투자조합을 통하여(당사 등이 조합원으로 참여) 신기술사업자에게 직접출자방식으로 주식을 취득하고 있음

 - 이후 신기술사업투자조합이 해산하면서 동 조합원(당사 등)에게 출자비율 대로 현물(주식)을 분배하지 않고 집행조합원인 당사가 동 조합에서의 당사 지분 및 타 조합원 지분전체(즉, 해산 시 동 조합에서 보유하고 있는 주식 전체)를 매입하는 주식매매계약을 체결하여

 - 당사에서 현금을 지급하고, 동 조합은 매매계약대금으로 당사를 포함한 모든 조합원에게 출자비율대로 그 현금을 분배함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

1.「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다)가 같은 법에 따른 창업자(이하 "창업자"라 한다) 또는 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)가 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자(이하 "신기술사업자"라 한다) 또는 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 중소기업창업투자회사, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제4조의3제1항제3호에 따른 「상법」상 유한회사(이하 이 조에서 "벤처기업출자유한회사"라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 "창투조합등"이라 한다)을 통하여 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

가. 「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자조합(이하 "중소기업창업투자조합"이라 한다)

나. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제4조의3에 따른 한국벤처투자조합(이하 "한국벤처투자조합"이라 한다)

다.「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)

라. 「부품ㆍ소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」에 따른 부품ㆍ소재전문투자조합(이하 "부품ㆍ소재전문투자조합"이라 한다)

4. 기금을 관리ㆍ운용하는 법인 또는 공제사업을 하는 법인(이하 이 조에서 "기금운용법인등"이라 한다)으로서 대통령령으로 정하는 법인이 창투조합등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

② 제1항을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등이 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법

4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

③ 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사 또는 신기술사업금융업자가 제1항제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 출자로 인하여 창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업으로부터 2012년 12월 31일까지 받는 배당소득에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도차익 및 배당소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제11조 의2 【주식양도차익 및 배당소득의 계산 등】

 ①법 제13조제1항에 따라 법인세가 부과되지 아니하는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다) 양도차익의 계산은 다음 각 호의 방법에 따른다. <개정 2002.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙, 2009.2.4 부칙>

1. 법 제13조제1항 각 호의 방법으로 취득한 주식등과 다른 방법으로 취득한 주식등을 함께 보유하고 있는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자(이하 이 조에서 "중소기업창업투자회사등"이라 한다)가 보유주식등의 일부를 양도하는 경우에는 먼저 취득한 주식등을 먼저 양도한 것으로 본다.

2. 중소기업창업투자회사등이 취득한 주식등의 취득가액은 「법인세법 시행령」 제74조제1항제1호라목 또는 마목에 따른 방법 중 당해 기업이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법으로 계산한다.

3. 법인세가 부과되지 아니하는 주식등 양도차익의 계산은 양도시기마다 구분 가능한 종목별로 다음 산식에 따른다.

    {총양도차익×(법인세가 부과되지 아니하는 주식등의 수/양도주식등의 총수)}

② 법 제13조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 법률에 따라 설립된 기금을 관리ㆍ운용하거나 법률에 따라 공제사업을 영위하는 법인으로서 기획재정부령으로 정하는 법인을 말한다. <개정 2009.2.4 부칙>

③법 제13조제3항에 따라 법인세가 부과되지 아니하는 배당소득의 계산은 구분 가능한 종목별로 다음 산식에 따른다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제8조의2【기금운용법인 등의 범위】

 영 제11조의2제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 법인"이란 「법인세법 시행규칙」 제56조의2제1항 및 제2항 각 호의 법인을 말한다.

○ 법인세법 시행규칙 제56조의2 【기금운용법인 등】

① 영 제111조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에서 "기금을 관리·운용하는 법인으로서 기획재정부령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 법인을 말한다.

1. 「공무원연금법」에 따른 공무원연금관리공단

2. 「사립학교교직원 연금법」에 따른 사립학교교직원연금관리공단

3. 「국민체육진흥법」에 따른 서울올림픽기념국민체육진흥공단

4. 「신용보증기금법」에 따른 신용보증기금

5. 「기술신용보증기금법」에 따른 기술신용보증기금

6. 「수출보험법」에 따른 한국수출보험공사

7. 「중소기업협동조합법」에 따른 중소기업중앙회

8. 「농림수산업자신용보증법」에 따른 농림수산업자신용보증기금을 관리·운용하는 농업협동조합중앙회

9. 「한국주택금융공사법」에 따른 한국주택금융공사

10. 「문화예술진흥법」에 따른 한국문화예술위원회

② 영 제111조제1항제5호 각 목 외의 부분에서 "공제사업을 영위하는 법인으로서 기획재정부령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 법인을 말한다.

1.「한국교직원공제회법」에 따른 한국교직원공제회

2.「군인공제회법」에 따른 군인공제회

3. 「신용협동조합법」에 따른 신용협동조합중앙회(공제사업에 한정한다)

4. 「건설산업기본법」에 따라 설립된 건설공제조합 및 전문건설공제조합

5. 「전기공사공제조합법」에 따른 전기공사공제조합

6. 「정보통신공사업법」에 따른 정보통신공제조합

7. 「대한지방행정공제회법」에 따른 대한지방행정공제회

8. 「새마을금고법」에 따른 새마을금고연합회(공제사업에 한정한다)

9. 「과학기술인공제회법」에 따른 과학기술인공제회

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-494, 2005.04.04 (법인세과-714, 2005.4.1)

 「여신전문금융업법」에 의한 신기술사업금융업자가 일반투자자와 함께 결성한 신기술사업투자조합을 통하여 「조세특례제한법」 제13조 제2항 각호의 방법으로 취득한 신기술사업자 주식 중, 동 조합의 해산일까지 처분하지 못한 잔여주식을 동 조합 해산시 전부 시가로 매입하거나, 출자지분에 따라 분배받은 후 매각하는 경우에, 잔여주식 중 신기술사업금융업자의 출자지분에 해당하는 주식의 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니하는 것임.

○ 제도46011-12440, 2001.07.28.

 투자조합출자 등 소득공제액 추징 제외사유로서 조세특례제한법시행령 제14조 제8항 제3호에 규정하고 있는 기업구조조정조합이 해산하는 경우에는 동 조합의 조합규약에 따라 존립기간 만료전에 해산하는 경우도 포함되는 것임.

○ 서면4팀-288, 2005.02.24

조세특례제한법 제14조 제1항의 규정에 의거, 산업발전법 제15조 규정에 의한 기업구조조정조합이 동법 제14조 제4항 규정에 의한 구조조정대상기업에 출자함으로써 취득한 주식을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니하는 것이며,

 상기 조합이 조합목적을 달성하여 산업발전법 규정에 따라 해산하면서, 조합의 주식을 조합원인 거주자가 출자비율대로 배분받아 증권거래법에 의한 유가증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 경우에도 조세특례제한법 제14조 제1항의 규정을 적용하는 것임