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1. 질의내용 요약

제3자물류비용에 대한 세액공제를 적용할 때 외국인투자에 대한 법인세를 감면받고 있는 경우에는 공제할 세액에 내국인투자비율을 곱하여 계산한 금액을 공제함

 - 이 경우, 질의 법인의 제3자물류비용에 대한 세액공제 방법은?

   ① 외국인투자에 대한 세액감면 제외대상 사업(고무용블랙)과 관련된 비용은 내국인투자비율에 관계없이 전액 공제 가능

   ② 제조업 소득 중 일부(특수용블랙)라도 외국인투자에 대한 세액감면을 적용받을 경우에는 제조업(특수용블랙＋고무용블랙)과 관련된 비용 전체에 대해 내국인투자비율을 적용하여야 하므로 세액공제 불가^*

       * 제조업(특수＋고무용블랙)과 관련된 제3자물류비용 공제세액×0%(내국인 지분)=0원

○ 사실관계

당 사는 100% 외국인 투자기업으로서 카본블랙을 제조‧판매하고 있으며 매출액 구성비는 다음과 같음

* ‘특수용블랙’에 대해서는 ‘외국인투자에 대한 법인세 감면’ 적용 받았음

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제104조 의14【제3자물류비용에 대한 세액공제】

① 제조업을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 각 과세연도에 지출한 물류비용 중 제3자물류비용이 직전 과세연도에 지출한 제3자물류비용을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다. <개정 2010.12.27 부칙>

 1. 각 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 각 과세연도에 지출한 물류비용의 100분의 50 이상일 것

 2. 해당 과세연도에 지출한 물류비용 중 제3자물류비용이 차지하는 비율이 직전 과세연도보다 낮아지지 아니할 것

 ② 직전 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 직전 과세연도에 지출한 물류비용의 100분의 50 미만이거나 없는 경우로서 해당 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 해당 과세연도에 지출한 물류비용의 100분의 50을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다.

○ 조세특례제한법 제121조 의2 【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」 제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다. <개정 2010.12.27 부칙>

 1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업(이하생략)

 ② 「외국인투자촉진법」 제2조제1항제6호에 따른 외국인투자기업에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율을 곱한 금액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (이하생략)

○ 조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】

 ③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18 제2항을 적용할 때 제121조의2 또는 제121조의4에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다. <개정 2010.3.12 부칙>

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인46012-724, 2000.03.17

 외국인투자기업이 조세특례제한법 제121조의 2 규정에 의한 감면사업과 그 외의 사업을 각각의 사업장에서 영위하면서 각 사업장별로 사업용자산에 투자하는 경우, 감면사업에 투자한 자산에 대하여는 조세특례제한법 제127조 제3항의 규정에 의한 내국인투자비율을 곱하여 계산한 금액에 대하여 투자세액공제를 적용받는 것이고 감면 외의 사업에 투자한 자산에 대하여는 전액 투자세액공제를 적용받을 수 있는 것임.

○ 법인세과-1243, 2009.11.06

 제조업과 기타사업을 겸영하는 내국법인이 제조업과 관련하여 조세특례제한법 제104조의14 규정에 따라 제3자물류비용 세액공제를 적용받고자 하는 경우에는 법인세법 시행규칙 제75조에 따라 제조업과 기타사업을 구분경리 하여야 하며, 귀속이 불분명한 공통손금(물류비용)에 대해서는 같은 법 시행규칙 제76조 제6항 제3호에 따라 개별손금에 비례하여 안분 계산하는 것입니다.