1. 질의내용 요약

○ 사실관계

-甲종중은 ’09.6.2. 법인으로 보는 단체로 승인을 받고 고유번호증을 수령하였으며, ’10.12.20. 토지와 제실, 비석, 관리사, 조경수 등이 한국토지주택공사에 수용되었으며, ’10.12.20. 일부는 현금 수령하고 일부는 ’11연도에 채권으로 수령함

  * 토지는 다수 필지로 이루어져 있으나, 연접하여 한 울타리에 있음

○ 질의요지

[질의1] 甲종중의 수용된 부동산 양도소득에 대한 납세의무를 법인으로 이행하여야 하는지

[질의2] 제실부분 등 고유목적사업용 자산을 제외하고 소득세법을 준용하여 법인세를 신고납부할 수 있는지

[질의3] 각사업연도 소득으로 법인세를 신고하는 경우 지장물보상가액, 이전비용이 포함되는지

[질의4] 동일 과세기간 내에 수용된 여러필지의 부동산 양도소득을 필지별로 선택하여 각사업연도 소득 또는 소득세법을 준용하여 신고할 수 있는지

[질의5] 2010사업연도에는 각 사업연도 소득, 2011사업연도에는 소득세법을 준용한 방법을 적용할 수 있는지

[질의6] 제실이 소재하는 필지와 함께 한 울타리 안에 있는 관리사 등이 소재하는 다른 필지를 고유목적사업용 자산으로 볼 수 있는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

 1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

 2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

 3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

 4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

   ☞ 고정자산처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 경우(영§②)

 6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

 7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

 1. 「소득세법」 제94조제1항제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

 3. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 「소득세법」 제95조제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 「소득세법」 제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 「소득세법」 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 제112조의2를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제99조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】

① 법 제62조의2제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분"이라 함은 「소득세법」 제94조제1항제4호나목(주식등에 한한다) 및 동법 시행령 제158조제1항제1호ㆍ제5호에 규정된 자산을 말한다. <개정 2005.2.19 부칙>

② 법 제62조의2제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동 조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 법 제62조의2제4항 단서에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 자산을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 사업(의료업외에 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 자산을 제외한다.

 1. 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업

 2. 행정관청으로부터 허가ㆍ인가 등을 받은 경우에는 그 허가ㆍ인가 등을 받은 사업

 3. 제1호 및 제2호외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업

④ 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 증여세의 전액 상당액이 부과되는 경우에는 제3항의 규정을 적용하지 아니한다. <개정 2005.2.19 부칙>

⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

⑥ 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29 부칙>

○ 종합소득세법 제92조 【양도소득과세표준의 계산】

① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 "양도소득과세표준"이라 한다)은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다.

② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다.

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

○ 사전답변 법규법인 2010-027, 2010.03.04

「국세기본법」제13조제2항에 따라 법인으로 승인받아 수익사업을 영위하고 있는 대종중과 법인으로 승인받지 아니한 소종중이, 한국토지주택공사에 수용된 각 종중명의의 부동산에 대한 양도소득세 등을 신고함에 있어, 대종중 소유 부동산 양도에 대하여는 법인세로, 소종중 명의 부동산 양도에 대하여는 소종중을 1거주자로 하여 양도소득세를 신고·납부하여야 하는 것임

○ 서면2팀-1151, 2006.06.19

「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중은 비영리내국법인으로 보유중인 부동산(답)을 양도하는 경우 양도차익에 대하여 법인세법을 적용하는 것임