1. 사실관계

○ 한국00보호공단은 ｢보호관찰 등에 관한 법률｣ 제71조에 따라 설립하여 같은 법 제65조에 의한 갱생보호사업을 고유목적사업으로 하고 있음

 - 고유목적사업은 정부예산과 기타 자체수입 및 기부금수입으로 운영되며 임대수입에 대하여 법인세를 신고 납부함

○ 1982.12.27. 갱생보호대상자의 직업훈련에 사용할 목적으로 법무부장관의 부지매입승인(보호839.5-26357, 1982.12.01.)을 받아 75백만원에 아래 농지를 취득함

 - 소재지 : 경기도 화성시 봉당읍 동화리 000외

 - 지 목 : 전 1필지 : 19,314㎡, 묘지 3필지 : 119㎡

 - 용도지역 : 자연녹지지역(화성시 : 도․농 복합형태의 시)

○ 공단은 취득일부터 양도일까지 상기 농지를 갱생보호대상자들의 영농직업훈련용으로 사용하고 수확물은 숙식제공자에게 급식으로 제공하고 일부는 매각하여 목적사업에 사용

 - 관련 증빙으로 공단 수원지부가 2001년도에 작성한 영농일지 및 영농직업훈련장 농작물 생산 및 판매현황 일부를 제출

○ 공단은 법무부장관의 승인(보호관찰과-191, 2008.01.15.)을 받아 공개경쟁입찰방식을 통해 2008. 3.25. 김00 외1인에게 상기 농지를 8,362백만원에 매각함

 - 상기 농지는 취득세․등록세․재산세를 면제받았으며, 종합부동산세도 비과세 되었음

2. 신청내용

○ 공단이 ｢보호관찰 등에 관한 법률｣에 따라 갱생보호사업에 사용하던 농지(갱생보호 대상자의 직업훈련용 농지)를 양도하는 경우

  (질의 1) 동 농지의 양도차익에 대한 법인세 과세여부

  (질의 2) 동 농지가 비사업용토지에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (2008. 12. 26. 개정)

  1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)

  2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)

  3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득 (2008. 12. 26. 신설)

 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)

  5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (2009. 2. 4. 개정)

○ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)

  3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

  1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

  가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 법인세법 시행령 제92조의 5 【농지의 범위 등】

① 법 제55조의 2 제2항 제1호에서 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다. (2005. 12. 31. 신설)

③ 법 제55조의 2 제2항 제1호 가목 단서에서 “「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

  5. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법」 제186조 제1호 본문의 규정에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지 (2005. 12. 31. 신설)