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1. 질의내용 요약

가. 사실관계

- 거주자 甲이 각각 지분 100%를 소유하고 있는 법인A 및 B는 중소기업인 법인C사의 주식을 각각 22.33%, 40.04%를 보유하고 있으며 법인A, B는 해당 주식을 특수관계자인 법인D에게 양도할 예정

- 법인C의 주식에 대한 법인A 및 법인B가 취득내역은 아래와 같으며 현재 ｢상속세 및 증여세법｣상 보충적 평가액은 13천원임

  [주1] 유상증자에 참여하여 취득

  [주2]2009.3.3. 및 2009.4.30.에 특수관계 없는 기존 최대주주 법인E로부터 38.96% 취득하여 최대주주가 됨

  [주3]2009.12.30. 특수관계 없는 법인F로부터 주당 16,500원에 85천주, 특수관계 없는 거주자G로부터 주당 15,000원에 43천주 취득(취득가격은 각각 협의 결정)

- 참고로 2010.4.23. 특수관계 없는 개인주주들 사이에 법인C사 주식 1,349주(지분율0.13%)가 주당 6,000원에 거래된 사례가 있음

나. 질의요지

- 내국법인이 특수관계법인에게 비상장중소기업의 주식을 양도하는 경우 적용할 ｢법인세법｣상 시가산정 방법

  [갑설] 2009.3.6. 및 2009.4.30. 법인B와 특수관계 없는 기존 최대주주 법인E와 경영권대가를 포함하여 거래한 가격(ⓐ17,912원)

  [을설] 2009.12.30. 거주자 甲이 특수관계 없는 법인F 및 개인G와 거래한 가격(ⓐ16,500원 또는 ⓐ15,000원))

  [병설] 2010.4.23. 특수관계 없는 개인 간에 거래된 가격(ⓐ6,000원)

  [정설] 상증법상 보충적 평가방법에 할증한 가격(ⓐ15,166원)

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

①법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. <개정 2007.2.28 부칙, 2009.2.4 부칙>

②법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호 및 동법시행령 제57조제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 "직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)"은 이를 각각 "직전 6월"로 본다.

○ 상속세 및 증여세법 제60조 【평가의 원칙 등】

① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(시가)에 따른다. 이 경우 제63조제1항제1호가목 및 나목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액(제63조제2항에 해당하는 경우는 제외한다)을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

○ 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제13항제1호에 따른 유가증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다.

나. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제13항제2호에 따른 코스닥시장상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다.

다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

2. 제1호 외에 국채(국채)·공채(공채) 등 그 밖의 유가증권의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(이하 이 항 및 제3항에서 "주식등"이라 한다)에 대해서는 제1항제1호에도 불구하고 해당 법인의 사업성, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

1. 기업 공개를 목적으로 금융위원회에 대통령령으로 정하는 기간에 유가증권 신고를 한 법인의 주식등

2. 제1항제1호다목에 규정된 주식등 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에서 주식등을 거래하기 위하여 대통령령으로 정하는 기간에 한국거래소에 상장신청을 한 법인의 주식등

3. 한국거래소에 상장되어 있는 법인의 주식 중 그 법인의 증자로 인하여 취득한 새로운 주식으로서 평가기준일 현재 상장되지 아니한 주식

③ 제1항제1호, 제2항 및 제60조제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 【비상장주식의 평가】

①법 제63조제1항제1호다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(「소득세법 시행령」 제158조제1항제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다) <개정 2010.2.18 부칙>

②제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

③제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법 제63조제1항제1호 다목의 주식 또는 출자지분을 발행한 법인이 다른 비상장주식을 발행한 법인의 발행주식총수등의 100분의 10이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식의 평가는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 「법인세법 시행령」 제74조제1항제1호 마목의 규정에 의한 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.

④다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다.

1. 법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자지분

2. 사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분

3. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분

○ 조세특례제한법 제101조 【중소기업 최대주주 등의 주식 할증평가 적용특례】

「상속세 및 증여세법」 제63조를 적용하는 경우 같은 법 제63조제3항에 따른 중소기업의 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자의 주식 또는 출자지분을 2010년 12월 31일 이전에 상속받거나 증여받는 경우에는 같은 법 제63조제3항에도 불구하고 같은 법 제63조제1항제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액에 따른다.

○ 소득세법 시행령 제167조 【양도소득의 부당행위 계산】

⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제64조와 동법시행령 제49조 내지 제59조 및 「조세특례제한법」 제101조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조제1항 본문중 "평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간"으로 보며, 「조세특례제한법」 제101조 중 "상속받거나 증여받는 경우"는 "양도하는 경우"로 본다.

나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인세과-149, 2010.02.12

법인이 특수관계자에게 비상장주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에는「법인세법」제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는 것이며, 이 경우 시가라 같은 법 시행령 제89조 제1항 및 제2항에 의한 가액을 말하는 것임

○ 법인세과-695, 2009.06.11

내국법인이 비상장주식을 양도하는 경우 법인세법 시행령 제35조제1항제2호에 규정하는 시가는 같은 법 시행령 제89조의 규정에 따라 당해 거래와 유사한 상황에서 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 말하고, 다만, 시가가 불분명한 경우에는 상속세 및 증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 말하는 것이며,

내국법인이 비상장주식을 특수관계자 외의 자에게 정당한 사유없이 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액 중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액은 비지정기부금에 해당하는 것으로, 이 경우 정상가액 및 정당한 사유 해당 여부는 매매경위 및 목적, 거래가액 결정과정, 거래가액의 적정 평가 여부 등 거래의 실질내용을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항임

○ 재법인46012-171, 2001.10.04

특수관계없는 자로부터 공개입찰방식으로 취득한 비상장주식을 특수관계법인에게 양도하는 경우 법인세법 제52조의 규정에 의한 시가는 당해 주식을 공개입찰 방식에 의하여 취득한 이후 양도일까지 주식의 거래가 전혀 없고, 비교적 단기간에 이루어지는 거래로서 당해 자산에 대한 시가의 변동을 초래할 만한 특별한 사실이 없는 경우에는 그 거래가액을 시가로 볼 수 있는 것이나, 귀 질의의 경우 이에 해당되는지 여부는 사실 판단할 사항임

○ 서면2팀-1262, 2008.06.20

내국법인이 특수관계법인에 비상장주식을 양도하는 경우 「법인세법」 제52조의 규정에 의한 부당행위계산 부인을 적용함에 있어 시가의 산정은, 「법인세법」 제52조 및 같은 법 시행령 제89조 제1항의 규정에 의한 양도당시의 시가에 의하되, 양도당시의 시가가 불분명한 경우에는 같은 법 시행령 제89조 제2항 제2호의 규정에 의하여 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액으로 하는 것으로, 귀 질의의 취득당시의 매매사례가액을 양도당시의 시가로 볼 수 있는지 여부는 구체적인 거래현황, 기업가치의 변동 등 실질내용에 따라 사실 판단할 사항임

○ 서면2팀-1348, 2007.07.23

내국법인이 특수관계법인에 비상장주식을 양도하는 경우「법인세법」 제52조의 규정에 의한 부당행위계산 부인을 적용함에 있어 시가의 산정은, 「법인세법」 제52조 및 같은 법 시행령 제89조 제1항의 규정에 의한 양도당시의 시가에 의하되, 양도당시의 시가가 불분명한 경우에는 같은 법 시행령 제89조 제2항 제2호의 규정에 의하여 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액으로 하는 것으로, 귀 질의 경우의 매매사례가액을 양도당시의 시가로 볼 수 있는지 여부는 구체적인 거래현황, 기업가치의 변동 등 실질내용에 따라 사실 판단할 사항임

○ 서면2팀-2167, 2006.10.26

내국법인이 특수관계자인 법인에게 비상장주식을 양도하는 경우에 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어, 시가라 함은 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하는 것이나, 귀 질의의 경우 시가가 불분명한 경우로 보아 「상속세및증여세법」제63조의 규정을 준용하여 평가한 가액 또는 2년전의 매매사례가액으로 할 것인지의 여부는 구체적인 거래현황과 기업가치의 변동등 실질내용에 따라 사실판단할 사항임

○ 서면2팀-1764, 2007.10.04

법인이 보유한 비상장주식을 특수관계자에게 양도하는 경우 시가의 범위는 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우 그 가격에 의하는 것이나, 시가가 불분명한 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제63조를 준용하여 평가한 가액에 의하는 것임

○ 법인46012-1298, 2000.06.02

법인세법시행령 제88조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 시가를 산정하여야 할 자산이 비상장법인의 주식인 경우 당해 주식의 시가는 그 주식의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하였다고 인정되는 매매의 실례가 있고, 동 매매가액이 불특정다수인간에 자유로이 거래가 되는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액에 의하는 것이며, 동 시가가 불분명한 경우에는 상속세및증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 가액으로 하는 것임

○ 서면2팀-1262, 2005.08.03

내국법인이 특수관계자간의 비상장주식 거래에 있어「법인세법」제52조의 부당행위계산부인규정 적용 여부를 판단하기 위한 당해 거래주식의 시가라 함은 「법인세법 시행령」제89조 제1항 및 제2항의 규정을 순차적으로 적용한 가액을 말하는 것이며, 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있고, 그 매매사례가액이 일반적이고도 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있는 경우에는 그 가격을 시가로 볼 수 있는 것이며, 귀 질의가 경우 보충적 평가방법으로 할 것인지 1년 전의 매매사례가액으로 할 것인지의 여부는 구체적인 거래현황과 기업가치의 변동 등 실질내용에 따라 사실 판단할 사항임

○ 서면2팀-1262, 2005.08.03

법인세법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어 비상장주식의 시가는, 당해 거래와 유사한 상황에서 주식의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하였다고 인정되는 매매의 실례가 있고 동 매매가액이 불특정다수인간에 자유로이 거래가 되는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액인 때에는 동 가액에 의하는 것임. 다만, 시가가 불분명한 경우에는 상속세및증여세법시행령 제54조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 시가로 보는 것으로, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는 지 여부는 구체적인 정황에 따라 사실판단할 사항임