※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

甲은 주택임대업(2003.09.08.등록)을 영위하는 자로서 주택 소유 현황은 아래와 같음(※임대주택은 소득세법상 임대주택에 해당함)

○ 질의내용

- 서울 강북 소재 아파트를 먼저 양도할 경우 1세대 3주택에 해당하는지

- 1세대 3주택에 해당하는 경우 양도소득세 세율과 장기보유에 따른 혜택은 있는지

- 경기 남양주 소재 아파트를 먼저 양도할 경우 양도소득세율은 어떻게 되는지

2. 질의내용에 대한 자료

○ 소득세법 제55조 【세율】

   ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

     1. 2010년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간에 발생하는 소득분

      (이하 생략)

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

   ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

   ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

      (이하 생략)

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산

   제55조제1항에 따른 세율

2.~3. 생략

4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

   양도소득 과세표준의 100분의 60

5.~11. 생략

②~③ 생략

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다.

 1. 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항제4호에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

 2.~4. 생략

⑤ 생략

⑥ 제1항제4호부터 제9호까지에 해당하는 자산을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항제4호부터 제9호까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항제1호에 따른 세율(해당 보유기간이 2년 미만인 자산은 제1항제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

○ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

 ① 법 제104조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

  1. 생략

  2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

  가. 생략

  나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 국민주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

  다.~라. 생략

  3.~10. 생략

 ② 생략

 ③ 제1항제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제97조의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

    (이하 생략)

○ 부동산거래관리과-228, 2010.02.10.

 1. 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 기존사업자기준일(2003.10.29.) 이전에「소득세법」제168조에 의한 사업자등록과「임대주택법」제6조에 의한 임대사업자등록을 하고 5년 이상 임대한 이후에 양도하는 경우로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 경우에는「소득세법 시행령」제167조의5제1항제2호 및 같은 법시행령제167조의3제1항제2호나목의 규정에 의하여 1세대 2주택 이상의 양도소득세 중과세율(50％)의 적용대상에서 제외되는 것임