1. 질의내용 요약

가. 사실관계

○ 국민체육진흥공단법에 의하여 설립된 △△공단은 수익사업을 영위하는 비영리내국법인임

○ 같은 법 제19조에서 체육진흥에 필요한 시설비용 등을 지원하기 위하여 △△기금을 설치하여 공단이 독립적 회계로 관리․운영하며 이자소득 등 금융소득, 시설대여사업 등의 수익사업이 발생함

○ 공단의 법인회계에서 발생하는 수익사업소득과 △△기금회계에서 발생하는 수익사업소득에 대하여 법인세 납세의무를 부담

○ 공단의 고유목적사업비지출액은 국민체육진흥법에 의하여 지정기부금단체에 대한 지원금, 학교의 체육시설비 지원금 등으로 구성됨

나. 질의요지

○ 공단의 목적사업 지출액 중 일부가 지방자치단체 등 법정기부금단체와 조세특례제한법상 특례기부금단체에 지출된 경우 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금의 지출로 처리하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

□ 법인세법 제24조 【기부금의 손금불산입】

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. (1998. 12. 28. 개정)

② 제1항 및 제29조의 규정은 다음 각호의 기부금(이하 “법정기부금”이라 한다)에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 당해 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 차감한 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “법정기부금의 손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」의 적용을 받는 기부금품은 동법 제5조 제2항의 규정에 의하여 접수하는 것에 한한다. (2006. 3. 24. 단서개정 ; 기부금품모집규제법 부칙)

□ 조세특례제한법 제73조 【기부금의 과세특례】

① 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기부금을 2012년 12월 31일(제14호의 기부금의 경우 2010년 12월 31일)까지 지출한 경우에는 해당 금액을 해당 과세연도의 종합소득금액에서 공제하거나 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. (2010. 1. 1. 개정)

2. 법인이 다음 각 목의 병원에 시설비ㆍ교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금 (2010. 1. 1. 개정)

가. 「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원 (2010. 1. 1. 개정) (중략)

14. 법인이 「고등교육법」 제2조에 따른 학교에 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금 (2010. 1. 1. 개정) (중략)

② 제1항에 따라 종합소득금액에서 공제하는 금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 한도로 한다. (2010. 1. 1. 신설)

(해당 과세연도의 종합소득금액 - 제76조에 따른 정치자금 및 「소득세법」 제34조 제2항에 따른 기부금의 합계액) × 100분의 50

③ 제1항에 따라 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 한도로 한다. (2010. 1. 1. 신설)

1. 개인인 경우 (2010. 1. 1. 신설)

(해당 과세연도의 소득금액 - 이월결손금 - 제76조에 따른 정치자금 및 「소득세법」 제34조 제2항에 따른 기부금의 합계액) × 100분의 50

2. 법인인 경우 (2010. 1. 1. 신설)

가. 제1항 제14호에 따른 기부금의 경우 (2010. 1. 1. 신설)

(해당 과세연도의 소득금액 - 이월결손금) × 100분의 100

나. 가목 외의 경우 (2010. 1. 1. 신설)

(해당 과세연도의 소득금액 - 이월결손금 - 제1항 제14호에 따른 기부금 - 「법인세법」 제24조 제2항에 따른 기부금의 합계액) × 100분의 50

④ 제1항에 따른 기부금 중 종합소득금액에서 공제하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 다음 각 호에 따른 기간 이내에 끝나는 과세연도에 이월하여 종합소득금액에서 공제하거나 손금에 산입한다. (2010. 1. 1. 개정)

1. 제1항 제11호에 따른 기부금의 경우: 3년 (2010. 1. 1. 개정)

2. 제1호 외의 경우 (2010. 1. 1. 개정)

가. 개인인 경우: 2년 (2010. 1. 1. 개정)

나. 법인인 경우: 1년 (2010. 1. 1. 개정)

□ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호부터 제10호까지의 이자소득의 금액 (2009. 12. 31. 개정) (중략)

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)

□ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. (1999. 5. 24. 개정)

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다. (1999. 5. 24. 개정)

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다. (1999. 5. 24. 개정)

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. (2005. 2. 28. 후단개정)

⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다. (1999. 5. 24. 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인46012-197(2000.01.20)

【질의】

1. 당 법인은 비영리내국법인으로 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 고유목적사업준비금을 설정하고 있음.

2. 상기 법인이 법인세법에서 규정하고 있는 국가나 지방자치단체 등에 전액 손금산입 기부금을 지출할 경우 위의 고유목적사업준비금과 강제적으로 상계하여야 하는지 아니면 직접 손금으로 계상하여야 하는지(결손금 발생시는 손금불산입) 궁금하여 질의함.

【회신】

비영리법인이 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액에 대하여는 법인세법 제24조 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 것임.

○ 재법인46012-115(2001.06.12)

【질의】

(1) 사실관계

가. 당 재단법인은 종교의 교화를 위하여 설립된 비영리법인인데 당 재단법인의 목적사업에 필요한 재원을 마련하고 선교사업의 수단으로 병원을 운영하고 있음. 이 병원은 법인세법상의 수익사업체에 해당되어 매년 법인세를 신고, 납부하고 있음.

나. 수익사업체인 병원은 목적사업에 소득금액의 50％를 고유목적사업준비금을 설정하여 전출해 주고 있으며, 이와는 별도로 조세특례제한법 제73조에 해당하는 ① 사립학교법에 의한 학교법인과 ② 사내근로복지기금법에 의한 사내근로복지기금에 각각 기부하고 있음. 이에 대해 전자의 전출금은 고유목적사업준비금으로 회계처리하고 있고 후자의 ①과 ②는 기부금으로 회계처리하고 있음.

(2) 질의사항

당해 비영리법인이 고유목적사업준비금을 설정하는 것과는 별도로 조세특례제한법 제73조에 규정에 따라 사립학교법에 의한 학교법인 및 사내근로복지기금에 지출한 기부금을 전액 손금인정되는 기부금으로 처리할 수 있는지 여부

(3) 질의자 의견

조세특례제한법 제73조에는 기부금의 손금산입에 대한 특례규정으로 기부금의 전액(2001년 이후에는 50％)을 손금산입하도록 규정하고 있는 바, 이는 조세지원의 취지에서 제정되었으며, 다른 세법에서 규정하고 있는 사항보다 과세상 유리한 방향으로 조세를 부담할 수 있도록 하기 위함이라고 판단됨.

그러므로 법인세법의 고유목적사업준비금에 관한 조항보다 유리한 조세특례제한법의 기부금에 관한 규정이 유리하다면 조세특례제한법을 적용받을 수 있어야 할 것이며, 따라서 고유목적사업준비금을 설정하고 있더라도 조세특례제한법 제73조에 해당하는 기부금은 고유목적사업준비금에서 차감 처리할 것이 아니라 기부금으로 전액 손금산입처리 되어야 함.

【회신】

비영리내국법인이 조세특례제한법 제73조 제1항 각호에 해당하는 기부금을 지출하는 경우 법인세법 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 별도로 손금에 산입할 수 있는 것임.

○ 서면2팀-825(2006.05.12)

【질의】

법률에 근거하여 설립된 지방자치단체 산하 비영리법인(○○○ 조직위원회)이 기념관 건립등 후속사업의 재원마련을 위하여 수익사업을 영위하여 왔으나 법률에 의하여 해산할 시점에서 조세특례제한법 제74조 제1항의 규정에 의하여 기설정한 고유목적사업준비금 미사용액(5년내의 것)을 정관의 규정에 의하여 지방자체단체로 이관하는 경우 이를 고유목적사업준비금의 사용으로 볼 수 있는지 여부 및 해산시점에서 미사용된 고유목적사업준비금을 지방자치단체에 이관하지 아니하고 청산절차를 거쳐 공익법인의 설치ㆍ운영에 관한 법률 제13조의 규정에 의하여 지방자체단체에 귀속시킬 경우 미사용된 고유목적사업준비금 상당액을 익금에 산입하여야 하는지 여부

※ 참고로 비영리법인은 설립목적이 완료되어 해산하고 이에 대한 재원은 정관의 규정에 의하여 지방자치단체에 귀속하고 지방자치단체는 이를 재원으로 후속사업을 시행할 것임.

【회신】

비영리법인이 고유목적사업준비금을 손금산입한 후 지정기부금으로 지출하는 금액은 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 보는 것이나 국가 또는 지방자치단체에 지출한 기부금은 고유목적사업준비금에서 사용하지 아니하고 법인세법 제24조 제2항의 규정에 의한 기부금에 해당되므로 당해 사업연도의 소득금액에서 같은 법 제13조 제1호의 이월결손금을 차감한 금액의 범위 안에서 손금에 산입하는 것이며, 법인세법 제29조 제1항의 규정에 의하여 손금산입한 고유목적사업준비금의 미사용 잔액이 있는 비영리내국법인이 해산한 때에는 그 미사용 잔액은 같은법 제29조 제3항의 규정에 의하여 해산일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 이를 익금산입하는 것임.

○ 법인-138(2009.01.12)

【질의】

(상황)

아래의 사업을 고유목적사업(비수익사업)으로 수행하고 그 외 수익사업으로 부동산임대업을 영위하는 비영리법인이 고유업종(섬유관련 산업)의 인재양성을 위하여 업종과 관련된 대학교 학과(섬유공학과)를 지정하여 장학금(등록금, 학생회비 등)을 기부할 예정임.

■ 당해 비영리법인의 등기부등본상 목적사업

- 섬유산업발전 방향에 관한 조사연구 사업

- 섬유산업 구조개선을 위한 지원사업

- 섬유류 수출 및 통상진흥 지원사업

- 섬유산업의 지적집약화를 위한 기술진흥 및 제품고급화 사업

- 섬유정보의 수집 관리 및 보급에 관한 사업

- 민간통상외교의 추진, 국제섬유관련 기관과의 협력사업 및 해외투자 촉진사업

- 섬유산업관련 국내외 전시회 개최 및 참가

- 운용자금의 운용관리

- 건물유지관리를 위한 본회 부동산 중 일부의 임대

- 산업자원부장관이 위촉하는 사업

- 기타 전 각호에 부대되는 사업

2. 장학금 수령자는 고유업종의 해당과의 학생으로 한정하며(대학교에서 임의로 타과 지원시 패널티 부과) 대학교는 국립대 및 사립대학교를 모두 포함하고 장학금 지급 후기부금영수증을 수취할 수 있음.

(질의내용)

상기 기부금을 수익사업에서 지출한 기부금으로 보아 법인세법상 한도내 금액을 손금산입할 수 있는지 여부

〈갑설〉동 기부금은 협회의 고유목적과는 별도로 수익사업에서 발생한 수익의 사회환원을 목적으로 지출한 것으로 보아 수익사업의 비용으로 처리하고 법인세법상 한도초과금액에 대하여만 손금 부인할 수 있음.

〈을설〉동 기부금은 고유목적사업과 관련된 학과를 지정하여 지출하므로 비수익사업의 지출로 처리하여야 함.

【회신】

비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금산입한 후 지정기부금으로 지출하는 금액은 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 보는 것이나, 국립대학 및 「사립학교법」에 의한 사립학교에 장학금으로 지출한 기부금은 고유목적사업준비금에서 상계처리하지 아니하고 「법인세법」 제24조 제2항에 따라 법정기부금의 손금산입한도액내에서 손금에 산입하는 것임.