1. 질의내용 요약

가. 질의요지

○ 내국법인 을이 채권 등을 제3자에게 매도하는 경우 원천징수할 이자상당액은 repo 매도자 (갑)과 (을)의 보유기간을 합하여 계산하는 지 아니면 (을)의 보유기간만을 원천징수 하는 지

○ 내국법인 (을)이 (갑)에게 이자상당액을 지급하는 경우 이자상당액에 대한 원천징수세율은

나. 사실관계

○ 금융기관 (갑)이 다른 내국법인 (을)에게 repo 거래를 통하여 repo 매도 또는 매수함

○ 내국법인 (을)이 repo 채권을 제3자에게 매도함

○ 내국법인 (을)이 repo 이자보상액을 갑에게 지급

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 법인세법 제73조 【원천징수】

① 「소득세법」 제127조제1항제1호의 이자소득금액(대통령령이 정하는 금융보험업의 수입금액을 포함한다)과 동법 제17조제1항제5호의 투자신탁의 이익을 내국법인에게 지급하는 자(이하 "원천징수의무자"라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수(이하 "원천징수"라 한다)하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 이를 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

1. 이자소득금액의 경우에는 100분의 14(「소득세법」 제16조제1항제12호의 비영업대금의 이익의 경우에는 100분의 25)

2. 투자신탁의 이익의 경우에는 100분의 14

④ 제1항의 규정에 의한 원천징수의무자를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권 또는 위임의 범위안에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항내지 제3항의 규정을 적용한다.

⑤ 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조제1호 각목의 1에 해당하는 금융기관(이하 이 항에서 "금융기관"이라 한다)이 내국법인(거주자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 발행한 어음 또는 채무증서를 인수·매매·중개 또는 대리하는 경우에는 금융기관과 당해 내국법인간에 대리 또는 위임의 관계가 있는 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.<개정 1999.12.28, 2006.12.30>

⑥ 삭제<2000.12.29>

⑧ 내국법인이 「소득세법」 제46조제1항의 규정에 의한 채권등(법인세가 비과세되거나 면제되는 채권등 그 밖의 대통령령이 정하는 채권등을 제외하며, 이하 이 조에서 "채권등"이라 한다)에서 발생하는 이자 및 할인액(이하 이 조에서 "이자등"이라 한다)의 계산기간중에 당해 채권등을 타인에게 매도(중개·알선 그 밖에 대통령령이 정하는 경우를 포함하되, 환매조건부채권매매 등 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. 이하 이 조 및 제74조에서 같다)하는 경우 채권등의 보유기간에 따른 이자등에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 법인이 제1항의 규정에 의한 원천징수의무자를 대리하여 원천징수하여야 한다. 이 경우 당해 법인에 대하여는 이를 원천징수의무자로 보아 이 법을 적용한다.

⑨ 제1항 내지 제5항·제7항 및 제8항의 규정을 적용함에 있어서 이자소득의 지급시기, 법인세의 원천징수대상소득의 범위 및 금액의 계산, 원천징수세액의 계산 및 납부와 원천징수의무자의 범위, 채권등의 보유기간의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2000.12.29>

○ 법인세법시행령 제114조의 2【환매조건부채권매매거래 등의 원천징수 및 환급 등】

①법 제73조제8항에서 "환매조건부채권매매 등 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 거래로서 동 거래에 해당하는 사실이 「증권거래법」 제173조의 규정에 의하여 설립된 증권예탁결제원의 계좌를 통하여 확인되거나 기획재정부령이 정하는 바에 따라 확인되는 경우를 말한다. <개정 2008.2.29>

1. 금융기관(「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조제1호 각목의 어느 하나에 해당하는 금융기관 및 제111조제2항 각호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다)이 일정기간 후에 일정가격으로 환매수 또는 환매도할 것을 조건으로 하여 채권등을 매도 또는 매입하는 환매조건부채권매매거래

2. 제1호와 유사한 거래로서 기획재정부령이 정하는 것

②제1항의 규정에 의한 거래의 경우 채권등을 매도한 날부터 환매수한 날까지의 기간동안 동 채권등으로부터 발생하는 이자소득에 상당하는 금액은 매도자에게 귀속되는 것으로 보아 법 제73조의 규정을 적용한다.

③제1항의 규정에 의한 거래를 통하여 매수자(이하 이 조에서 "환매조건부채권의 매수자"라 한다)가 매입한 채권등이 제3자에게 매도되는 경우에는 환매조건부채권의 매수자(제111조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다)에게 보유기간이자상당액에 대한 세액을 원천징수하여야 하며, 환매조건부채권의 매수자는 원천징수당한 세액을 제4항의 규정에 의하여 환급받을 수 있다. <개정 2005.12.30, 2008.2.22>

④제3항의 규정에 의하여 원천징수된 세액을 환급받고자 하는 환매조건부채권의 매수자는 제3자에게 매도한 채권등이 제1항의 규정에 의한 거래를 통하여 매입한 것임을 입증할 수 있는 기획재정부령이 정하는 서류를 첨부하여 원천징수된 세액의 납부일이 속하는 달의 다음달 10일까지 환매조건부채권의 매수자의 납세지 관할세무서장에게 환급신청서를 제출하여야 하며, 환급신청을 받은 관할세무서장은 거래사실 및 환급신청내용을 확인한 후 즉시 환급하여야 한다. <개정 2008.2.29>

○ 법인세법 시행규칙 제59조의 2【채권대차거래의 범위 등】

①영 제114조의2제1항제2호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 금융기관(「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금융기관 및 영 제111조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다)이 대차거래기간 종료시 같은 종류로서 같은 양의 채권을 반환받는 조건으로 채권을 대여하거나 차입하는 거래(이하 이 조에서 "채권대차거래"라 한다)를 「증권거래법」에 따른 증권예탁결제원·증권회사 또는 증권금융회사(이하 이 조에서 "채권대차거래중개기관"이라 한다)의 중개를 통하여 행하는 것을 말한다. <개정 2008.3.31>

②영 제114조의2제1항 각 호 외의 부분에서 "기획재정부령이 정하는 바에 따라 확인되는 경우"라 함은 채권대차거래중개기관의 계좌를 통한 거래로서 채권대차거래중개기관이 작성한 채권대차거래의 원장(전자적 형태의 원장을 포함한다)에 의하여 채권대차거래로 확인되는 경우를 말한다.