1. 질의내용 요약

가. 사실관계 및 질의요지

○ 질의교회는 국세기본법 제13조제2항 규정에 의하여 관할세무서에 ‘법인으로 보는 단체’로 승인신청하여 승인통지를 받았고, 수익사업(부동산임대업, 주차장업)을 개시하였음

- 이후 수익사업을 폐업한 경우 세법상 법인으로 보는 단체를 계속 유지한 것으로 볼 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

□ 법인세법 제1조 【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. (2010. 12. 30. 개정)

1. “내국법인”(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다. (2010. 12. 30. 개정)

2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. (2010. 12. 30. 개정)

가. 「민법」 제32조에 따라 설립된 법인 (2010. 12. 30. 개정)

나. 「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다) (2010. 12. 30. 개정)

다. 「국세기본법」 제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) (2010. 12. 30. 개정)

□ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인(「법인세법」 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (2010. 12. 27. 개정)

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것 (2010. 1. 1. 개정)

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 (2010. 1. 1. 개정)

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다. (2010. 12. 27. 개정)

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것 (2010. 1. 1. 개정)

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 (2010. 1. 1. 개정)

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (2010. 1. 1. 개정)

③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. (2010. 12. 27. 개정)

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. (2010. 12. 27. 개정)

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2010. 1. 1. 개정)

□ 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】

③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」 제8조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 「법인세법」 제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2010. 12. 30. 개정)

④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다. (2010. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2010. 12. 30. 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (2010. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (2009. 2. 4. 개정)

□ 법인세법 제110조 【비영리법인의 수익사업 개시신고】

비영리내국법인과 비영리외국법인(국내사업장을 가지고 있는 외국법인만 해당한다)이 새로 수익사업(제3조 제3항 제1호 및 제7호에 따른 수익사업만 해당한다)을 시작한 경우에는 그 개시일부터 2개월 이내에 다음 각 호의 사항을 적은 신고서에 그 사업개시일 현재의 그 수익사업과 관련된 재무상태표와 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (2010. 12. 30. 개정)

1. 법인의 명칭 (2010. 12. 30. 개정)

2. 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소의 소재지 (2010. 12. 30. 개정)

3. 대표자의 성명과 경영 또는 관리책임자의 성명 (2010. 12. 30. 개정)

4. 고유목적사업 (2010. 12. 30. 개정)

5. 수익사업의 종류 (2010. 12. 30. 개정)

6. 수익사업 개시일 (2010. 12. 30. 개정)

7. 수익사업의 사업장 (2010. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 제111조 【사업자등록】

① 신규로 사업을 시작하는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. (2010. 12. 30. 개정)

② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 그 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다. (2010. 12. 30. 개정)

③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 법인에 관하여는 「부가가치세법」 제5조를 준용한다. (2010. 12. 30. 개정)

④ 제109조에 따른 법인 설립신고를 한 경우에는 사업자등록신청을 한 것으로 본다. (2010. 12. 30. 개정)

□ 부가가치세법 제5조 【등록】

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다. (2010. 1. 1. 개정)

□ 부가가치세법 시행령 제7조 【등록신청과 등록증발급】

② 제1항의 신청서에는 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. 다만, 법 제5조 제1항 단서의 경우에 해당 법인의 설립등기전 또는 사업의 허가ㆍ등록이나 신고전에 등록을 하는 때에는 법인설립을 위한 사업허가신청서 사본, 사업등록신청서 사본, 사업신고서 사본이나 사업계획서로 이에 갈음할 수 있다. (2008. 2. 22. 개정)

2. 법령에 의하여 허가를 받거나 등록 또는 신고를 하여야 하는 사업의 경우에는 사업허가증 사본ㆍ사업등록증 사본 또는 신고필증 사본

3. 사업장을 임차한 경우에는 임대차계약서 사본 (2000. 12. 29. 신설)

4. 「상가건물 임대차보호법」 제2조 제1항의 규정에 의한 상가건물을 임차한 경우 해당 부분의 도면(상가건물의 일부분을 임차하는 경우에 한한다) (2006. 2. 9. 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 국심2006중368(2006.06.15)

(1) 등기부등본에 의하면 청구교회는 쟁점부동산 중 토지는 1967.2.28, 건물은 2002.4.22. 각 취득한 후 2004.6.10. 이○○ 외 1인에게 쟁점부동산을 양도한 사실이 확인되고, 청구교회가 쟁점부동산 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 신고하지 않은 사실에 관하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청의 개인별 총사업자내역 조회 및 사업자등록증에 의하면, 청구교회는 당초 1997.11.27. 개인으로 사업자등록을 하였다가, 2004.8.18. 법인으로 보는 단체승인을 얻음에 따라 같은 날 개인사업자는 폐업처리하고, 법인 명의로 별도의 사업자등록을 경료한 사실이 확인된다.

(3) ○○○ 소속 증명서 및 대표자 증명서에 의하면 청구교회가 법인설립허가를 얻은 재단법인인 위 총회의 소속이며, 양○○이 청구교회의 대표자임이 증명되나, 청구교회의 정관에 의하면, 부동산을 취득ㆍ처분하는 경우 위 총회와는 무관하게 청구교회 내부기관인 당회에서 독자적으로 결정하도록 되어 있다.

(4) 청구교회는 국세기본법 제13조 제1항의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격없는 단체에 해당하므로, 법인세법을 적용해야 한다고 주장하나, 청구교회는 ○○○에 소속된 교회일 뿐, 국세기본법 제13조 제1항 소정의 단체에 해당하지 아니하며, 교회를 공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로 판단하는 경우 국세기본법 제13조 제1항 제2호의 규정에 의하여 법인으로 보는 것이 타당하나, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지며, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하는 것이라 할 것인 바, 교회를 법인격없는 재단으로 보는 것은 교회재산이 재단의 단독소유가 된다는 점에서 타당하지 아니하다○○○.

(5) 또한, 국세기본법 제13조 제2항의 규정내용을 보면 “법인격없는 단체”는 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 경우에 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용할 수 있다고 규정되어 있는 바, 청구교회는 쟁점부동산 양도(2004.6.10.) 이후인 2004.8.18.에 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체승인을 얻었음이 확인되므로, 동 규정이 적용될 여지가 없다 할 것이고, 동 조항 후단에서 “당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지된다”는 것은 승인 후에도 단체의 실체성을 유지한다는 의미일 뿐, 승인시점을 소급하여 적용법조를 변경하여야 한다는 의미는 아니라고 할 것이다.

(6) 따라서, 처분청이 쟁점부동산 양도 당시 청구교회를 법인으로 보는 단체로 보지 아니하고 소득세법상의 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다.