1. 질의내용 요약
가. 사실관계 및 질의요지
○ 질의법인은 보건복지부로부터 생명윤리와 관련하여 IRB(임상시험심사위원회)와 관련한 관계자 해외연수, 교육, 관련기간 평가 등의 사업을 위임 받아 진행중에 있음
＊ IRB(Institute Review Board) : 각 연구기관에 설치된 생명윤리심의위원회임. 해당 기관의 생명과학기술 연구개발에 대한 윤리적․과학적 타당성을 검토
- 당초 보건복지가족부로부터 ’10년에 ×억원의 사업예산을 교부받아 사업을 진행하던 중 피평가기관 등의 준비부족과 사정으로 인하여 목표한 수치를 채우지 못하여
- 나머지 사업에 대한 진행계획과 예산 잔액의 ’11년 이월을 보건복지부장관으로부터 승인받음
○ ’10년 교부금 중 11년으로 이월된 잔액에 대한 법인세 과세대상 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등
□ 법인세법 제2조【납세의무】
③ 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. (2010. 12. 30. 개정)
□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)
□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
① 「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다. (2010. 12. 30. 개정)
○ 제9조 【기관생명윤리심의위원회의 설치 및 기능】
① 다음 각 호의 기관은 생명과학기술에 있어서의 생명윤리 및 안전을 확보하기 위하여 해당 기관에 기관생명윤리심의위원회(이하 "기관위원회"라 한다)를 두어야 한다. <개정 2008.6.5 부칙, 2010.1.18 부칙>
1. 제14조제1항에 따라 보건복지부장관으로부터 지정받은 배아생성의료기관
2. 제18조에 따라 보건복지부장관에게 등록한 배아연구기관
3. 제23조에 따라 보건복지부장관에게 등록한 체세포복제배아연구기관
4. 제24조제1항에 따라 보건복지부장관에게 신고한 유전자검사기관
5. 제32조제1항 본문에 따라 보건복지부장관의 허가를 받은 유전자은행
6. 제37조제1항에 따라 보건복지부장관에게 신고한 유전자치료기관
7. 그 밖에 윤리적ㆍ사회적으로 심각한 영향을 미칠 수 있는 생명과학기술을 연구ㆍ개발 또는 이용하는 기관으로서 보건복지부령으로 정하는 기관
② 기관위원회는 제1항 각호의 기관에서 행하여지는 생명과학기술의 연구ㆍ개발 또는 이용에 관하여 다음 각호의 사항을 심의한다.
1. 생명과학기술 연구계획서의 윤리적ㆍ과학적 타당성
2. 환자 또는 정자ㆍ난자ㆍ검사대상물의 제공자로부터 적법한 절차에 따라 동의를 받았는지의 여부
3. 환자, 정자ㆍ난자ㆍ검사대상물의 제공자 또는 유전정보의 주체에 대한 안전대책 및 정자ㆍ난자ㆍ검사대상물을 타인에게 제공하는 경우에 성명ㆍ주민등록번호 등 개인을 식별할 수 있는 정보(이하 "개인정보"라 한다)에 대한 보호대책
4. 그 밖에 제1항 각호의 기관에서 행하여지는 생명과학기술의 연구ㆍ개발 또는 이용에 관한 사항
○ 제10조 【기관위원회의 구성 및 운영】
① 기관위원회는 위원장 1인을 포함하여 5인 이상의 위원으로 구성한다. 이 경우 생명과학 또는 의과학 분야 외의 종사자와 해당 기관에 종사하지 아니하는 자 1인 이상이 각각 포함되어야 한다. <개정 2008.6.5 부칙>
○ 제10조의2【기관위원회의 지원 등】
① 보건복지부장관은 기관위원회의 운영을 적정하게 감독ㆍ지원하기 위하여 다음 각 호의 업무를 수행한다. (2010.1.18. 개정)
1. 기관위원회에 대한 조사
2. 기관위원회에 대한 평가
3. 기관위원회위원에 대한 교육
4. 그 밖에 기관위원회에 대한 감독 및 지원에 필요한 업무로서 보건복지부령으로 정하는 업무
② 보건복지부장관은 제1항제2호에 따라 기관위원회의 운영 실적을 평가하고, 그 결과를 공개할 수 있다. (2010.1.18. 개정)
③ 기관위원회에 대한 평가 및 그 결과의 공개, 교육 등에 필요한 사항은 보건복지부령으로 정한다. (2010.1.18. 개정)
○ 제47조【위임 및 위탁 등】
① 보건복지부장관은 이 법에 의한 권한의 일부를 대통령령이 정하는 바에 따라 소속기관의 장에게 위임할 수 있다. (2008.2.29, 2010.1.18. 개정)
② 보건복지부장관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 업무의 일부를 관계 전문기관 또는 단체에 위탁할 수 있다. (2008.6.5, 2010.1.18. 개정)
1. 제10조의2에 따른 기관위원회 평가 및 기관위원회위원에 대한 교육에 관한 업무 (중략)
③ 보건복지부장관은 제2항의 규정에 따라 관계 전문기관 또는 단체에게 관리업무를 하게 한 때에는 그 관리에 필요한 예산을 보조할 수 있다.
□ 생명윤리및안전에관한법률 시행령 제19조의2【위임 및 위탁】
② 보건복지부장관은 법 제47조제2항제1호에 따라 법 제10조의2제1항제2호 및 제3호의 업무를 다음 각 호의 구분에 따라 위탁한다.
1. 기관위원회 평가에 관한 업무: 보건복지부장관이 지정ㆍ고시하는 평가기관
2. 기관위원회 위원 교육에 관한 업무: 보건복지부장관이 지정ㆍ고시하는 의과대학 또는 교육기관
□ 보건복지가족부 고시 제2009-30호
생명윤리 및 안전에 관한 법률 제10조의2 및 제47조, 같은 법 시행령 제19조제2항의 규정에 의하여 기관위원회 평가 및 위원 교육기관을 다음과 같이 지정·고시합니다.
2009. 2. 27.
보건복지가족부장관
기관위원회 평가 및 위원 교육기관 지정
사단법인 대한기관윤리심의기구협의회(KAIRB)를 ｢생명윤리 및 안전에 관한 법률｣ 제10조의2 및 제47조, 같은 법 시행령 제19조의2 규정에 의한 기관위원회 평가 및 위원 교육에 관한 업무 위탁기관으로 지정한다.
□ 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률
○ 제1조【목적】
이 법은 보조금예산의 편성ㆍ교부신청ㆍ교부결정 및 사용등에 관하여 기본적인 사항을 규정함으로써 효율적인 보조금예산의 편성과 그 적정한 관리를 기함을 목적으로 한다.
○ 제34조【별도계정의 설정등】
① 보조사업자 또는 간접보조사업자는 그 교부받은 보조금 또는 간접보조금에 대하여 별도의 계정을 설정하고 자체의 수입 및 지출을 명백히 구분하여 계리하여야 한다.
② 보조사업자 또는 간접보조사업자는 보조금 또는 간접보조금으로 취득한 것으로서 대통령령이 정하는 중요한 재산에 대하여는 그 증감과 현재액을 명백히 하여야 한다.
○ 제36조【검사】
① 중앙관서의 장은 보조금에 관한 예산의 적정한 집행을 기하기 위하여 필요하다고 인정할 때에는 보조사업자 또는 간접보조사업자에 대하여 보고를 하게 하거나 소속공무원으로 하여금 그 사무소 또는 사업장에서 장부ㆍ서류 기타 재산을 검사하게 하거나 관계자에게 질문하게 할 수 있다.
○ 제39조【회계관계에 관한 규정】
보조금의 회계에 관하여는 「국가재정법」 제11조 및 제99조의 규정을 준용한다. <개정 1997.12.13, 2006.10.4>
□ 국가재정법 제99조【예산 및 기금운용계획의 집행 및 결산의 감독】
기획재정부장관은 예산 및 기금운용계획의 집행 또는 결산의 적정을 기하기 위하여 소속 공무원으로 하여금 확인ㆍ점검하게 하여야 하며, 필요한 때에는 각 중앙관서의 장에게 관련 제도의 개선을 요구하거나 국무회의 심의를 거친 후 대통령의 승인을 얻어 예산 및 기금운용계획의 집행과 결산에 관한 지시를 할 수 있다. <개정 2008.2.29>
나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)
○ 서면2팀-472(2006.03.07)
【질의】
당 법인은 의료법에 의해 설립된 의료법인으로서 법인세법 제1조 제2항의 비영리법인에 해당하며 의료법인의 의료사업은 목적사업인 동시에 법인세법상 수익사업에 해당되는 특성이 있음.
당 법인은 응급의료에 관한 법률 제15조 및 동법 시행규칙 제7조의 규정에 의거, 보건복지부와 지방자치단체로부터 국고보조금을 수령하여 보조금결정통지서에 따라 의료업에 사용되는 의료기계를 구입 하거나 지정된 인건비 지급에 사용 하였음.
(질의내용)
1) 동 국고보조금이 법인세가 과세되는 비영리법인의 수익사업소득에 해당하는지 여부
2) 동 국고보조금이 비영리 법인의 과세소득이 아니라면 보조금으로 취득한 자산의 감가상각비와 보조금으로 지급한 인건비를 손금에 산입할 수 있는지 여부
3) 동 국고보조금 중 사용한 금액은 자본의 전입으로 회계처리 하여야 하는지 여부
【회신】
의료업을 영위하는 비영리법인이 「응급의료에 관한 법률」 제27조의 규정에 의하여 설치된 ‘응급의료정보센터’를 보건복지부로부터 위탁받아 운영하면서 국가 등으로부터 같은법 제15조의 규정에 따라 ‘정보센터 운영비’로 지급받는 보조금은 정보센터의 고유 업무에 속하는 자금으로서 법인세 과세 대상이 아니므로 당해 비영리법인의 수익 및 비수익사업 회계와는 별도로 구분 경리하여야 하는 것임.
다만, 당해 비영리법인이 같은법 제17조 및 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」의 규정에 의하여 ‘응급의료기관 지원비’등의 명목으로 국가 등으로부터 지원받는 국고보조금은 동 비영리법인의 회계에 속하는 자금으로서 「법인세법 시행령」 제2조의 규정에 의한 수익사업에서 발생된 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 당해 국고보조금을 수익사업 회계로 전출ㆍ사용하고 자본의 원입으로 경리한 의료기기 등 고정자산에 대하여는 「법인세법 시행령」제26조의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입할 수 있는 것임.
○ 서면2팀-1777(2005.11.04)
귀 질의의 경우 지방공기업법에 의하여 설립된 시설관리공단이 지방자치단체와 시설물 관리에 대한 위ㆍ수탁계약을 체결하여 동 시설물을 관리ㆍ운영함에 있어서 시설물 사용료에 대한 수입금액 전액이 지자체에 귀속되고 공단은 지방자치단체로부터 시설물의 관리ㆍ운영에 대한 수수료를 별도로 지급받는 경우 지방자치단체에 귀속되는 수입금액에 대하여는 법인세법 제2조 제3항의 규정에 의하여 납세의무가 없는 것이나,
공단에 직접 귀속되는 시설물 사용료에 대한 수입금액 및 공단이 지자체로부터 관리ㆍ운영의 대가로 받는 수입금액에 대하여는 법인세가 과세되는 것임.
○ 법인46012-4619(1995.12.26)
비영리법인이 지방자치단체로부터 병원의 운영권과 시설물사용관리권을 위탁받아 이를 관리·운용하고 실질적으로 지방자치단체에 귀속시키는 수익은 법인세법 제1조 제4항의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니하는 것임.