1. 질의내용 요약

○ 사실관계 및 질의요지

- A법인은 지분을 100% 소유하고 있는 B법인을 2011년에 흡수합병하고자 함

[질의1] 비적격합병시 피합병법인의 자산을 시가로 승계한 것으로 보도록 되어 있는데(법법§44의2①) 시가가 불분명한 경우 산정방법은

[질의2] 100% 자회사를 합병하면서 양도손익이 없는 것으로 선택하는 경우 합병매수차손(영업권)을 5년 상각할 수 있는지

[질의3] 피합병법인으로부터 승계받은 사업이 2 이상인 경우 승계받은 사업별로 결손금을 구분하여 공제하는 것인지

[질의4] A법인이 특수관계자인 C법인이 보유하고 있는 B법인 주식을 100억원(C법인이 제3자로부터 취득한 가액)에 취득하는 경우 부당행위계산부인대상인지 및 시가의 산정 방법은

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

 1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

 2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

 1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

 2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

③ 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하는 경우에는 제2항에도 불구하고 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제44조의2 【비적격 합병 시 합병법인에 대한 과세】

① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우로서 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 "순자산시가"라 한다)보다 적은 경우에는 그 차액을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다.

③ 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우에 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제45조 【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

③ 제44조의3제1항에 따른 합병의 경우 합병법인은 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 피합병법인으로부터 양도받은 자산의 처분손실을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 피합병법인으로부터 승계한 결손금으로 보아 제2항을 적용한다.

④ 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. <개정 2007.2.28, 2009.2.4>

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. <개정 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2010.12.30>

 1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

○ 법인세과-146, 2011.02.25

내국법인이 「법인세법」제44조제3항(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것)에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우에는 같은 법 제44조의2제3항의 규정이 적용되지 않는 것이며,

「법인세법」제44조의2제3항(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것)이 적용되는 금액은 같은 법 시행령 제80조의3제2항에 의한 것을 말하는 것임

○ 법인46012-875, 2001.08.10

(질의)

합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위안에서 공제함에 있어서

 - 피합병법인으로부터 2이상의 사업을 승계받은 경우 이월결손금 및 합병후 소득금액을 각 사업별로 구분하여 공제하는 것인 지

 - 피합병법인에서 발생한 이월결손금 및 소득금액을 통산하여 공제하는 것인 지 여부

(회신)

법인세법 제45조제1항의 규정을 적용함에 있어서 합병법인이 피합병법인으로부터 2이상의 사업을 승계받은 경우 피합병법인으로부터 승계받은 결손금은 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 통산하여 계산한 소득금액의 범위안에서 합병법인의 각사업연도 과세표준 계산시 공제하는 것임

☞ 구 법인세법 제45조 【합병시 이월결손금의 승계】

① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조제1호의 규정에 의한 결손금은 이를 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 이를 공제한다.