1. 질의내용 요약

○질의법인은 서울에서 합성수지 도매업을 10년이상 영위하다가, 2010년에 경기도 평택시에 공장시설을 갖추고 합성수지 제조업을 시작

 -본사 근무인원은 10명, 공장 근무인원은 30명임

○2011년에 본사를 충청도 아산시로 이전할 예정이며, 서울 본사직원은 전부 아산시로 이전하고, 공장직원은 평택에 근무

○ 질의요지

-(질의1)본사만 수도권 밖으로 이전하는 경우 사업을 시작한지 3년 미만인 제조업 소득에 대해서도 감면이 가능한지 여부

-(질의2)질의1의 경우 본사전체 인원 계산시 제조업 종사직원 포함여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 조세특례제한법 제63조 의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령으로 정하는 부동산업 및 건설업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2011년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2014년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2011년 12월 31일까지 보유하고 2011년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

나. 해당 과세연도의 이전(이전) 본사 근무 인원이 이전 후에 받는 급여 총액이 법인 전체 인원이 받는 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

다. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ 제2항제2호를 적용할 때 이전 본사 근무인원이란 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다)에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.

④ 제2항제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다.

2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 "임원"이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우

⑤ 지방이전법인이 수도권과밀억제권역에 있는 공장 또는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 법인세에 관하여는 제60조제2항·제4항·제6항 또는 제61조제3항·제5항·제6항을 준용한다.

⑥ 지방이전법인(공장을 이전한 경우만 해당한다)이 소유(합병·분할 또는 분할합병으로 인하여 소유권이 이전된 경우를 포함한다)한 이전 전 공장용 건축물의 부속토지로서 공장 이전일 현재 「지방세법」 제106조제1항제3호가목이 적용되는 토지는 공장을 전부 이전한 날부터 5년간 「지방세법」 제106조제1항제3호가목을 적용하는 토지로 본다. 다만, 공장을 이전하여 사업을 개시한 후 그 사업을 폐업한 이후에는 그러하지 아니하다.

⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.

1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병·분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우

3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우

5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우

6. 본사를 이전한 경우로서 제4항제2호에 해당하는 경우

○ 조세특례제한법 시행령 제60조 의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

② 법 제63조의2제1항제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.

1. 공장을 이전하는 경우에는 공장시설을 법 제2조제1항제9호의 규정에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에서 조업(「대기환경보전법」, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 또는 「소음·진동관리법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선·이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있을 것

2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것

④ 법 제63조의2제1항제2호의 규정에 의하여 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의2제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다.

1. 수도권 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도하거나 수도권과밀억제권역안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것

2. 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2011년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 2011년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2014년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

3. 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것

4. 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도로 전환한 날부터 2011년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2011년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2014년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

○ 조세특례제한법 제143조 【구분경리】

① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면2팀-1886, 2006.9.21

귀 질의의 경우, 「조세특례제한법」 제63조의 2 제1항 제1호의 “수도권 과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 본점을 둔 법인”이란 같은법 시행령 제60조의 2 제2항 제2호의 규정에 의하여 “본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있는 법인”을 말하는 것으로, 동 3년의 기간중에 당해 법인의 업종이 축소되거나 확대된 경우에도 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 기간이 3년 이상된 법인의 경우에는 동조의 감면대상이 되는 것이나, 다만, 수도권외의 지역으로 이전하면서 3년 이상된 업종은 폐업하고 3년 미만 업종만 이전하는 등 실질적으로 당해 수도권외 지역으로 이전한 법인의 영위업종이 주로 3년 미만인 경우에는 동조의 감면대상에 해당되지 아니하는 것입니다.

○ 재조예-859, 2004.12.28

1. 수도권과밀억제권역 안에 본사를 두고 제조업을 영위하는 법인이 본사를 지방으로 이전한 후 도매업 등을 새로이 추가하는 경우 당해 도매업 등에서 발생한 소득은 조세특례제한법 제63조의 2 제1항 제1호 및 동법 시행령 제54조 제2항 및 제60조의 2의 규정에 의하여 감면대상소득에 해당하지 아니하며,

2. 제조업을 영위하는 법인이 수도권과밀억제권내 본사를 지방으로 이전한 후 제조업 외의 업종을 추가한 경우의 감면세액계산을 함에 있어서 과세표준은 당해 제조업에서 발생한 소득에 한하고, 법인 전체인원ㆍ이전본사근무인원 및 수도권 안의 본사근무인원은 조세특례제한법 제143조 제1항의 규정에 의해 제조업에 종사하는 인원으로 하는 것임.

○ 서이46012-10199, 2003.1.27

조세특례제한법 제63조의 2의 규정을 적용함에 있어서 수도권 과밀억제권역에서 본점을 두고 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 법인이 설립한지 5년이 지나지 아니한 법인을 합병한 후 수도권생활지역 외의 지역으로 이전하는 경우 5년이 지나지 아니한 법인의 사업부문에서 발생하는 소득은 감면을 적용받을 수 없으므로 구분경리하여야 하는 것임

[ 회 신 ]

수도권과밀억제권역에 3년 이상 본사를 둔 법인이 본사를 수도권 밖으로 이전할 경우 본사의 이전등기일부터 소급하여 사업영위기간이 3년미만인 업종의 소득에 대해서는 ｢조세특례제한법｣ 제63의 2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】을 적용할 수 없는 것이며, 같은 법의 ‘법인 전체인원․이전 본사 근무인원 및 수도권 안의 본사 근무인원’ 계산시에도 3년 미만 영위 업종의 근무인원은 포함하지 않는 것입니다.