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1. 질의내용 요약

○ 질의내용

톤세를 포기하고 선박을 매각하는 경우 톤세적용기간에 발생한 감가상각비 한도초과 유보금액을 추인하는지 여부

○ 사실관계

-회사 선박의 상각방법은 회계와 세무가 동일하나 기업회계에 의한 내용연수가가 세무상 내용연수보다 단기이며, 이에 따라 법인세법상 매년 감가상각한도초과액이 발생함

- 회사는 외항선박(2008년 및 2009년 톤세적용) 1척을 보유하고 있는 바, 해당 선박의 연도별 감가상각비 한도초과 및 유보상황은 다음과 같음

   (주1) 2008년 및 2009년은 톤세를 적용하고, 2010년은 일반법인세 신고납부 규정을 적용하여 법인세를 신고납부 하였음

   (주2) 2008년 유보잔액 24.5억 중 8.5억은 톤세적용 이전인 2007년 이전에 발생된 유보금액임

   (주3) 2008년과 2009년은 톤세를 적용하였으나 유보관리를 위하여 감가상각비한도시부인을 실시함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제104조 의10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

 ① 내국법인 중 「해운법」상 외항운송사업의 경영 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 "해운기업"이라 한다)의 법인세과세표준은 2014년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다.

 1. 외항운송 활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제13조부터 제54조까지의 규정에도 불구하고 선박별로 다음 계산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 "선박표준이익"이라 한다)

  개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 톤당 1운항일 이익 × 운항일수 × 사용률

 2. 해운소득 외의 소득(이하 이 조에서 "비해운소득"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제13조부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 금액

 ② 제1항에 따른 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라 한다)를 적용받으려는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받으려는 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도(이하 "과세표준계산특례적용기간"이라 한다) 동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. 다만, 과세표준계산특례를 적용받고 있는 해운기업은 2010년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기할 수 있다.

 ③ 제1항을 적용할 때 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 합산하지 아니하며, 해운소득에 대해서는 이 법, 「국세기본법」 및 조약과 제3조제1항 각 호에 규정된 법률에 따른 비과세, 세액면제, 세액감면, 세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다.

 ④ 해운소득에 「법인세법」 제73조에 따라 원천징수된 소득이 포함되어 있는 경우 그 소득에 대한 원천징수세액은 법인세의 산출세액에서 이미 납부한 세액으로 공제하지 아니한다.

 ⑤ 과세표준계산특례 적용을 받기 전에 발생한 이월결손금은 제1항 각 호의 금액 계산 시 공제하지 아니한다.

 ⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간 동안 제1항에 따른 요건을 2개 사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 해당 과세표준계산특례적용기간의 남은 기간과 다음 5개 사업연도 기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다.

 ⑦ 과세표준계산특례를 적용받는 내국법인이 「법인세법」 제63조제4항에 따라 중간예납을 하는 경우 중간예납의 과세표준은 제1항부터 제5항까지의 규정에 따라 계산한 금액으로 하고, 같은 법 제63조제4항제1호 및 제2호는 비해운소득과 관련된 부분에 대해서만 적용한다.

 ⑧ 제1항을 적용할 때 톤당 1운항일 이익은 선박톤수, 해운기업의 운항소득, 법인세 납부 실적 및 외국의 운영 사례 등을 고려하여 톤당 30원을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정한다.

 ⑨ 운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 「법인세법」을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제104조 의7 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례】

 ⑧ 특례적용기업은 특례적용기간이 종료되거나 제1항에 따른 요건을 위반하거나 법 제104조의10제2항 단서에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기함으로써 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 「법인세법」을 적용받게 되는 경우에는 특례적용기간에도 계속하여 「법인세법」을 적용받은 것으로 보고 각 사업연도의 소득을 계산한다. 다만, 다음 각 호의 「법인세법」 규정을 적용하는 때에는 각각 해당 호의 계산방법에 따른다. <신설 2009.2.4, 2009.6.19>

 1. 「법인세법」 제19조의2를 적용할 때에는 같은 조 제1항의 대손금으로서 같은 법 시행령 제19조의2제1항 각 호의 채권을 회수할 수 없는 사유가 특례적용기간에 발생한 경우에는 같은 조 제3항에도 불구하고 해당 사유가 발생한 사업연도에 손금에 산입한 것으로 본다.

 2. 「법인세법」 제23조를 적용할 때 같은 조 제1항의 상각범위액은 같은 법 시행령 제30조를 준용하여 계산한다. 이 경우 특례적용기간에 「법인세법 시행령」 제26조제1항 각 호의 구분을 달리하는 고정자산이나 같은 법 시행령 제28조제1항제2호의 자산별·업종별 구분에 따른 기준내용연수가 다른 고정자산을 새로 취득한 경우에는 같은 법 시행령 제26조제3항 및 제28조제3항에도 불구하고 해당 자산에 관한 감가상각방법신고서 또는 내용연수신고서를 「법인세법」을 적용받게 된 최초 사업연도의 법인세 과세표준신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)할 수 있다.

○ 법인세법 제23조【감가상각비의 손금불산입】

   (2010.12.30, 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)

 ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업년도에 이를 손금으로 계상한 경우에 한하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위안에서 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다. <개정 2008.12.26>

 ② 제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감가상각비를 손금으로 계상한 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 감가상각비에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제30조【감가상각의 의제】

   (2010.12.30, 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것)

 ① 각 사업연도의 소득에 대하여 법인세가 면제되거나 감면되는 사업을 영위하는 법인으로서 법인세를 면제받거나 감면받은 경우 제24조 내지 제29조 및 제31조 내지 제34조의 규정에 의하여 그 감가상각자산에 대한 감가상각비를 계산하여 이를 손금으로 계상하여야 한다.

 ② 제1항의 규정에 의하여 감가상각자산에 대한 감가상각비를 손금으로 계상하지 아니한 법인은 그 후 사업연도의 상각범위액 계산의 기초가 될 자산의 가액에서 그 감가상각비에 상당하는 금액을 공제한 잔액을 기초가액으로 하여 상각범위액을 계산한다. <개정 2001.12.31>

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 관련 예규 없음