【관련 참고자료】

1. 사실관계 및 질의내용

O 사실관계

- 본 종교단체는 2005년 사찰건립용 임야를 출연받고 3년 내에 공익목적으로 사용할 계획으로 증여세를 면제받았음

- 그러나 특별한 사정없이 3년이 경과한 후에도 공익목적에 사용하지 못하다가 최근에 매각하고 관련세금을 신고납부하려고 함

- 출연당시 공시지가는 5억원이며 3년이 되는 날의 다음날의 공시지가는 12억원, 양도가액(6년후)은 24억원임

- 비영리법인이 수익사업인 자산양도차익에 대해 법인세를 신고함에 있어 양도가액에 대응하는 취득가액은 기부당시의 가액으로 함

- 반면 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우에는 미사용된 재산가액을 증여가액으로 하여 공익법인에게 증여세를 과세하며 이때 증여재산의 평가시점은 과세요인 발생일 현재 평가한 가액으로 함

O 질의내용

- 상증법 기본통칙을 따를 경우 상기 사례에 있어 증여일로부터 3년이 되는 기간까지의 자산가치상승분(7억원)에 대하여 법인세와 증여세가 이중으로 과세되는데 이를 조정할 방법은

2. 질의 내용에 대한 자료

 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

O 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. <개정 2010.12.27, 2011.7.25>

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등이 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식등을 취득하는 경우는 제외한다.

가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우

5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

6. 그 밖에 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업을 대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우

(이하 생략)

O 상속세 및 증여세법 시행령 제40조 【공익법인등에게 부과되는 증여세 과세가액의 계산등】

① 법 제48조제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가액을 말한다. <개정 1998.12.31, 1999.12.31, 2000.12.29, 2003.12.30, 2008.2.29, 2010.2.18>

1. 법 제48조제2항제1호 본문에 해당하게 되는 경우에는 다음 각목의 1의 가액

가. 직접 공익목적사업등외에 사용한 경우에는 그 사용한 재산의 가액

나. 3년이내에 직접 공익목적사업등에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우에는 그 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 재산의 가액

(이하 생략)

O 상속세 및 증여세법 기본통칙 48-39…6 【공익법인 등의 자기내부거래에 대한 증여세 과세】

(중간 생략)

③ 영 제39조 제3항, 영 제40조 제1항 제1호 및 제4호부터 제5호까지에 따라 공익법인 등에 부과되는 증여세과세가액은 각 규정에 따른 가액을 과세요인 발생일 현재 법 제60조부터 제66조까지에 따라 평가한 가액으로 한다. <개정 2011.05.20.>

 나. 종전 질의회신문

O 서면4팀-63, 2008.01.09

「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 제1호의 규정에 의하여 공익법인 등에 해당하는 종교단체가 재산을 출연 받은 경우로서 그 출연 받은 재산을 출연 받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 아니하는 경우에는 같은법 제48조 제2항 제1호의 규정에 의하여 증여세가 과세되는 것입니다. 이 경우 공익법인 등에 부과되는 증여세과세가액은 3년이 경과하는 날을 증여시기로 하여 같은법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액으로 하는 것입니다.