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질의회신
합병신주를 소각하는 경우 적격합병 충족 여부 등
법인세과-711생산일자 2011.09.28.
AI 요약
요지
합병으로 교부받은 자기주식을 합병등기일이 속하는 사업연도 또는 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 전부 소각하는 경우 적격합병 요건 위반 또는 적격합병 사후관리 위반임
회신
3개 이상 법인간 합병으로 피합병법인의「법인세법 시행령」제80조의2제5항에 해당하는 지배주주 등에게 교부한 주식이 합병법인의 자기주식이 되어 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이내 또는 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 자기주식을 전부 소각하는 경우 같은 법 제44조제2항제2호 적격합병 요건 또는 같은 법 제44조의3제3항제2호 의한 적격합병 사후관리 요건 위반에 해당하는 것임
질의내용

1. 질의내용 요약

○ 사실관계 및 질의요지

-’10.7.1이후 C법인은 A법인과 B법인을 흡수합병 하고자 하며, 지분구조는 아래와 같음

  * A법인은 B법인 주식을 합병등기일로부터 6년전에 취득, B법인은 C법인 주식을 합병등기일로부터 5년 전에 취득

- A법인에게 합병신주를 교부하고 합병 후 소각하는 경우 지배주주 등 주식처분요건을 적용하는 것인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

 1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

 2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

법인세법 제44조의3 【적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

① 제44조제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

③ 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

 2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

법인세법 시행령 제80조의2 【적격합병의 요건 등】

① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2010.12.30, 2011.3.31>

 1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  가. 제5항에 따른 주주등이 각각 합병으로 교부받은 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우

  나. 제5항에 따른 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우

  다. 제5항에 따른 주주등이 법 제44조제2항ㆍ제46조제2항ㆍ제47조제1항 또는 제47조의2제1항 각 호의 요건을 모두 갖추거나 법 제44조제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 하거나 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입하는 합병, 분할 또는 현물출자에 따라 주식등을 처분한 경우

  라. 제5항에 따른 주주등이 「조세특례제한법」 제37조ㆍ제38조 또는 제38조의2에 따라 주식등을 포괄적으로 양도, 현물출자 또는 교환ㆍ이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우

  마. 제5항에 따른 주주등이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우

  바. 제5항에 따른 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우

② 법 제44조제2항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제6조제4항제14호에 따른 기업인수목적회사로서 같은 호 각 목의 요건을 모두 갖춘 법인을 말한다. <신설 2010.12.30>

③ 법 제44조제2항제2호에 따른 피합병법인의 주주등이 받은 합병대가의 총합계액은 법 제16조제1항제5호에 따른 합병대가의 총합계액으로 하되, 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 피합병법인의 주식등이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 총합계액에 더한다. 이 경우 신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우로서 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등이 있는 경우에는 그 다른 피합병법인의 주식등을 취득한 피합병법인을 합병법인으로 보아 다음 각 호를 적용하여 계산한 금액을 총합계액에 더한다. <개정 2010.12.30>

 1. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조제7항에 따른 지배주주등이 아닌 경우: 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식등이 피합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 주식등의 취득가액

 2. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조제7항에 따른 지배주주등인 경우: 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 주식등의 취득가액

④ 법 제44조제2항제2호에 따라 피합병법인의 주주등에 합병으로 인하여 받은 주식등을 배정할 때에는 제5항에 따른 주주등에 다음 산식에 따른 가액 이상의 주식등을 각각 배정하여야 한다. <개정 2010.12.30>

합병법인이 피합병법인의 주주등에 지급한 합병법인의 주식등의 가액의 총합계액 × 제5항에 따른 각 주주등의 피합병법인에 대한 지분비율

⑤ 법 제44조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등"이란 피합병법인의 제43조제3항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주등을 말한다. <개정 2010.12.30>

 1. 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌 이상의 부계혈족과 그 부계혈족의 아내

 2. 합병등기일 현재 피합병법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

 3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제6조제4항제14호 각 목의 요건을 갖춘 기업인수목적회사와 합병하는 피합병법인의 지배주주등인 자

⑥ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조제2항제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다. <개정 2010.12.30>

법인세법 시행령 제80조의4 【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】

① 합병법인은 법 제44조의3제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 0보다 큰 경우에는 익금에, 0보다 작은 경우에는 손금에 각각 산입한다.

 1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정이 0보다 큰 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다. 이하 이 항에서 같다)와 상계하고 0보다 작은 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

 2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.

법인세법 시행령 제85조 【합병 및 분할 시의 자산ㆍ부채의 승계】

내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2제1항 후단, 제44조의3제2항, 제46조의2제1항 후단 또는 제46조의3제2항에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 "세무조정사항"이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다. <개정 2010.12.30>

 1. 법 제44조제2항 또는 제46조제2항의 요건을 갖추거나 법 제44조제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 한 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인등에 승계

 2. 제1호 외의 경우: 세무조정사항은 모두 합병법인등에 미승계

상법 제341조 【자기주식의 취득】- 2011.4.14. 개정 전 -

회사는 다음의 경우외에는 자기의 계산으로 자기의 주식을 취득하지 못한다. <개정 1984.4.10, 1995.12.29>

 1. 주식을 소각하기 위한 때

 2. 회사의 합병 또는 다른 회사의 영업전부의 양수로 인한 때

 3. 회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 때

 4. 단주의 처리를 위하여 필요한 때

 5. 주주가 주식매수청구권을 행사한 때

상법 제342조 【자기주식의 처분】- 2011.4.14. 개정 전 -

회사는 제341조제1호의 경우에는 지체없이 주식실효의 절차를 밟아야 하며 동조제2호 내지 제5호와 제341조의3 단서의 경우에는 상당한 시기에 주식 또는 질권의 처분을 하여야 한다. <개정 1984.4.10, 1995.12.29, 1999.12.31>

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

○ 법규과-1211, 2011.9.14.

합병법인이 피합병법인의 지배주주로서 보유하고 있는 주식(포합주식)에 대하여 합병신주(자기주식)를 교부받은 경우 합병법인은 「법인세법」제44조제2항제2호의 피합병법인의 주주 등에 포함되는 것이며,

피합병법인의 주주 등에 해당되는 합병법인이 동 합병신주(자기주식)를 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 법령상 의무를 이행하기 위하여 처분하는 경우에는「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호에 따른 부득이한 사유에 해당되는 것이나, 합병신주(자기주식)를 소각하는 경우에는 부득이한 사유에 해당되지 아니하는 것임

○ 기획재정부 법인세제과-351, 2011.4.22.

법인세법 제44조제2항제2호(2009.12.31 개정된 것)에 따른 피합병법인의 주주가 받은 합병대가의 총합계액에는 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득(2010.7.1 이후 취득한 것에 한한다)한 피합병법인의 주식이 있는 경우에는 법인세법 시행령 제80조의2제2항(2010.12.30 개정전의 것) 각호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 총합계액에 더하는 것이며,

합병시 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식에 대해 합병대가를 교부하지 않는 경우법인세법 시행령 제80조의2제3항(2010.12.30 개정전의 것) 산식에서 “제4항에 따른 각 주주등의 피합병법인에 대한 지분비율”은 같은 조 제4항에 따른 각 주주등의 피합병법인에 대한 지분(합병법인의 피합병법인에 대한 지분 제외)을 피합병법인 전체 지분(합병법인의 피합병법인에 대한 지분 제외)으로 나눈 비율로 하는 것임

○ 법무부 상사법무과-2091, 2010.7.7.

주권상장법인 A와 비상장법인 B가 A를 존속법인으로 하는 합병을 하는 경우

- A가 소유하고 있는 B주식(포합주식)에 대해서는 합병신주를 배정해도 무방하고 이 경우는 결국 자기주식을 취득하는 경우에 해당하므로 상당한 시기에 처분해야 한다는 입장이 유력한 견해임

- B가 소유하고 있는 B의 자기주식에 대해서는 합병에 의해 당연히 소멸하는 것으로 보아 합병신주를 배정할 수 없다는 견해가 유력함

법인세법 기본통칙 15-11…7 【 자기주식처분손익의 처리 】

자기주식을 취득하여 소각함으로써 생긴 손익은 각 사업연도 소득계산상 익금 또는 손금에 산입하지 아니하는 것이나, 매각함으로써 생긴 매각차손익은 익금 또는 손금으로 한다. 다만, 고가매입 또는 저가양도액은 그러하지 아니한다. <항번개정 2009.11.10>

② 제1항 본문을 적용할 때 에 자기주식의 취득가액은 해당 주식의 취득목적에 따라 매각목적 자기주식과 소각목적 자기주식으로 구분하여 영 제75조를 적용한다. <신설 2009.11.10>

법인세과-315, 2010.03.31

합병법인이 합병신주를 교부하지 않는 방식으로 피합병법인을 합병(합병비율 1:0)하는 경우 합병 전 피합병법인 주식의 평가와 관련하여 손금에 산입하지 아니한 지분법평가손실 금액은 합병법인의 각사업연도 소득금액 계산시 동 금액을 손금에 가산(△유보)하고 손금불산입(기타) 처분하는 것임

○ 서면2팀-7, 2007.1.4.

「법인세법」 제49조의 규정에 의한 합병시 자산ㆍ부채의 승계와 관련하여 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식에 대하여 합병시 신주를 교부하지 않은 경우 합병전 당해 주식의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니한 금액에 대하여는 동 금액을 합병법인의 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 가산한 후 익금불산입(기타) 처분하는 것임