1. 질의내용 요약

 가. 사실관계

 ○ A법인(매도인) 보유중인 부동산을 2009.11월경 B법인(매수인)과 매매계약을 체결함

 【계약내용】

  계약체결 즉시 B법인(매수인)은 총 매매금액의 51%를 지급하고, A법인(매도인)은 소유권이전등기를 B법인에게 이전하며, 잔금 49%는 2010년 5월까지 지급한다. 단, 잔금 49%의 지급이 약정된 시기에 지급되지 않는 경우 계약을 해제하고 해당 부동산의 소유권을 반환한다.

 ○ A법인은 부동산 양도와 관련하여 2009년 귀속 법인세 신고시 총매매대금의 양도차액을 신고·납부함

 - 2010년 5월까지 잔금이 미지급됨에 따라 2011년 8월 부동산매매계약내용에 따라 쌍방 합의로 매매계약 해제하고 부동산을 반환함

 나. 질의내용

 ○ 법인 소유의 부동산을 잔금청산 전에 소유권이전하고 법인세를 신고·납부한 후 잔금을 미지급함에 따라 매매계약이 해제된 경우 당초 신고한 법인세를 경정청구하여 환급받을 수 있는지 여부 및 경정청구가 가능한 경우 경정청구의 기산점

2. 관련법령

○ 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. <개정 2010.12.27>

 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

 2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

 3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

 4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

 5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③∼⑤ (생략)

○ 국세기본법 시행령 제25조의2 【후발적 사유】

법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

 2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3.∼4. (생략)

○ 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. <개정 2007.2.28>

 1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 "상품 등"이라 한다)의 판매：그 상품 등을 인도한 날

 2. 상품 등의 시용판매：상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.

 3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

 4. 자산의 위탁매매：수탁자가 그 위탁자산을 매매한 날

3. 유사사례

○ 법인46012-628, 1996.02.26

법인이 토지등을 양도하고 동 양도차익에 대하여 법인세와 특별부가세를 신고납부(결정 또는 경정포함)한 후 당초 계약을 해제함으로써 양도차익이 소멸된 경우, 각사업연도 소득에 대한 법인세는 당초 익금산입한 금액을 계약이 해제된 날이 속하는 사업연도에 손금에 산입하는 것이며, 특별부가세는 당초 양도일이 속하는 사업연도의 세액을 경정하여야 하는 것이나, 귀 질의의 경우 국세부과제척기간이 경과한 특별부가세는 과세표준이나 세액을 변경하는 경정을 할 수 없는 것입니다. 다만, 계약해제일이 속하는 사업연도에 다른 토지등의 양도차익이 있는 경우에는 소멸된 양도차익에 대한 특별부가세를 계약해제일이 속하는 사업연도의 특별부가세에서 차감하여 납부할 수 있습니다.

○ 법인46012-298, 2001.02.05.

상가를 신축판매하는 법인이 동 상가에 대한 양도시기 및 손익의 귀속시기가 도래하여 법인세를 신고한 후 당사자간의 계약불이행으로 계약이 해제된 경우에는 당해 상가의 분양수입과 분양원가 상당액을 그 계약의 해제일이 속하는 사업연도의 손익에 반영한다.

○ 법규과-898 2009.7.2.

아파트신축판매업을 영위하는 내국법인이 분양계약이 체결된 장기분양공사(건설착수일부터 인도일까지의 기간이 1년 이상인 건설)를 시행함에 있어 해당 분양 건축물의 사용승인일이 속하는 사업연도까지 ｢법인세법 시행령｣ 제69조제2항의 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금으로 계상 완료하였으나, 사용승인일 이후 수분양자의 중도금 및 잔금의 연체 또는 계약당사자 간의 합의에 따라 분양계약이 해제되어 당초 작업진행률에 따라 계상한 수입금액이 계약해제로 인하여 확정된 수입금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 분양계약의 해제일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 것입니다.