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1. 질의내용 요약

○ 질의내용

-당사는 2009 사업연도 까지 조특법 제63조의 2 규정에 의한 공장 지방이전 감면 및 본사 지방이전 감면을 적용 받아왔음

- 2010 사업연도에는 본사 지방이전 감면을 받지 않고 B공장에서 발생하는 소득은 중소기업특별세액감면을, C공장에서 발생하는 소득은 공장지방이전감면을 적용 가능한 지 여부

○ 사실관계

-2003.6.18 수도권과밀억제권역에서 법인설립하고 임차공장에서 제조업을 영위하였음(본사 및 A공장)

- 2005.7.1 수도권 과밀억제권역 외의 지역에 공장 매입하여 지점설립, A공장과 동일한 종류의 제품생산(B공장)

- 2006.10.12 지점에 공장 증축하고 수도권과밀억제권역 안의 본사와 공장(본사 및 A공장)을 지점(B공장)으로 이전함

  󰋯 지점B의 사업자등록을 말소(A․B공장을 합침) 하고 이전 전과 동일한 제품을 생산함

- 2009.8.1 현재의 본사 및 공장 소재지와 다른 지역인 수도권과밀억제권역 외의 지역에 공장을 임차(C공장)하고 당초 수도권과밀억제권역에서 수도권과밀억제권역 외의 지역으로 이전한 공장(A공장)을 다시 C공장으로 이전하여 이전 전과 동일한 제품을 생산함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】

 ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2011년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 적용하여 산출한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에서 규정하는 감면 비율을 적용한다. <개정 2010.12.27>

○ 조세특례제한법 제63조 의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

 ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령으로 정하는 부동산업 및 건설업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2010.1.1>

 1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

 2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2011년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2014년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2011년 12월 31일까지 보유하고 2011년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

 ② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2010.1.1, 2010.12.27>

  1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

  2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

  가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

  나. 해당 과세연도의 이전(이전) 본사 근무 인원이 이전 후에 받는 급여 총액이 법인 전체 인원이 받는 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

  다. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

  3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

○ 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】

 ⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제85조의6 제1항·제2항, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항과 제121조의2 또는 제121조의4에 따른 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. <개정 2010.1.1, 2010.12.27>

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 관련 예규 없음