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1. 질의내용 요약

○ 질의내용

  당해 법인은 2008.12.31 이전에 간접투자비율이 34.3%인 법인의 총자산이 5천억원 이상으로 독립성 기준이 법 시행전 이미 부적합하여

 - 조특법 시행령 부칙 제3조 [중소기업범위 적용례]를 적용하면 2009사업년도가 사유 발생한 년도가 되어 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 유예가능 여부

○ 사실관계

- 당사는 물류산업(화물터미널 운영업)을 영위하는 중소기업임

 󰋯 2008.2.22 개정된 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호“중소기업기본법 시행령 별표2 제1호에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유를 포함한다”로 개정되어 당해 법인에 투자하고 있는 주주법인 49%지분을 소유하고 있어 총자산이 5천억원 미만으로 독립성기준에 검토 제외되나

 󰋯 주주법인에 투자하고 있는 일방법인은 70% 지분을 소유하고 있어 당해 법인에 간접소유비율 34.3%로서 30% 이상 소유하고 있는 기업으로 총자산이 이법 시행전 과거부터 5천억원 이상으로 판단되어 실질적인 독립성에 부적합할 것으로 사료됨

- 그러나 조특법 시행령 부칙 제3조(2008.2.22 대통령령 제20620호)[중소기업범위에 관한 적용례] ①제2조 제1항 제3호의 개정규정은 2009.1.1이후 종료하는 과세연도분부터 적용한다. ② 제2조 제5항의 개정규정은 이영 시행후 최초로 그 사유가 발생하는 것부터 적용한다고 규정함

- 조특법 시행령 제2조제5항(2008.02.22개정)전문은 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 별표1과 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 본다고 개정되었음

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】- 2008.2.22 개정

① 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호의 규정에 적합할 것. 이 경우 같은 영 별표 2 제1호에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함한다.(2009년 1월 1일 이후 종료하는 과세연도 분부터 적용-부칙)

⑤제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 별표 1과 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. <개정 2000.1.10, 2000.12.29, 2005.2.19, 2006.2.9, 2008.2.22>

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】-2006.2.9 개정

① 3. 실질적인 독립성이 중소기업기본법시행령 제2조제2호의 규정에 적합할 것<개정 1998.12.31>

⑤제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. <개정 2000.1.10, 2000.12.29, 2005.2.19, 2006.2.9>

○ 조세특례제한법 시행령 부칙 <제20620호,2008.2.22>

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조 (일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제8827호 조세특례제한법 일부개정법률(이하 "개정법률"이라 한다) 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제3조 (중소기업의 범위에 관한 적용례) ① 제2조제1항제3호의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 종료하는 과세연도 분부터 적용한다.

② 제2조제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 그 사유가 발생하는 것부터 적용한다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 관련 예규 없음