1. 질의내용 요약

가. 사실관계

○ 질의법인은 8년이전의 사업연도까지는 이익을 창출하여 이익잉여금이 31억원 누적되었으나, 그 이후 사업연도에는 계속 순손실만 발생하여 결손금만 발생함(8년간 20억원 결손금 발생)

- 기업회계에서는 결손금을 기존 이익잉여금을 차감하는 형식으로 표시됨으로 이익잉여금이 줄어들어 현재 11억원(31-20)만 남았으나 세무상으로는 소급공제가 되지 않아 이월결손금만 20억원 남아 있음

○ 이 상황에서, 질의법인은 해산법인으로 청산절차를 진행하고 있음. 해산등기일 현재 ‘재무상태표’는 아래와 같음

 ＊세무조정계산서상 이월결손금 잔액은 20억원이며, 세법상 유보사항은 없음

○ 해산에 의한 청산소득금액을 계산함에 있어 잔여재산 가액에서 자기자본총액을 차감함

- 자기자본총액은 해산등기일 현재 자본금에 잉여금을 가산하되, 잉여금과 상계되는 이월결손금이 자기자본 총액에서 이미 상계되었거나 상계된 것으로 보는 이월결손금을 제외함

나. 질의요지

○ 자기자본 총액을 계산함에 있어 잉여금에서 차감하는 이월결손금의 범위

(갑설) 청산소득금액(0) = 자산(14억원)-자기자본총액(14억원)

    ＊자기자본총액(14억원) = 자본금(3억원)＋(이익잉여금 11억원-이월결손금 0원)

      - 이월결손금 20억원은 법인세법 시행령 제121조 제3항 단서 조항에서 잉여금에서 상계된 것으로 보는 것이므로 자기자본총액에서 차감되지 아니함

(을설) 청산소득금액(11) = 자산(14억원)-자기자본총액(3억원)

  ＊자기자본총액(3억원) = 자본금(3억원)＋(이익잉여금 11억원-이월결손금 11억원)

      - 법인세법 시행령 제121조 제3항 단서 조항은 선언적 의미의 규정이므로 공제하지 아니한 이월결손금은 차감함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

□ 법인세법 제79조 【해산에 의한 청산소득 금액의 계산】

① 내국법인이 해산(합병이나 분할에 의한 해산은 제외한다)한 경우 그 청산소득(이하 “해산에 의한 청산소득”이라 한다)의 금액은 그 법인의 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산등기일 현재의 자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계액(이하 “자기자본의 총액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (2010. 12. 30. 개정)

② 해산으로 인하여 청산 중인 내국법인이 그 해산에 의한 잔여재산의 일부를 주주등에게 분배한 후 「상법」 제229조ㆍ제285조ㆍ제519조 또는 제610조에 따라 사업을 계속하는 경우에는 그 해산등기일부터 계속등기일까지의 사이에 분배한 잔여재산의 분배액의 총합계액에서 해산등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액을 그 법인의 해산에 의한 청산소득의 금액으로 한다. (2010. 12. 30. 개정)

④ 내국법인의 해산에 의한 청산소득 금액을 계산할 때 해산등기일 현재 그 내국법인에 대통령령으로 정하는 이월결손금이 있는 경우에는 그 이월결손금은 그날 현재의 그 법인의 자기자본의 총액에서 그에 상당하는 금액과 상계하여야 한다. 다만, 상계하는 이월결손금의 금액은 자기자본의 총액 중 잉여금의 금액을 초과하지 못하며, 초과하는 이월결손금이 있는 경우에는 그 이월결손금은 없는 것으로 본다. (2010. 12. 30. 개정)

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 잔여재산가액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2010. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 시행령 제121조 【해산에 의한 청산소득금액의 계산】

① 법 제79조 제1항의 규정에 의한 잔여재산의 가액은 자산총액에서 부채총액을 공제한 금액으로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

② 제1항에서 “자산총액”이라 함은 해산등기일 현재의 자산의 합계액으로 하되, 추심할 채권과 환가처분할 자산에 대하여는 다음 각호에 의한다. (1998. 12. 31. 개정)

1. 추심할 채권과 환가처분할 자산은 추심 또는 환가처분한 날 현재의 금액 (1998. 12. 31. 개정)

2. 추심 또는 환가처분 전에 분배한 경우에는 그 분배한 날 현재의 시가에 의하여 평가한 금액 (1998. 12. 31. 개정)

③ 법 제79조 제4항 본문에서 “대통령령이 정하는 이월결손금”이라 함은 제18조 제1항의 규정에 의한 이월결손금을 말한다. 다만, 자기자본의 총액에서 이미 상계되었거나 상계된 것으로 보는 이월결손금을 제외한다. (2006. 2. 9. 단서신설)

□ 법인세법 제72조 【결손금 소급 공제에 따른 환급】

① 제25조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항에 따른 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여, 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령으로 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급 신청할 수 있다. 이 경우 그 결손금에 대하여는 제13조 제1호를 적용할 때 이를 공제받은 금액으로 본다. (2010. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 제13조 【과세표준】

내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. (2010. 12. 30. 개정)

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. (2010. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 제18조 【평가이익 등의 익금불산입】

다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다. (2010. 12. 30. 개정)

6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액 (2010. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 시행령 제18조 【이월결손금】

① 법 제18조 제6호에서 “대통령령으로 정하는 이월결손금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2011. 3. 31. 개정)

1. 법 제14조 제2항에 따른 결손금(법 제44조의 3 제2항 및 제46조의 3 제2항에 따라 승계받은 결손금은 제외한다)으로서 법 제13조 제1호에 따라 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액 (2010. 6. 8. 개정)

2. 법 제60조의 규정에 의하여 신고된 각 사업연도의 과세표준에 포함되지 아니하였으나 다음 각목의 1에 해당하는 결손금 중 법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금에 해당하는 것 (2003. 12. 30. 개정)

가. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정을 받은 법인의 결손금으로서 법원이 확인한 것 (2006. 3. 29. 개정 ; 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 시행령 부칙)

나. (삭제, 2006. 3. 29. ; 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 시행령 부칙)

다. 「기업구조조정 촉진법」에 의한 경영정상화계획의 이행을 위한 약정이 체결된 법인으로서 채권금융기관협의회가 의결한 결손금 (2005. 2. 19. 개정)

□ 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다. (2010. 12. 30. 개정)

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. (2010. 12. 30. 개정)

□ 상법 제447조 【재무제표의 작성】

이사는 매결산기에 다음의 서류와 그 부속명세서를 작성하여 이사회의 승인을 얻어야 한다. (1984. 4. 10. 개정)

1. 대차대조표

2. 손익계산서

3. 이익잉여금처분계산서 또는 결손금처리계산서

□ 상법 제449조 【재무제표등의 승인, 공고】

① 이사는 제447조 각호에 규정한 서류를 정기총회에 제출하여 그 승인을 요구하여야 한다. (1984. 4. 10. 개정)

② 이사는 제447조의 2의 서류를 정기총회에 제출하여 그 내용을 보고하여야 한다. (1984. 4. 10. 신설)

③ 이사는 제1항의 서류에 대한 총회의 승인을 얻은 때에는 지체없이 대차대조표를 공고하여야 한다.

□ 상법 제368조 【총회의 결의방법과 의결권의 행사】

① 총회의 결의는 이 법 또는 정관에 다른 정함이 있는 경우를 제외하고는 출석한 주주의 의결권의 과반수와 발행주식총수의 4분의 1 이상의 수로써 하여야 한다. (1995. 12. 29. 개정)

□ 기업회계기준서 제21호(재무제표의 작성과 표시)

81. 이익잉여금처분계산서는 미처분이익잉여금, 임의적립금등의이입액, 이익잉여금처분액, 차기이월미처분이익잉여금으로 구분하여 표시한다.

82. 미처분이익잉여금은 전기이월미처분이익잉여금(또는 전기이월미처리결손금)에 회계정책의 변경으로 인한 누적효과(비교재무제표의 최초회계기간 직전까지의 누적효과), 중대한 전기오류수정손익(비교재무제표의 최초회계기간 직전까지의 누적효과), 중간배당액 및 당기순이익(또는 당기순손실)을 가감하여 산출한다.

83. 이익잉여금처분액은 이익준비금, 기타법정적립금, 이익잉여금처분에 의한 상각등, 배당금, 임의적립금으로 구분하여 표시한다. 이익잉여금처분에 의한 상각등은 주식할인발행차금상각, 자기주식처분손실 잔액, 상환주식 상환액 등으로 한다. 배당금의 경우 현금배당과 주식배당으로 구분한다. 주식의 종류별 주당배당금액, 액면배당률은 배당금 다음에 표시하고, 배당수익률, 배당성향, 배당액의 산정내역은 주석으로 기재한다.

84. 결손금처리계산서는 미처리결손금, 결손금처리액, 차기이월미처리결손금으로 구분하여 표시한다.

85. 미처리결손금은 전기이월미처리결손금(또는 전기이월미처분이익잉여금)에 회계정책의 변경으로 인한 누적효과(비교재무제표의 최초회계기간 직전까지의 누적효과), 중대한 전기오류수정손익(비교재무제표의 최초회계기간 직전까지의 누적효과), 중간배당액 및 당기순이익(또는 당기순손실)을 가감하여 산출한다.

86. 결손금의 처리는 임의적립금이입액, 기타법정적립금이입액, 이익준비금이입액, 자본잉여금이입액의 순으로 한다.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 국심2001부903(2002.12.26)

【주문】

○○세무서장이 2001. 1. 9 청구법인에게 한 1999사업연도분 청산소득에 대한 법인세 1,384,926,570원의 부과처분은 청구법인의 자기자본총액에서 잉여금의 범위를 한도로 상계(차감)한 이월결손금 2,602,665,680원을 상계하지 않는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

청구법인은 1999. 6. 30 ○○○○(주)에 합병된 후 1999. 10. 2 청산소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 청산소득금액을 14,020,132,575원으로, 납부할 세액을 3,913,637,120원으로 신고하였는 바, 처분청은 합병대가의 총합계액에 법인세 대납액 1,143,916,752원을 가산하고, 청구법인이 청산당시까지 세무상 공제받지 못한 이월결손금 2,956,872,415원 중 청산당시 잉여금 범위내의 금액 2,602,665,680원을 자기자본총액에서 차감하는 등으로 청산소득금액을 17,734,144,504원으로 증액하여, 2001. 1. 9 청구법인에게 1999사업연도분 청산소득에 대한 법인세 1,384,926,570원을 추가로 부과하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001. 3. 28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청산소득금액 계산시 자기자본총액에서 잉여금의 범위를 한도로 차감하는 이월결손금은 자산수증익과 채무면제익 중 이월결손금 보전에 충당함으로 인하여 각 사업연도 소득금액 계산시 익금불산입된 금액을 말하며, 청구법인에는 이러한 금액이 없는데도 이 건 처분청이 청구법인의 자기자본총액에서 공제기한 5년 경과로 세무상 공제되지 아니한 미공제 이월결손금을 차감한 것으로 부당하다.

(2) 청산소득금액 계산시 자기자본총액에서 잉여금의 범위를 한도로 차감하는 이월결손금을 세무상 미공제된 이월결손금으로 본다 하더라도 청구법인의 세무상 자기자본총액에는 미공제 이월결손금이 이미 반영되었으므로 청산시점의 자기자본총액에서 세무상 미공제 이월결손금을 다시 차감하면 이월결손금이 이중으로 공제되어 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청산소득금액 계산시 자기자본총액에서 잉여금의 범위를 한도로 차감하는 이월결손금은 세무상 미공제된 이월결손금 잔액 즉, 자산수증익이나 채무면제익 등으로 보전한 후에도 세무상 공제되지 아니하고 남아 있는 미공제 이월결손금을 말하는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 법인세법 제79조 및 제80조의 규정에 의하면, 청산소득금액을 계산함에 있어 세무상 미공제 이월결손금은 해산등기일 현재의 자기 자본총액에서 이를 공제하도록 되어 있는바, 청구법인의 세무상 자기자본총액에 미공제 이월결손금이 이미 반영되어 있는지 여부를 확인하기 어려우므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청산소득금액 계산시 법인세법 제79조 제4항의 규정에 의하여 자기자본총액에서 잉여금을 한도로 차감하여야 할 미공제 이월결손금이 무엇을 의미하는지와

(2) 청산당시 청구법인의 세무상 자기자본총액에 미공제 이월결손금이 이미 반영되었는지 여부를 가리는데 있다.

다. 사실관계 및 판단

(나) 세무상 자기자본의 계산은 「자본금과 적립금조정명세서(갑)」 서식에서 기업회계상 전기말 대차대조표에 나타난 납입자본금(출자금)과 잉여금을 기초잔액으로 기재하고, 잉여금처분계산서(결손금처리계산서)에 나타난 사항(준비금, 적립금, 배당, 상여, 퇴직금 등 당기처분 내역 및 이월손익금)에 대한 당기 증감사항을 가감한 다음, 당기말 대차대조표상에 나타난 잔액을 기말잔액에 기재하여 기업회계상 자기자본 변동내역을 정리하고, 여기에 세무조정에 의하여 유보(또는 △유보)로 처분된 금액의 합계액인 「자본금과 적립금조정명세서(을)」 서식의 합계액을 더하여 산출하게 된다. [「자본금과 적립금조정명세서(갑)」 서식의 기재사항 참조]

(다) 한편, 법인세법 제79조 제4항에서 청산소득금액 계산시 자기자본총액에서 세무상 미공제된 이월결손금을 상계(공제)하라는 취지는 세무상 자기자본이 세법이 규정하는 바에 따라 적절하게 관리되었음에도 불구하고 여기에 각사업연도에 공제되지 아니한 미공제 이월결손금만큼 자기자본이 더 계상되어 있을 수 있음을 전제로 한다 할 것 이다.

즉, 납입자본금이나 각사업연도에 이미 법인세를 과세하고 자기자본으로 인정된 잉여금에 대하여 재차 과세할 수는 없을 것이므로, 청산시점의 세무상 자기자본에 각사업연도에 과세되지 아니하였거나 청산시점으로 과세이연된 금액이 포함되어 있음을 전제로 청산시점에서 이를 차감함으로써 청산소득에 합산하여 청산소득세가 과세되도록 하는 것이다 만약, 기업의 재무제표에서 잉여금을 계산하면서 공제기한 5년 경과로 세무상 공제받지 못할 이월결손금이 이미 공제(기업회계에서는 모든 결손금과 잉여금이 자동으로 상계됨)되었음에도 세무상으로는 이를 공제받지 못한 이월결손금으로 관리하였다면, 세무상 자기자본은 기업회계상 자기자본보다 그 공제받지 못할 이월결손금과 자동 상계된 잉여금만큼 더 크게 나타나는 것이 당연하다 할 것이다.

그러나, 실제적인 세무상 자기자본의 계산은 위 「자본금과 적립금조정명서세(갑)」 서식에서 보는 바와 같이 기업회계상 자기자본에 여타 세무조정에 의한 유보(또는 △유보)사항만을 가감하여 산출하게 되므로 세무상 자기자본은 기업회계상 이미 공제되고 남아있지 아니한 미처리 결손금(기업회계상 결손액과는 다소 차이가 있을 수 있음) 부분만큼 자기자본이 더 크게 나타나지 아니하는 경우가 대부분이며, 청산시점에 이르러 이렇게 관리된 자기자본총액에서 세무상 미공제된 이월결손금을 다시 차감하는 경우 미공제 이월결손금만큼 더 공제되는 문제(기업회계상 결손액과 세무상 결손금과의 차이, 세무조정에 의한 유보액으로 인하여 다소 차이가 있을 수 있음)가 발생할 수 있다.

이 건 청구법인의 경우 1991∼1994년 중 당기순이익(2,859백만원)의 발생으로 기업회계상 이월결손금은 감소(공제)되었고, 이러한 내용이 『자본금과 적립금조정명세서(갑)』 서식 상단의 『세무조정 유보소득 계산』란에는 이미 반영이 되어 있으나, 동 서식 하단의 『이월결손금계산서』상에는 공제기한(5년) 경과로 세무상 공제받지 못한 이월결손금 △2,956백만원이 그대로 유지된 점에서 위 논지를 이해할 수 있을 것이다.

따라서, 청구법인의 경우 청산시점의 자기자본총액에서 미공제 이월결손금을 다시 차감할 경우 결손금이 그만큼 더 공제되는 문제가 있다는 주장은 이유가 있는 것으로 판단된다.

○ 서면2팀-2685(2004.12.20) (⇦법인세과-3330, 2004.12.17)

귀 질의의 경우 법인이 법인세법 제79조 규정에 의한 청산소득금액을 계산함에 있어 각 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 이후의 각 사업연도의 과세표준계산시 공제되지 아니한 금액은 잉여금을 한도로 하여 자기자본총액에서 차감하는 것임.

○ 재법인-70(2005.08.31)

【질의】

(질의요지)

청산소득금액을 계산하는 경우 자기자본총액은 법인세 과세표준계산시 공제되지 아니한 이월결손금을 차감하여 계산하도록 규정하고 있는 바, 이러한 이월결손금의 범위는.

〈갑설〉［자본금과적립금조정명세서(갑) 1. 자본금과적립금계산서 19번란의 차감계 ⑤의 기말잔액］＋［환급법인세］

〈을설〉［자본금과적립금조정명세서(갑) 1. 자본금과적립금계산서 19번란의 차감계 ⑤의 기말잔액］＋［환급법인세］－ Min［잉여금, 자본금과적립금조정명세서(갑) 2. 이월결손금계산서 ⑬계의 세무상 미공제 이월결손금］

【회신】

「법인세법」 제79조 제4항의 규정에 의한 청산소득금액을 계산함에 있어서 자기자본의 총액에서 상계하는 이월결손금은 각 사업연도의 과세표준계산시 공제되지 아니한 「동법 시행령」 제18조 제1항의 규정에 의한 이월결손금이며, 이미 공제되었거나 공제된 것으로 보는 금액을 제외하는 것임.