1. 질의내용 요약

○ 사실관계 및 질의요지

- 학교법인이 ‘용역, 병원, 부동산임대 등’ 사업부문이 있으며, 사학기관 재무․회계 규칙 및 내부관리목적에 따라 1차로 사업부문별로 재무제표를 작성하고, 2차로 종합 재무제표를 작성하고 있음

- 고유목적사업준비금도 각 사업별 제무제표에 반영한 후 통합재무제표에 합산신고 하고 있음

[질의1] 고유목적사업준비금을 설정할 때 ‘수익사업에서 발생한 소득’의 범위에 세무조정으로 익금산입한 인정이자가 포함되는지

[질의2] 고유목적사업비를 지출하는 경우 상기의 통합재무제표를 기준으로 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 우선 상계하는 것인지 또는 개별재무제표의 고유목적사업준비금을 기준으로 상계하는 것인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

 1. 「소득세법」 제16조제1항제1호부터 제10호까지의 규정에 따른 이자소득의 금액

 2. 「소득세법」 제17조제1항제1호ㆍ제2호ㆍ제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

 3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

 4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(상계)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 법 제29조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

 1. 제36조제1항제1호에 해당하는 단체

 2. 삭제 <2001.12.31>

 3. 법령에 의하여 설치된 기금

 4. 「주택법」 제2조제2호에 따른 공동주택의 입주자대표회의 또는 자치관리기구

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조제1항제1호의 금액으로 본다. <개정 2007.2.28, 2008.2.22>

 1. 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액

 2. 제2조제1항제5호나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

 3. 「한국주택금융공사법」에 따른 주택금융신용보증기금이 동법 제43조의8제1항 및 제2항에 따른 보증료의 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

③ 법 제29조제1항제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조제1항제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조제1호에 따른 결손금과 법 제24조제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다.

④ 삭제 <2004.3.22>

⑤ 법 제29조제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

○ 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. <개정 2010.12.27, 2011.7.25>

 1. 「사립학교법」에 따른 학교법인, 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단 및 「평생교육법」에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 「민법」 제32조에 따른 비영리법인

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

○ 법인46012-4520, 1995.12.11

고유목적사업준비금 조정명세서[별지 제57호 서식(갑)] ①소득금액란에는 고유목적사업준비금에 대한 손금시부인 전의 각 사업연도 소득금액[별지 제2호 서식 106란]을 기재하는 것임

○ 서면2팀-907, 2004.04.28

비영리내국법인이 법인세법 제29조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득금액 계산상 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 경우에는 같은 조 제1항 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 손금에 산입하는 것으로

이 경우 동항 제4호의 수익사업에서 발생한 소득은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금 및 법정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액)에서 같은 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 같은 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 같은 법 제24조 제2항의 규정에 의한 법정기부금을 차감한 금액을 말하는 것임

○ 재법인46012-151, 2003.09.19

비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 토지를 처분하는 경우 정당한 사유여부에 불구하고 당해 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대해서는 법인세가 과세되는 것임. 다만, 동 금액에 대해서는 법인세법 제29조의 규정에 의하여 소득금액의 50％까지 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입이 가능하나 손금으로 계상한 고유목적사업준비금에 대해서는 5년 이내에 고유목적사업에 사용하도록 하고 있음.

○ 서면2팀-1223, 2007.06.26

비영리내국법인이「법인세법」제29조 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 법인 전체 금액에서 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 하며, 이 경우 직전사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보는 것임