1. 질의내용 요약

 가. 질의내용

 ○ 법정신고기한 내에 영세율과세표준을 과세분과세표준으로 신고한 후 신고기한이 경과하여 과소신고한 영세율과세표준을 수정신고하는 경우 「국세기본법」제48조 제2항 제1호에 따라 가산세 감면이 적용되는지 여부

나. 사실관계

 ○ 甲법인은 〇〇도시철도건설본부와 도시철도 건설용역 및 물품납품 계약을 체결함

  - 건설용역과 관련하여 2009.1기〜2010.2기에 걸쳐 과세매출로 발행된 세금계산서 중 일부금액이 영세율적용대상에 해당되어 수정세금계산서 발행 및 부가가치세 수정신고 예정임

2. 관련법령

○ 국세기본법 제48조【가산세의 감면 등】(2008.12.26. 법률 제9263호로 개정된 것)

 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

 ② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 감면한다. 다만, 제1호의 경우에는 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 50, 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 20, 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 10에 상당하는 금액을 감면한다. <개정 2008.12.26>

  1. 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 제45조의 규정에 따라 수정신고를 한 경우(제47조의3·제47조의4 및 「부가가치세법」 제22조 제7항에 따른 가산세에 한하며, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우를 제외한다)

  2. 법정신고기한 경과 후 1개월 이내에 제45조의3의 규정에 따라 기한후신고를 한 경우 (제47조의2의 규정에 따른 가산세에 한한다)

  3. 제81조의12의 규정에 따른 과세전적부심사 결정·통지기간 이내에 그 결과를 통지하지 아니한 경우(결정·통지가 지연됨으로써 해당기간에 부과되는 제47조의5의 규정에 따른 가산세에 한한다)

  4. 세법에 따른 제출·신고·가입·등록·개설(이하 이 호에서 "제출등"이라 한다)의 기한이 지난 후 1개월 이내에 해당 세법에 따른 제출 등의 의무를 이행하는 경우(제출등의 의무위반에 대하여 세법에 따라 부과되는 가산세에 한한다)

 ③ 제1항 또는 제2항의 규정에 따른 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다.

○ 부가가치세법 제22조【가산세】

 ⑦ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조제1항 및 제2항 단서 또는 제19조제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 때에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. <개정 2006.12.30>

○ 부가가치세법 시행령 제64조【예정신고와 납부】

 ⑨ 제2항에 따라 예정신고를 하는 경우에는 다음 각 호의 서류를 해당 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제2항의 신고로 보지 아니한다. <개정 2008.2.22>

  1. 법 제11조제1항과 이 영 제26조에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 제3항에서 규정하는 서류

  2. 「조세특례제한법」 제105조제1항에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 「조세특례제한법 시행령」 제106조제12항 및 「농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례 규정」 제4조 부칙에서 규정하는 서류

○ 부가가치세법 시행령 제65조【확정신고와 납부】

 ④ 제1항에 따라 확정신고를 하는 경우에는 다음 각 호의 서류를 해당 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제1항의 신고로 보지 아니한다. <개정 2008.2.22>

  1. 법 제11조제1항과 이 영 제26조에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 제2항에서 규정하는 서류

  2. 「조세특례제한법」제105조 제1항에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 「조세특례제한법 시행령」 제106조제12항 및 「농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례 규정」 제4조 부칙에서 규정하는 서류

○ 부가가치세법 기본통칙 11-64-13 【 영세율 과세표준 신고누락 및 첨부서류 미제출시 영세율 적용 】

 영세율 적용대상 과세표준을 예정신고 또는 확정신고시에 신고를 하지 아니한 경우, 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우 또는 영세율 첨부서류를 제출하지 아니한 경우(제출하여야 할 2가지 서류 중 1가지 서류를 제출하지 아니한 경우를 포함한다)에도 해당 과세표준이 영세율 적용대상임이 확인되는 때에는 영의 세율을 적용한다. 이 경우 법 제22조 제6항에 따른 영세율과세표준신고불성실가산세는 적용한다.(개정 1998.08.01.)

3. 유사사례

○ 징세과-0008, 2009.08.26.

 귀 질의의 경우 2009.1.1. 이후 최초로 수정신고하는 분부터는 영세율 과세표준신고불성실가산세를「국세기본법」 제48조 제2항 제1호에 따라 감면받을 수 있습니다.

○ 기획재정부 조세정책과-129, 2011.02.01.

법정신고기한 내에 영세율 과세표준을 기재하여 부가가치세법 제18조 및 제19조에 따른 신고를 하면서 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 사업자가 ’09.1.1. 이후 영세율 첨부서류를 제출하여 수정신고하는 경우 국세기본법 제48조제2항에 따라 부가가치세법 제22조제8항에 따른 가산세(영세율과세표준 신고불성실가산세)가 감면되는 것임