1. 사실관계

○ 해당법인은 중소기업법 및 조특법상의 중소기업으로서 2000.3. 남동국가산업단지에 공장을 취득하여 공업 및 농업용 비닐제조업을 11년 이상 영위하여 오던 중

 - 생산능력 확대를 위해 2010.12. 충남 아산에 신규공장을 준공하여 이전하였으며, 기존 남동국가산업단지의 공장은 두 필지로 분할하여 2011.5.과 2011.8.각각 매각함

2. 신청내용

○ 중소기업이 수도권과밀억제권역(이하 “수도권”) 밖에 소재한 공장에서 11년간 제조업을 영위하다 해당공장을 매각하고 다른 수도권 밖으로 이전한 경우,

 - 해당공장의 매각으로 발생한 양도차익에 대해【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】(조특법§85의8)를 적용할 수 있는지?

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제85조의8【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】

① 10년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역으로 공장을 이전하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2014년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다. (개정 2011.12.31)

 1. 내국법인: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도가 끝나는 날 이후 2년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 2개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

 2. 거주자: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한이 끝나는 날 이후 2년이 되는 날부터 2년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다.

② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 이전하지 아니하거나 해당 공장의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 관하여는 제33조제3항 후단을 준용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제79조의9【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】

① 법 제85조의8 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 수도권과밀억제권역(｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 따라 지정된 산업단지는 제외한다)을 말한다.

② 법 제85조의8 제1항 제1호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

 1. 이전하기 직전 지역에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "기존공장"이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도종료일 현재 ｢법인세법｣ 제13조 제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 뺀 금액

 2. 기존공장의 양도가액 중 새로운 공장(이하 이 조에서 "신규공장"이라 한다)의 취득(공장을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

④ 제2항 및 제3항을 적용할 때 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도 종료일까지 신규공장을 취득하지 아니한 경우 신규공장의 취득가액은 이전(예정)명세서상의 예정가액으로 한다.

⑤ 법 제85조의8 제1항이 적용되는 공장이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 기존공장 또는 신규공장의 대지가 기획 재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대해서는 법 제85조의8제1항을 적용하지 아니한다.

 1. 신규공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우

 2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 6년) 이내에 신규공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우

⑥ 법 제85조의8 제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

 1. 법 제85조의8 제1항 제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액

 2. 법 제85조의8 제1항 제2호에 따라 분할납부를 적용받은 경우에는 분할납부할 세액 전액

⑦ 법 제85조의8 제1항을 적용할 때 제4항에 따른 취득 예정가액에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 분할납부를 적용받은 때에는 실제 취득가액을 기준으로 제2항 및 제3항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 신규 공장을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 법 제33조 제3항 후단을 준용한다.

⑧ 법 제85조의8 제1항 제1호를 적용받으려는 내국법인은 기존공장의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제4항을 적용받은 후 신규공장을 취득하여 사업을 개시한 때에는 그 사업개시일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 이전완료보고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.