1. 질의내용 요약

가. 사실관계 및 질의요지

○ 질의법인이 특수관계에 있는 법인을 합병함에 있어 법인세법 제44조제2항제2호의 요건(합병대가 중 주식가액의 80% 이상) 판단시 주식가액의 산정방법

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

□ 법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의 3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. (2010. 12. 30. 개정)

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액 (2010. 12. 30. 개정)

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다) (2010. 12. 30. 개정)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. (2010. 12. 30. 개정)

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다. (2010. 12. 30. 개정)

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 (2010. 12. 30. 개정)

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 (2010. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 시행령 제14조 【재산가액의 평가 등】

① 법 제16조 제1항 각 호의 규정에 의하여 취득한 재산 중 금전외의 재산의 가액은 다음 각호에 의한다. (2009. 2. 4. 개정)

1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 “주식 등”이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 금액 (2009. 2. 4. 개정)

라. 기타의 경우에는 취득당시 법 제52조의 규정에 의한 시가(이하 “시가”라 한다).

□ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. (2010. 12. 30. 개정)

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다. (2005. 2. 19. 개정)

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의 2ㆍ제39조의 3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다. (2010. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 기본통칙 44-0…1 【합병평가차익상당액의 손금산입 등의 요건】

① 법 제44조 제1항 제2호의 요건을 적용함에 있어서 “합병대가의 총합계액”에 포함된 주식 등의 가액은 시가에 의한다. (2001. 11. 1. 신설)

② 분할신설법인이 다른 법인과 합병하는 경우 법 제44조 제1항 제1호의 규정에 의한 사업영위기간은 분할법인의 분할 전 사업기간을 포함하여 계산한다. (2003. 5. 10. 개정)

□ 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2011. 6. 3. 개정)

3의 2. 특수관계자인 법인 간 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할에 있어서 불공정한 비율로 합병ㆍ분할하여 합병ㆍ분할에 따른 양도손익을 감소시킨 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의 4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할하는 경우는 제외한다. (2010. 6. 8. 신설)

□ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. (2009. 2. 4. 개정)

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. (2010. 12. 30. 개정)

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의 2ㆍ제39조의 3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다. (2010. 12. 30. 개정)

□ 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. (2010. 1. 1. 개정)

1. 주식 및 출자지분의 평가 (2010. 1. 1. 개정)

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다. (2010. 1. 1. 개정)

나. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제13항 제2호에 따른 코스닥시장상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다. (2010. 1. 1. 개정)

다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. (2010. 1. 1. 개정)

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 【비상장주식의 평가】

① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의 2에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(「소득세법 시행령」 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. (2010. 2. 18. 개정)

  1주당가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액÷금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 “순손익가치환원율”이라 한다) (2010. 2. 18. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. (2003. 12. 30. 개정)

1주당 가액＝당해 법인의 순자산가액÷발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제56조 【1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법】

① 제54조 제1항에 따른 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제1호의 가액으로 하되, 해당 법인이 일시우발적 사건으로 해당 법인의 최근 3년간의 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등 제1호의 가액으로 하는 것이 불합리한 것으로 기획재정부령으로 정하는 경우에는 제2호의 가액으로 할 수 있다. 이 경우 그 가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. (2010. 2. 18. 개정)

1. 다음의 산식에 의하여 계산한 가액 (2001. 12. 31. 개정)

1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액

＝ [(평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×3)＋(평가기준일 이전 2년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×2)＋(평가기준일 이전 3년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×1)]×1/6

2. 기획재정부령으로 정하는 신용평가전문기관, 「공인회계사법」에 따른 회계법인 또는 「세무사법」에 따른 세무법인 중 둘 이상의 신용평가전문기관, 회계법인 또는 세무법인이 기획재정부령으로 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액(2011. 7. 25. 개정)

② 제1항 각 호 외의 부분 전단에 따라 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 같은 항 제2호의 가액으로 하는 경우는 법 제67조 및 제68조에 따른 상속세 과세표준신고 및 증여세 과세표준신고의 기한까지 신고한 경우로서 1주당 추정이익의 산정기준일과 평가서 작성일이 해당 과세표준신고의 기한 이내에 속하고, 산정기준일과 상속개시일 또는 증여일이 같은 연도에 속하는 경우로 한정한다. (2011. 7. 25. 신설)

□ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의 3 【1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법】 (2001. 4. 3. 조번개정)

① 영 제56조 제1항 각호외의 부분 전단에서 “기획재정부령으로 정하는 경우”란 다음 각호의 1에 해당하는 사유로 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액으로 평가하는 것이 불합리한 경우를 말한다. (2010. 3. 31. 개정)

1. (삭제, 2005. 3. 19.)

2. 기업회계기준의 자산수증이익, 채무면제이익, 보험차익 및 재해손실(이하 이 조에서 “자산수증이익등”이라 한다)의 합계액에 대한 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감전 손익에서 자산수증이익등을 뺀 금액에 대한 최근 3년간 가중평균액의 50퍼센트를 초과하는 경우 (2010. 3. 31. 개정)

3. 평가기준일전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 합병ㆍ분할ㆍ증자 또는 감자를 하였거나 주요업종이 바뀐 경우 (2001. 4. 3. 신설)

4. 법 제38조의 규정에 의한 증여받은 이익을 산정하기 위하여 합병당사법인의 주식가액을 산정하는 경우 (2001. 4. 3. 신설)

5. 최근 3개 사업연도 중 1년 이상 휴업한 사실이 있는 경우 (2003. 12. 31. 신설)

6. 기업회계기준상 유가증권ㆍ유형자산의 처분손익과 자산수증이익등의 합계액에 대한 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감전 손익에 대한 최근 3년간 가중평균액의 50퍼센트를 초과하는 경우 (2010. 3. 31. 개정)

7. 주요 업종(당해 법인이 영위하는 사업 중 직접 사용하는 유형고정자산의 가액이 가장 큰 업종을 말한다)에 있어서 정상적인 매출발생기간이 3년 미만인 경우 (2003. 12. 31. 신설)

8. 제1호부터 제7호까지와 유사한 경우로서 기획재정부장관이 정하여 고시하는 사유에 해당하는 경우 (2010. 3. 31. 개정)

□ 상속세 및 증여세법 제38조 【합병에 따른 이익의 증여】

① 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 법인의 합병(분할합병을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)으로 인하여 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인[이하 “합병당사법인”(合倂當事法人)이라 한다]의 주주(출자자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 대주주가 합병으로 인하여 대통령령으로 정하는 이익을 받은 경우에는 그 합병일(합병등기를 한 날을 말한다)에 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. (2010. 1. 1. 개정)

② 제1항에 따른 이익에 상당하는 금액은 합병당사법인의 주주가 소유하는 주식 또는 지분에 대하여 합병 직후와 합병 직전을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액의 차액으로 한다. (2010. 1. 1. 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

□ 법인세법 집행기준 44-0-3(합병시 과세특례요건)

합병 시 과세특례 적용요건은 다음과 같다.

○ 법인세과-695(2011.09.21)

귀 질의의 사실관계와 같이 내국법인이 특수관계에 있는 법인을 합병하면서 불공정한 비율로 합병하여 정상적으로 받아야 할 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 80 이상이 되지 않는 경우에는 「법인세법」제44조제2항에 따른 적격합병으로 볼 수 없으며,

불공정한 비율로 합병하여 양도소득을 과소계상한 것에 대해서는 같은 법 시행령 제88조제1항제3호의2에 따라 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 것임(법규과-1212, 2011.9.14.)

○ 재법인46012-52(2000.03.31)

【질의】

(질의 1)

법인세법(이하 “법”이라 함) 제44조 제1항 제2호의 요건을 적용함에 있어서 “합병대가의 총합계액”에 포함된 주식 등의 가액을 시가에 의하는지, 액면가액에 의하는지 여부

〈갑설〉시가에 의함.

（이유）법인세법시행령(이하 “영”이라 함) 제14조 제1항 제1호의 규정에 따라 주식 또는 출자지분의 가액을 평가하는 경우 법 제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 것에 한하여 그 가액을 액면가액 또는 출자금액으로 하고 있으므로,

       주식 등의 가액을 평가하기에 앞서 위 요건을 갖춘 것인지 여부를 판단하기 위한 주식 등의 가액은 시가에 의하여야 함.

〈을설〉액면가액에 의함.

（이유）위 요건의 주식 등의 가액에 대하여는 별도의 규정이 없고, 동 요건이 합병대가의 총합계액중 주식 등의 가액이 95％ 이상인지를 가리는 것이므로 그 가액을 액면가액 또는 출자금액으로 하는 것이 효율적임.

【회신】

귀 질의의 경우 질의 1은 〈갑설〉, 질의 2는 〈을설〉 , 질의 3 내지 6은 각각 〈갑설〉, 질의 8ㆍ10 및 11은 각각 〈을설〉 이 타당함.

○ 서이46012-11771(2002.09.25)

귀 질의 1)의 경우 법인이 인적분할의 방법에 의하여 분할함에 있어 분할신설법인에게 자산을 시가에 미달하는 가액으로 이전하는 경우에도 분할법인과 분할신설법인간에는 동 거래에 대하여 부당행위계산의 부인에 관한 법인세법 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 것이며,

질의 2)의 경우 법인이 비상장법인인 분할신설법인의 분할 당시 주식의 시가를 산정함에 있어 상속세및증여세법시행령 제54조 제1항의 규정에 의한 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중 평균액은 같은법시행령 제56조 제1항 제2호의 규정에 의한 1주당 추정이익의 평균가액을 적용하는 것임.

○ 법인46012-2418(1999.06.26)

해산하는 내국법인이 그 청산소득을 계산함에 있어서 시가가 불분명한 비상장주식을 환가처분 전에 분배한 경우에 법인세법시행령 제121조 제2항 규정의 “자산총액”에 포함하는 당해 주식의 가액은 그 분배한 날 현재의 상속세 및 증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의하는 것이며

이 경우 “1주당 최근 3년간의 순손익의 가중평균액”을 같은법시행령 제56조 제1항 제2호의 규정에 의하는 경우 동호의 규정에서 “신용평가전문기관”이라 함은 한국신용평가주식회사·한국신용정보주식회사·한국기업평가주식회사를 말하는 것임.

○ 법인46012-3506(1999.09.15)

귀 질의의 경우 법인이 시가가 불분명한 비상장주식의 가액을 법인세법시행령 제89조 제2항 제2호의 규정에 따라 상속세 및 증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가하는 경우에

당해 법인이 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 법인세법 제60조의 규정에 의한 기한내에 신고하는 경우에 한하여 상속세 및 증여세법시행령 제56조 제1항 제2호 규정에 의한 신용평가전문기관이 산출한 1주당 추정이익을 같은법시행령 제54조 제1항의 “1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액”으로 할 수 있는 것임.