1. 질의내용 요약

가. 사실관계

○ 질의법인은 2006년부터 2009년까지 외국법인으로부터 공장설립 또는 증설 관련하여 전문 기술용역을 제공받고 이에 대한 대가를 지급하면서 사용료 소득으로 분류하여 원천징수 납부함

○그러나 최근(2012년 초) 동 대가가 인적용역소득에 해당된다는 사실을 확인하였고 경정청구 기한(3년) 내에 있는 2009년도 귀속분에 대하여는 경정청구를 통해 환급을 받음

○부과제척기간이 경과한 2006년분에 대하여는 환급을 포기하더라도 2007년 및 2008년 귀속분은 질의법인(원천징수의무자)이 원천세 수정신고서를 제출하여 조정환급을 하고자함

나. 질의요지

○ 법인원천세를 과오납하였으나 경정청구 기한(3년)이 경과한 경우 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 세액에서 조정하여 환급하는 것이 가능한지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

○「국세기본법」 제45조2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

<생략>

④ …「법인세법」 제93조제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자"는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 「소득세법」 제164조, 제164조의2 및 「법인세법」 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자"로, 제1항 각 호 외의 부분 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항제1호 중 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항제2호 중 "과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액"으로 본다.

1. <생략>

2. <생략>

3. 원천징수의무자가 「법인세법」 제98조에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 같은 법 제120조 또는 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 징세과-366, 2009.11.30

소득세법 제73조 제1항 제1호 내지 제8호에 해당하는 소득에 대하여 연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 소득세법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한 내에 제출한 원천징수의무자 또는 근로소득자 등은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때, 원천징수영수증에 기재된 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 환급세액에 미달하는 때에는 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한 경과 후 3년 이내에 과세표준 및 세액의 경정 등을 관할세무서장에게 청구할 수 있음