1. 사실관계

○ 갑법인은 출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스업을 영위하며 9월말 결산을 하는 법인으로서

- 2010.9.30. 종료하는 사업연도까지는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항에 따른 중소기업에 해당

○ 2009.3.25. ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제2호다목이 신설됨에 따라

- 소유와 경영의 실질적인 독립성에 관한 요건의 하나로서 관계회사(소정의 지배 또는 종속관계에 있는 기업의 집단을 말함)와 합산한 상시근로자수등이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 별표1의 기준을 초과하는 경우에는 중소기업에 해당하지 아니하게 됨

- 해당 규정은 2011.1.1.부터 시행

○ 갑법인은 아래와 같이 2010.9.30. 기준으로 관계회사와 상시근로자수등을 합산할 경우 ｢중소기업기본법 시행령｣ 별표1의 기준을 초과하게 됨

- 합산 상시근로자수 기준

- 합산 매출액 기준

 - 중소기업청으로부터 2011.1.1.부터 중소기업에서 제외된다는 예고 통지를 받음(중소기업청 정책총괄과-635, 2011.5.31.)

2. 신청내용

○ 2009.3.25. 개정된 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제2호다목의 규정이 ｢조세특례제한법｣상 중소기업 여부를 판단할 때 적용되는 시기

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

① ｢조세특례제한법｣(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), …(중략)… 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. (2010.12.30. 개정)

 1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 ｢중소기업기본법 시행령｣ 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

 2. 삭제 (2000.12.29.)

 3.실질적인 독립성이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제2호가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제2호다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 "｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. (2010.12.30. 개정)

 1. ｢중소기업기본법｣의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

 2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

 3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제2호가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (2010.2.18. 개정)

○ 조세특례제한법 시행령 부칙 (2010.12.30. 대통령령 제22583호)

제1조(시행일)

이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조제7항제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행하고, 제16조의2제2항 및 제108조제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조제1항제3호 전단(｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제2호다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년1월1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례)

① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제2조【중소기업의 범위】

① ｢조세특례제한법 시행령｣(이하 "영"이라 한다) 제2조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체(사업장이 국내 또는 ｢개성공업지구 지원에 관한 법률｣ 제2조제1호에 따른 개성공업지구에 소재하는 업체에 한한다)에 의뢰하여 제조하는 사업으로서 그 사업이 다음 각 호의 요건을 충족하는 경우를 말한다.

 1. 생산할 제품을 직접 기획(고안·디자인 및 견본제작 등을 말한다)할 것

 2. 당해 제품을 자기명의로 제조할 것

 3. 당해 제품을 인수하여 자기책임하에 직접 판매할 것

② 영 제2조제1항 각호외의 부분 단서 및 동항제1호에서 "상시 사용하는 종업원수"라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원, ｢소득세법 시행령｣ 제20조에 따른 일용근로자, ｢기술개발촉진법 시행령｣ 제15조제1항에 따른 기업부설연구소의 연구전담요원 및 ｢근로기준법｣ 제2조제1항제8호에 따른 단시간근로자(이하 이 항에서 ‘단시간근로자’라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다] 수로 한다. 이 경우 종업원수는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다. (2011.4.7. 개정)

② 영 제2조제1항 각호외의 부분 단서 및 동항제1호에서 "상시 사용하는 종업원수"라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자(주주인 임원, 「소득세법 시행령」 제20조의 규정에 의한 일용근로자 및 「기술개발촉진법 시행령」 제15조제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 연구전담요원을 제외한다)수로 한다. 이 경우 종업원수는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산한다. (2005.3.11. 개정)

③ 영 제2조제1항 각호외의 부분 단서에서 "자기자본"이라 함은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표(이하 이 조에서 "대차대조표"라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액을 말한다.

④ 영 제2조제1항 각호외의 부분 단서 및 동항 제1호에서 "매출액"이라 함은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 창업·분할·합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.

⑤ 영 제2조제1항 각호외의 부분 단서에서 "자산총액"이라 함은 과세연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산총액을 말한다.

⑥ 영 제2조제1항제1호에서 "자본금"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.

 1. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제9조에 따른 주권상장법인과 ｢주식회사의 외부감사에 관한 법률｣ 제2조의 규정에 의한 외부감사의 대상이 되는 기업의 경우에는 대차대조표상의 자본금과 자본잉여금을 합한 금액

 2. 제1호외의 기업인 경우에는 대차대조표상의 자본금과 대차대조표상의 자산에서 부채를 차감한 금액중 많은 금액

⑦ 영 제2조제4항에 따른 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는 ｢국제조세조정에 관한 법률 시행령｣ 제2조제2항을 준용한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 부칙 (2011.4.7. 기획재정부령 제204호)

 제1조 (시행일)

 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 별지 제69호 서식(1) 및 별지 제69호 서식(2)의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행한다.

 제2조 (중소기업의 범위에 관한 적용례)

제2조제2항의 개정규정은 이 규칙 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.