[관련 참고자료]

1. 사실관계

가.한국철도공사(이하 갑이라 함)는 한국철도시설공단(이하 을이라함)과 「일반철도 시설개량사업 위∙수탁계약」을 체결하고 관련 사업을 진행하고 있음

 (1)을은 순수일반철도시설개량사업(과세분)과 도시철도시설개량사업(영세율)으로 구분하여 사업계획을 과년도 12월까지 확정하며

 (2) 당해연도에 분기별로 위탁사업비를 지급하고 당해 사업연도 종료 후 3개월 이내에 당해 위탁사업비에 대해 정산을 하고 있음

 (3) 갑이 수행하는 시설개량사업은 2~3개월의 단기개량사업과 2~3년이 소요되는 장기개량사업도 있으며, 공사현장이 전국에 산재하여 있고 공사기간이 서로 상이하며 하도급 업체수가 수백여개에 이름

나. 따라서 을은 갑에게 확정된 사업계획에 따라

 (1) 당해연도에 분기별 위탁사업비 지급 시 계획금액(잠정금액)에 근거한 세금계산서를 발급함

 (2) 사업연도 종료 후 계획금액(잠정금액)과 실제금액 간의 차이에 대하여 정산관련 수정세금계산서 발행이 필수적임

다. 위 계약과 관련하여 추진중인 “도시철도시설개량사업”의 경우 「조세특례제한법」105조제1항제3호에 따라 영세율이 적용됨

 (1) 을은 영세율대상인 도시철도시설개량사업부분에 대해서 지금까지 부가가치세 과세되는 세금계산서를 발행하였으므로 이에 대해 다음과 같이 수정세금계산서를 발행하여 경정청구를 신청하고자 함

 (2) 당초 세금계산서 발행 내역 (예) (공급가액) 1,000,000 (세액) 100,000

 (3) 수정 세금계산서 발행할 내역 (예) (공급가액) 1,000,000 (세액) 70,000

    - 과세분 (공급가액) 700,000 (세액) 70,000

    - 영세율분 (공급가액) 300,000 (세액) 0

2. 질의내용

(1) 위와 같이 분기별 사업계획에 따라 영세율이 적용되는 “도시철도시설개량사업”에 대해 잠정금액으로 세금계산서를 발행하고 다음년도에 정산 시 수정세금계산서를 발행하는 것이 가능한지,

(2) 그리고 이 경우 영세율첨부서류는 어떻게 제출해야 하는지

(3) 영세율적용대상 “도시철도시설개량사업”에 대해 당초 착오로 부가가치세가 과세되는 세금계산서를 교부한 경우, 경정청구 가능 여부 및 가산세 해당 여부

(4) 기존에 영세율 적용 대상분과 과세대상분에 대하여 한 장의 세금계산서를 발행하였는데, 경정청구를 진행 할 경우 두 장의 세금계산서로 나누어서 수정세금계산서를 발행하는 것인지, 한 장의 세금계산서에 과세내역과 영세율내역을 작성하고 총합계를 기입하면 되는 것인지 여부