※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

   -1987.00. 갑, A농지 취득 및 재촌자경

   - 2009.03. 갑, 경영회생지원제도에 따라 농어촌공사에 환매조건부로 A농지 양도

   - 2011.08. A농지 도로 신설을 위한 사업인정고시

   - 2012.02. 갑, 환매권을 행사하여 농어촌공사로부터 A농지를 다시 취득

              ※ 사유 : A농지가 도로로 편입된다는 정보를 입수

   - 2012.02. 갑, A농지 수용

 ○ 질의내용

 경영회생지원제도에 따라 재촌자경하던 A농지를 환매조건부로 양도한 후 환매권을 행사하여 다시 취득한 다음 해당 토지가 수용된 경우 「조세특례제한법」제77조의 양도소득세 감면 규정을 적용받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

 ○ 조세특례제한법 제77조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 25로 하되, 「보금자리주택 건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 40(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 50)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

 2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

 (이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

 ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

 3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축 허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

 5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

6. 「민법」 제245조 제1항의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해 부동산의 점유를 개시한 날

 7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날

8. 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준용한다.

 9. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다.

 10. 제158조 제2항의 경우 자산의 양도시기는 주주 1인과 기타주주가 주식등을 양도함으로써 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50 이상이 양도되는 날. 이 경우 양도가액은 그들이 사실상 주식등을 양도한 날의 양도가액에 의한다.

 (이하 생략)

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제24조의 3 【경영회생 지원을 위한 농지 매입 등】

 ① 공사는 자연재해, 병충해, 부채의 증가 또는 그 밖의 사유로 일시적으로 경영위기에 처한 농업인 또는 농업법인의 경영회생을 지원하기 위하여 그 농업인 또는 농업법인이 소유한 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 매입하여 그 농업인 또는 농업법인에게 임대할 수 있다.

② 공사는 제1항에 따라 매입한 농지등을 임대하는 경우 임대기간 중에는 그 농지등을 제3자에게 매도하여서는 아니 된다.

③ 제1항에 따라 농지등을 공사에 매도하고 다시 임차한 그 농지등의 전 소유자 또는 포괄승계인은 임차기간이 끝나기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사에 대하여 그 농지등의 환매(환매)를 요구할 수 있고, 공사는 그 농지등이 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 없으면 요구에 따라야 한다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 농지등의 매입가격ㆍ환매가격 및 지급방법, 임대기간ㆍ임대료 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의 4 【경영회생 지원을 위한 농지의 매입 등】

① 법 제24조의3제1항에 따라 자기 소유의 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 "농지등"이라 한다)을 공사에 매도하고 이를 임차하려는 농업인 또는 농업법인은 공사에 농지등의 매도 및 임차를 신청하여야 한다.

 ② 공사는 제1항에 따른 신청을 받은 경우에는 해당 농업인 또는 농업법인에 대하여 경영위기의 정도, 경영회생 가능성 및 경영능력 등 농림수산식품부령으로 정하는 평가기준에 적합한지를 종합적으로 검토한 후, 적합한 경우에는 신청 대상 농지등을 매입할 수 있다.

 ③ 공사가 법 제24조의3제1항에 따라 농지등을 매입하는 경우 그 매입가격은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 농지: 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 평가한 금액

 2. 농지에 딸린 농업용시설: 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 임대기간 만료 시점을 기준으로 평가한 금액

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의5 【임대기간ㆍ임대료】

① 공사가 법 제24조의3 제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경우 그 임대기간은 7년으로 한다.

② 공사는 법 제24조의3제1항에 따라 농지등을 매도한 농업인 또는 농업법인이 제1항에 따른 임대기간에 경영회생을 하기 어려운 사유가 있다고 인정되는 경우에는 농림수산식품부령으로 정하는 바에 따라 3년을 초과하지 아니하는 범위에서 임대기간을 연장할 수 있다.

③ 공사가 제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경우 연간 임대료는 그 농지등의 매입가격에 1천분의 10의 범위에서 농림수산식품부장관이 정하는 비율을 곱하여 산정한 금액으로 하며, 월할(月割) 또는 일할(日割)로 계산할 수 있다.

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의6 【농지등의 환매】

① 법 제24조의3제3항에 따라 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)이 그 농지등에 대하여 환매(還買)를 요구하려는 경우에는 농림수산식품부령으로 정하는 바에 따라 공사에 환매를 신청하여야 한다.

② 환매권자가 제1항에 따라 환매신청을 하는 경우에는 매도한 농지등의 전부에 대하여 환매를 신청하여야 한다. 다만, 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 있는 농지등은 제외하고 환매를 신청할 수 있다.

 ③ 공사가 법 제24조의3제3항에 따라 매입한 농지등을 환매하는 경우 그 환매가격은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

 1. 농지: 다음 각 목의 금액 중 낮은 금액

가. 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 평가한 금액

나. 농지 매입가격과 농지 매입가격에 환매일까지 농림수산식품부장관이 농업 정책자금의 이자율 등을 고려하여 정하는 이자율을 적용하여 산출한 금액을 합산한 금액

 2. 농지에 딸린 농업용시설: 해당 농업용시설의 매입가격

④ 공사는 환매권자가 임대기간을 연장하지 아니하고 제19조의5제1항에 따른 임대기간 중에 환매를 요청하는 경우로서 환매대금을 한꺼번에 납입하기 어려운 사유가 있다고 인정되는 경우에는 농림수산식품부령으로 정하는 바에 따라 환매대금을 분할하여 납입하게 할 수 있다.

⑤ 공사는 환매권자가 법 제24조의3제3항에 따른 농지등의 임대기간 만료일까지 공사에 환매를 요구하지 아니하는 경우에는 임대기간이 끝난 후 그 농지등을 제3자에게 매도하거나 임대할 수 있다. 이 경우 그 농지등의 매도 또는 임대에 관하여는 제19조의3을 적용한다.

○ 재정경제부 재산세제과-94, 2005.08.18.

공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제91조의 규정에 의하여 협의매수 또는 수용된 토지를 당해 사업의 폐지ㆍ변경 등으로 협의 매수일 또는 수용의 개시일 당시의 토지소유자가 환매권 행사로 취득한 후 이를 양도하는 경우 당해 토지의 취득시기는 소득세법 시행령 제162조의 규정에 의하여 환매대금을 청산한 날(대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일)임

 ○ 서면인터넷방문상담4팀-1893, 2007.06.14.

 [ 회 신 ]

 소유 부동산을 민법 규정에 의한 “환매”조건부로 유상 양도하고 환매권을 보유한 상태에서 소유권 이전등기를 하는 경우에는「소득세법」제88조 규정에 의한 “양도”에 해당하여 양도소득세가 과세되는 것입니다.

 [질의내용]

- ○○○○공사에서 농가의 경영회생 지원을 돕기위해 농민으로부터 환매조건부로 농지를 매입하는 경우 농민에게 양도소득세가 과세되는지 여부

○ 조심2009광0179, 2009.02.26, 기각

 가. 청구인 주장

 청구인은 농협으로부터의 대출금을 변제하기가 어려워 ○○○○공사로부터「○○○○공사 및 농지관리법」에 의한 경영회생지원자금을 지원받으면서 쟁점농지 및 감면농지를 환매조건부로 양도하였으나, 이와 같이 양도소득세가 부과된다는 사실을 알았다면 양도하지 아니하였을 것이고, 양도당시 ○○○○공사 직원들도 이러한 설명을 해주지 아니하였던바, 이 건 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당하다.

 나. 처분청 의견

환매조건부로 유상양도하고 환매권을 보유한 상태에서 소유권 이전등기를 하는 경우에도 「소득세법」 제88조 소정의 ‘양도’에 해당하므로, 청구인이 8년 이상 보유하지 아니한 쟁점농지에 대하여 양도소득세 감면을 배제한 이 건 과세처분은 적법하다.

 3. 심리 및 판단

 (1) ~ (2) 생략

 (3) 살피건대, 소득세법 제88조에 의하면 양도소득세의 대상이 되는 ‘양도’라 함은 ‘자산이 유상으로 사실상 이전되는 것’을 의미한다 할 것이고, 청구인이 제출한 농지등매매계약서, 쟁점농지에 대한 등기부등본에 의하면 청구인은 2007.6.4. ○○○○공사에게 쟁점농지를 314,080,000원에 매도한다는 내용의 계약을 체결한 사실, ○○○○공사는 같은 날 위 매매를 원인으로 하여 쟁점농지에 대한 소유권이전등기를 경료한 사실이 확인되는바, 양수인인 ○○○○공사는 쟁점농지에 대한 소유권을 유상으로 유효하게 취득하였다 할 것이므로, 비록 청구인이 ○○○○공사로부터 경영회생지원자금을 지원받기 위하여 쟁점농지를 매도함과 동시에 쟁점농지를 임차하면서 임차기간내에 환매권을 행사할 수 있다 하더라도, 이 건 양도는 소득세법 제88조 소정의 ‘양도’에 해당한다고 봄이 타당하다.

(4) 따라서, 청구인의 쟁점농지에 대한 양도소득세 감면 신청을 받아들이지 아니한 이 건 과세처분은 정당하다고 판단된다.