1. 사실관계

○ 갑법인은 2004~2008사업연도에는 세무상 결손이 발생하였고 2009사업연도부터 각 사업연도 소득이 발생하여 2004～2006사업연도 발생분 결손금을 다음과 같이 순차적으로 이월결손금으로 공제하여 법인세를 신고

                       (단위 : 억원)

○ 갑법인은 2012사업연도 반기 재무제표 작성 및 중간예납 준비를 위해 세무상 이월결손금 보유현황 및 과거 사업연도분 세무신고 내역을 검토하던 중

 - 2006사업연도에 발생한 세무상 결손금 923억원 중 419억원은 2004, 2005 사업연도에 발생한 매입할인 등으로 인한 것으로

 - 해당 금액 중 154억원은 2004사업연도에 265억원은 2005사업연도에 각각 귀속되어야 할 손금이라는 사실을 발견

 - 이 경우 당초 2006사업연도 법인세 신고시 상기 귀속시기 오류 금액 419억원을 손금불산입하고 경정청구를 통해 2004사업연도 및 2005사업연도의 결손금을 각각 154억원, 265억원 증액하였어야 하나,

 - 갑법인은 착오로 2006사업연도에 이러한 조정을 누락하였으며, 그 결과 상기 귀속시기 오류금액 419억원은 전액 2006년에 발생한 결손금으로 신고되었음

○ 만일, 상기 귀속시기 오류금액의 손익 귀속시기를 위와 같이 적정하게 조정하였더라면 각 사업연도별 세무상 결손금 발생 및 공제내역과 2012사업연도의 이월결손금 기초잔액은 다음과 같이 수정됨

                (단위 : 억원)

2. 신청내용

○ 부과제척기간이 경과한 사업연도에 대한 손익귀속시기 적용착오로 결손금이 감소되어야 하나

 - 이월결손금 공제기한 내에 당초 신고된 결손금으로 과다공제된 경우

 - 부과제척기간이 경과한 결손금에 대해 수정한 가액을 반영하여 부과제척기간 내에 있는 사업연도의 과세표준을 산정함에 있어 이월결손금을 재계산하여야 하는지

3. 관련법령

○ 법인세법 제13조【과세표준】

  내국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

 1. 각 사업년도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, ｢국세기본법｣ 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.(개정 2009.12.31. 후단신설)

 2.～3. (생략)

○ 부칙(2009.12.31. 법률 제9898호) 제4조【과세표준에 관한 적용례】

  제13조, 제76조의13제2항 및 제91조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다.

  다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다.

○ 법인세법 제66조【결정 및 경정】

 ① (생략)

 ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

  1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

  2.～4. (생략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.