1. 질의내용

가. 사실관계

○ 신청인은 「중소기업기본법」제2조 및 같은 법 시행령 제3조제1항에 따른 중소기업으로「조세특례제한법」제30조제1항에서 규정하는 중소기업체에 해당하는

 - 의료기기 도매업을 경영하는 (주)甲에 2012.1.9. 정규직으로 취업하여 현재까지 근무하는 근로자로

 - 신청인은 「조세특례제한법 시행규칙」제61조에서 규정하는 [별지 제11호서식] 중소기업 취업 청년 소득세 감면 신청서(2012.2.28.개정)를 2012.2.29부터 현재까지 원천징수의무자인 (주)甲에 제출하지 아니하여

 - 중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면을 적용받지 아니함

나. 질의내용

○ 「조세특례제한법」제30조 및 같은 법 시행령 제27조에 따른 중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면 적용시 감면신청기한을 경과하여 신청하더라도 소득세 감면을 적용받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 조세특례제한법 제30조【중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면】

① 대통령령으로 정하는 청년이 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업(비영리기업을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조에서 "중소기업체"라 한다)에 2012년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 취업하는 경우 그 중소기업체로부터 받는 근로소득으로서 취업일부터 3년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 소득에 대해서는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 소득세 감면기간은 소득세를 감면받은 사람이 다른 중소기업체에 취업하거나 해당 중소기업체에 재취업하는 경우에 관계없이 소득세를 감면받은 최초 취업일부터 계산한다.

② 제1항을 적용받으려는 근로자는 원천징수의무자에게 감면 신청을 하여야 한다.

③ 원천징수의무자는 제2항에 따라 감면 신청을 받은 경우 그 신청을 한 근로자의 명단을 신청을 받은 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 원천징수 관할 세무서장은 제3항에 따라 감면 신청을 한 근로자의 명단을 받은 경우 해당 근로자가 제1항의 요건에 해당하지 아니하는 사실이 확인되는 때에는 원천징수의무자에게 그 사실을 통지하여야 한다.

⑤ 제4항에 따라 감면 신청을 한 근로자가 제1항의 요건을 갖추지 못한 사실을 통지받은 원천징수의무자는 그 통지를 받은 날 이후 근로소득을 지급하는 때에 당초 원천징수하였어야 할 세액에 미달하는 금액의 합계액에 100분의 105를 곱한 금액을 해당 월의 근로소득에 대한 원천징수세액에 더하여 원천징수하여야 한다. 다만, 해당 근로자가 퇴직한 경우 원천징수의무자는 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서장에게 통지하여야 한다.

⑥ 제5항 단서에 따라 통지된 근로자에 대하여는 해당 근로자의 주소지 관할 세무서장이 제1항을 적용받음에 따라 과소징수된 금액에 100분의 105를 곱한 금액을 해당 근로자에게 소득세로 즉시 부과·징수하여야 한다.

⑦ 제1항을 적용할 때 2011년 12월 31일 이전에 중소기업체에 취업한 자가 2012년 1월 1일 이후 계약기간 연장 등을 통해 해당 중소기업체에 재취업하는 경우에는 제1항에 따른 소득세 감면을 적용하지 아니한다.

⑧ 제1항부터 제7항까지에서 규정한 사항 외에 소득세 감면의 신청절차, 제출서류, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제27조【중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면】

①법 제30조제1항에서 “대통령령으로 정하는 청년”이란 근로계약 체결일 현재 연령이 15세 이상 29세 이하인 사람을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 근로계약 체결일 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 29세 이하인 사람을 포함한다.

1.｢병역법｣ 제16조 또는 제20조에 따른 현역병(같은 법 제21조·제24조·제25조에 따라 복무한 상근예비역 및 경비교도·전투경찰순경·의무소방원을 포함한다)

  2. ｢병역법｣ 제26조제1항제1호 및 제2호에 따른 공익근무요원

  3. ｢군인사법｣ 제2조제1호에 따른 현역에 복무하는 장교, 준사관 및 부사관

②제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다.

1.｢법인세법 시행령｣ 제20조제1항제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 임원

2.해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)와 그 배우자

3.제2호에 해당하는 자의 직계존속·비속(그 배우자를 포함한다) 및 ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2제1항에 따른 친족관계인 사람

4.｢소득세법｣ 제14조제3항제2호에 따른 일용근로자

5.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 보험료 등의 납부사실이 확인되지 아니하는 사람

가.｢국민연금법｣ 제3조제1항제11호 및 제12호에 따른 부담금 및 기여금

나. ｢국민건강보험법｣ 제62조에 따른 직장가입자의 보험료

③법 제30조제1항에서 “대통령령으로 정하는 기업”이란 농업, 임업 및 어업, 광업, 제조업, 전기·가스·증기 및 수도사업, 하수·폐기물처리·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업, 숙박 및 음식점업(주점 및 비알콜 음료점업은 제외한다), 출판·영상·방송통신 및 정보서비스업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 부동산업 및 임대업, 연구개발업, 광고업, 시장조사 및 여론조사업, 건축기술·엔지니어링 및 기타 과학기술서비스업, 기타 전문·과학 및 기술 서비스업, 사업시설관리 및 사업지원 서비스업, 기술 및 직업훈련 학원, 사회복지 서비스업, 수리업을 주된 사업으로 영위하는 기업을 말한다. 다만, 국가, 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다), ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 공공기관 및 ｢지방공기업법｣에 따른 지방공기업은 제외한다.

④법 제30조제2항에 따라 감면 신청을 하려는 근로자는 기획재정부령으로 정하는 감면신청서에 병역복무기간을 증명하는 서류 등을 첨부하여 취업일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. 이 경우 원천징수의무자는 감면신청서를 제출받은 달의 다음 달부터 ｢소득세법｣ 제134조제1항에도 불구하고 매월분의 근로소득에 대한 소득세를 원천징수하지 아니한다.

⑤원천징수의무자는 법 제30조제3항에 따라 감면 신청을 한 근로자의 명단을 원천징수 관할 세무서장에게 제출할 때에는 기획재정부령으로 정하는 감면 대상 명세서를 제출하여야 한다.

⑥원천징수의무자는 법 제30조제5항 단서에 따라 해당 근로자가 퇴직한 사실을 원천징수 관할 세무서장에게 통지할 때에는 기획재정부령으로 정하는 감면 부적격 대상 퇴직자 명세서를 제출하여야 한다.

⑦법 제30조제1항에 따른 중소기업체로부터 받는 근로소득(이하 이 조에서 “감면소득”이라 한다)과 그 외의 종합소득이 있는 경우에 해당 과세기간의 감면세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

 감면세액=｢소득세법｣ 제137조제1항제2호에 따른 종합소득산출세액×같은 법 제20조제2항에 따른 근로소득금액이 같은 법 제14조제2항에 따른 종합소득금액에서 차지하는 비율×법 제30조제1항에 따른 중소기업체로부터 받는 총급여액이 해당 근로자의 총급여액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 “감면급여비율”이라 한다)

⑧｢소득세법｣ 제59조제1항에 따른 근로소득세액공제를 할 때 감면소득과 다른 근로소득이 있는 경우(감면소득 외에 다른 근로소득이 없는 경우를 포함한다)에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 근로소득세액공제액으로 한다.

 세액공제액=｢소득세법｣ 제59조제1항에 따라 계산한 근로소득세액공제액×(1-감면급여비율)

나. 관련사례

○ 기획재정부 조세정책과-382, 2010.4.8

  근로소득세액의 연말정산 또는 종합소득과세표준확정신고를 하는 때에 조세특례제한법 제18조의2의 규정에 의하여 외국인근로자에 대한 과세특례방법(단일세율 적용방법, 비과세 적용방법) 중 어느 하나에 대한 과세특례를 적용받은 외국인근로자는 동 규정에 의한 다른 과세특례방법을 적용받기 위하여 국세기본법 제45조의2의 규정에 따른 경정청구를 할 수 있는 것임.

○ 서면2팀-637, 2008.4.7

 [사실관계]

　2006년 2월 법인 설립하여 조특법 시행령 제5조의 6항의 대통령령이 정하는 엔지니어링 사업을 영위하며 상시종업원수는 2006년의 경우 13명이며, 2007년의 경우 30명임. 회사는 2006년과 2007년 말 현재 (구)조세특례제한법 제30조의 2 “고용창출형창업기업”에 대한 세액감면에서 규정하고 있는 업종, 상시근로자 수, 창업 등의 요건을 만족하고 있으나 2006년 법인인세 신고시 (구)조세특례제한법 제30조의2 “고용창출형창업기업”에 대한 세액감면 신청을 하지 아니하였음

 [질의요지]

 2006년 법인세 신고 시 누락한 위 세액감면에 대한 경정청구가 가능한지 여부

 [회 신]

 (구)조세특례제한법 제30조의2 “고용창출형창업기업”에 대한 세액감면 요건을 만족하였다면 경정청구가 가능한 것이며, 창업일이 속하는 과세연도의 월수가 6월 이하인 경우에는 창업일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 (구)조세특례제한법 제30조의2제3항 규정에 의거 세액감면을 적용받을 수 있는 것입니다.

○ 서면2팀-543, 2007.3.29

법인이 세액의 감면 및 세액공제의 요건을 모두 충족을 하였으나 세액감면신청서 또는 공제신청서를 제출하지 않고 당해연도에 납부할 세액이 있어 공제ㆍ감면을 적용 받을 수 있음에도 불구하고 공제ㆍ감면을 적용받지 않은 경우에는 경정청구를 통하여 공제ㆍ감면을 적용 받을 수 있는 것임

○ 서삼46019-10623, 2006.4.16

조세특례제한법 제122조에 의한 수입금액증가 등에 대한 세액공제를 받고자 하는 자가 종합소득세 과세표준확정신고시 수입증가 등 세액공제신청서를 제출하지 아니하였더라도 경정청구와 함께 동 신청서를 제출하는 경우 동 세액공제를 받을 수 있는 것임

○ 서면1팀-1333, 2004.9.24

  종합소득과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자로서 조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】에 대한 감면을 신청하지 아니하여 감면을 받지 못한 경우 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 경정 등의 청구를 하여 감면을 적용받을 수 있는 것입니다.