1. 질의내용 요약

가. 사실관계 및 질의요지

○질의법인은 투자부문과 제조부문을 영위하고 있으며, 법인세법 제46조제2항의 요건을 갖추어 제조부문을 분할신설법인으로 분할하고자 함

 -2011년까지 연구인력개발준비금을 손금산입하였고, 그 중 일정금액은 이익잉여금을 처분하여 적립금으로 적립하였음

 -제조부문 인적분할시 신설법인에게 제조부문과 관련된 연구인력개발준비금의 세무상 유보잔액을 승계하고자 함

○질의요지 : 분할하는 경우 분할신설법인은 순자산장부가액과 자본금의 차액을 기업회계기준에 따라 주식발행초과금으로 계상하게 됨

 -적격분할인 경우 법인세법 시행령 제85조에 따라 세무상 유보잔액을 모두 승계할 수 있는데, 주식발행초과금으로 계상된 연구인력개발준비금의 승계가능 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

○법인세법 제46조 【분할 시 분할법인 등에 대한 과세】

① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. <개정 2011.12.31>

1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액

2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. <개정 2011.12.31>

1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제2항제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

○법인세법 제46조의3 【적격 분할 시 분할신설법인 등에 대한 과세특례】

① 제46조제2항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 분할신설법인등은 제46조의2에도 불구하고 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제46조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 분할신설법인등은 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 분할법인등의 분할등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 분할법인등이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

○ 법인세법 시행령 제85조 【합병 및 분할 시의 자산･부채의 승계】

내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2제1항 후단, 제44조의3제2항, 제46조의2제1항 후단, 제46조의3제2항 또는 제47조제4항에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 "세무조정사항"이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인등에 승계

2. 제1호 외의 경우: 법 제33조제3항ㆍ제4항 및 제34조제6항에 따라 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인등이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인등에 미승계

○법인세법 제61조 【준비금의 손금계상 특례】

① 내국법인이 「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.

② 제1항에 따른 준비금의 손금 계상 및 그 금액의 처리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○법인세법 기본통칙 61-98…1 【준비금 등의 손금계상 특례규정 적용】

법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금이 다음 각호에 해당하는 경우에는 적립하여야 할 금액에 미달하게 적립한 적립금 또는 처분하여야 할 금액을 초과하여 처분한 적립금에 상당하는 준비금을 당해 준비금을 손금 계상한 사업연도에 손금불산입한다. 이 경우 적립금에는 기업회계기준에 따라 당해사업연도에 세무조정계산서에 손금으로 산입한 준비금 및 특별감가상각충당금으로 인한 법인세 효과를 고정부채인 이연법인세대로 계상한 금액을 포함한다. <개정 2001.11.01>

1. 당해 준비금을 손금산입한 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금에 상당하는 적립금을 적립하지 아니하거나 일부만을 적립하는 경우. 다만 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가 적립하여야 한다.

2. 당해 준비금을 익금에 산입하는 사업연도의 이익처분에 있어서 익금산입에 상당하는 적립금을 초과하여 처분하는 경우 <신설 1985.01.01>

○조세특례제한법 제9조 【연구･인력개발준비금의 손금산입】

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. <개정 2011.12.31>

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금이 있는 내국인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 연구ㆍ인력개발준비금 전액을 익금에 산입한다.

1. 해당 사업을 폐업하였을 때

2. 법인이 해산하였을 때. 다만, 합병 또는 분할(분할합병을 포함한다)로 인하여 해산하는 경우로서 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 해당 연구ㆍ인력개발준비금을 승계한 때에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연구ㆍ인력개발준비금 명세서를 제출하여야 한다.

○조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

④ 법 제9조제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 연구·인력개발준비금 명세서를 제출하여야 한다.

○조세특례제한법 통칙 4-0…2 【합병시 준비금의 승계】

①「법인세법」제61조 제1항의 규정에 의한 세무조정에 따라 손금에 산입한 준비금 상당액을 적립금으로 적립한 법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 당해 적립금을 각 준비금별로 구분하여 합병법인에 승계하는 경우에는 그 준비금 상당액을 피합병법인의 익금에 산입하지 아니한다. <개정 2011.02.01>

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 합병법인이 당해 준비금에 대한 적립금을 주식발행초과금을 계상한 후 『자본금과적립금조정명세서(갑)』 '①자본금과 잉여금 등의 계산'란에 승계된 준비금에 상당하는 적립금을 과목별로 구분하여 표시하고 『○○준비금조정명세서』를 별지 작성하는 경우에는 합병법인이 당해 준비금계정의 금액을 승계한 것으로 본다. <신설 2002.04.15>

나. 관련 예규․판례 등

○ 서면2팀-419, 2006.2.27.

분할 법인이 세무조정에 의하여 손금에 산입한 중소기업 투자 준비금을 법인세법 시행령 제85조의 규정에 따라 분할 신설법인에 승계함에 있어서 분할 신설법인이 당해 준비금에 대한 적립금을 주식발행초과금으로 계상한 후 『자본금과 적립금 조정명세서(갑)』 ‘①자본금과 잉여금 등의 계산’란에 승계된 준비금에 상당하는 적립금을 과목별로 구분하여 표시하고 『중소기업 투자 준비금 조정명세서』를 별지 작성하는 경우에는 분할 신설법인이 당해 준비금 계정의 금액을 승계한 것으로 보는 것입니다.