[관련 참고자료]
1. 사실관계
가. 질의자(이하 당사라 함)는 정유사업을 영위하는 부가가치세 총괄납부자임
나. 본점에서 계약체결 등이 이루어지나 운송 편의를 위해 재화가 사용소비되는 지점사업장으로 인도가 이루어진 매입거래에 대해 본점에서 세금계산서를 교부받고 있으나 당해 사업장에서 교부받는 경우도 있음
다. 당사는 본점과 타 정유사의 본점간에 장기 소비대차 기본 계약을 체결하고 필요에 따라 당사의 본점 또는 지점과 타사의 본점 또는 지점 간에 수시로 유류를 차용하거나 대여하고 있음
라. 위 “다”의 거래과정에서 일부거래에 대해 타사 지점이 당사의 지점으로 하여 세금계산서를 발급하고 부가가치세 신고하였으나 당사는 동 거래를 본점거래로 잘못 인식하여 본점에서 부가가치세 신고를 하고 총괄납부함.
마. 따라서 “당사 본점의 매입”과 “타사 지점의 매출” 및 “당사 지점의 매입”과 “타사 지점의 매출”간 세금계산서 상호 불부합 현상이 발생함
2. 질의내용
총괄납부사업자가 당해 사업자의 본점과 타사업자의 본점간 일괄계약에 의해 이루어진 매입거래 중 타사업자의 지점에서 당해 사업자의 지점으로 하여 세금계산서를 발급하였으나,
당해 사업자는 이를 본점의 부가가치세 신고 시 매입세금계산서합계표에 기재하여 매입세액공제 후 총괄납부하였을 경우
당해 사업자의 본점의 매입세액공제의 타당성 여부
3. 질의내용에 대한 관련법령 및 해석사례
○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】
① 법 제17조제2항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 법 제32조의2제1항에 따른 신용카드매출전표등의 수령명세서(정보처리시스템으로 처리된 전산매체를 포함하며, 이하 "신용카드매출전표등 수령명세서"라 한다)를 「국세기본법 시행령」 제25조제1항에 따라 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우
1의2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 「국세기본법 시행령」 제25조의3에 따라 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우
1의3. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 「국세기본법 시행령」 제25조의4에 따른 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우
1의4. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우
2. 법 제21조에 따른 경정에 있어서 사업자가 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서 또는 법 제32조의2제3항에 따라 발급받은 신용카드매출전표등을 제70조에 규정하는 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우
○ 부가가치세법 제22조 【가산세】
⑤ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 제17조제2항제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
2. 제20조제1항 및 제2항에 따른 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우. 다만, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
3. 제20조제1항 및 제2항에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 경우
○ 부가가치세법 시행령 제70조의3 【가산세】
⑥ 법 제22조제4항 각 호 외의 부분 단서 및 제5항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액"이란 발급하였거나 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다. <개정 2007.2.28, 2010.2.18, 2012.2.2>
⑧ 법 제22조제5항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 제60조제1항제1호 및 제1호의2부터 제1호의4까지의 경우를 말한다.
