1. 질의내용 요약

가. 사실관계

○ 국내은행이 외국법인의 상임대리인인 경우, 은행은 외국법인이 국내에 투자한 주식을 보관·관리하고

 - 상임대리인으로서 동 주식에서 발생한 배당금을 회사로부터 한국예탁결제원을 통하여 수령하여 외국법인에게 지급하며 지급 시 원천징수의무자로의 역할을 수행함

○ 외국법인에 대한 조세조약상 제한세율 적용을 위한 원천징수 절차 특례 규정(법법§98의6, 법령§138의7)에 따라

 - 외국법인이「법인세법」제93조에 따른 국내원천소득에 대하여 조세조약에 따른 제한세율을 적용받으려는 경우에는 제한세율 적용신청서 등을 해당 국내원천소득을 지급받기 전까지 원천징수의무자에게 제출하여야 하나

 -외국법인이 이를 제출하지 못하거나 제출된 서류로 실질귀속자를 파악할 수 없는 등의 사유로 인하여 원천징수의무자가 소득 지급시 제한세율을 적용하지 아니하고 같은 법 제98조제1항에 따라 원천징수한 후

 - 실질귀속자인 외국법인이 해당 원천징수세액의 납부일(다음달10일) 이전에 신청서를 제출하는 경우 또는 소득지급 전에 제출한 신청서가 미비하여 이후 원천징수세액의 납부일 이전에 다시 보완 제출하는 경우 또는 원천징수세액의 납부일 이후에 신청서를 제출하는 경우가 있을 수 있음

 -한편, 실질귀속자인 외국법인이 제한세율을 적용받고자 하는 경우에는 세액이 원천징수된 날이 속하는 달의 말일부터 3년 이내에 원천징수의무자의 납세지 관할세무서장에게 경정청구할 수 있는 것으로 규정하고 있음

나. 질의요지

○ 외국법인이 국내원천소득을 지급받기 전까지 원천징수의무자에게 제한세율적용신청서를 제출하지 아니하는 등의 사유로 국내세법에 따라 원천징수된 경우 실질귀속자인 외국법인이 제한세율을 적용받기 위한 방법

 - 아래의 사실관계와 같이 신청서가 제출되는 경우 원천징수의무자가 실질귀속자에게 환급(조정환급) 또는 경정청구할 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

○ 법인세법 제98조의 6 【외국법인에 대한 조세조약상 제한세율 적용을 위한 원천징수 절차 특례】

① 제93조에 따른 국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 외국법인(이하 이 조에서 “실질귀속자”라 한다)이 조세조약에 따른 제한세율(이하 이 조에서 “제한세율”이라 한다)을 적용받으려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제한세율 적용신청서를 제98조 제1항에 따른 원천징수의무자(이하 이 조에서 “원천징수의무자”라 한다)에게 제출하여야 한다. (2011.12.31.신설)

② 제1항을 적용할 때 해당 국내원천소득이 대통령령으로 정하는 국외투자기구(이하 이 조에서 “국외투자기구”라 한다)를 통하여 지급되는 경우에는 그 국외투자기구가 대통령령으로 정하는 바에 따라 실질귀속자로부터 제한세율 적용신청서를 제출받아 그 명세가 포함된 국외투자기구 신고서를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. (2011.12.31.신설)

③원천징수의무자는 실질귀속자 또는 국외투자기구로부터 제한세율 적용신청서 또는 국외투자기구 신고서를 제출받지 못하거나 제출된 서류를 통해서는 실질귀속자를 파악할 수 없는 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 제한세율을 적용하지 아니하고 제98조제1항 각 호의 금액을 원천징수하여야 한다.(2011.12.31.신설)

④제3항에 따라 제한세율을 적용받지 못한 실질귀속자가 제한세율을 적용받으려는 경우에는 제3항에 따라 세액이 원천징수된 날이 속하는 달의 말일부터 3년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수의무자의 납세지 관할 세무서장에게 경정을 청구할 수 있다. (2011.12.31.신설)

⑤제4항에 따라 경정을 청구받은 세무서장은 청구를 받은 날부터 6개월 이내에 과세표준과 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 청구인에게 알려야 한다.(2011.12.31.신설)

⑥제1항부터 제5항까지에서 규정된 사항 외에 제한세율 적용신청서 및 국외투자기구 신고서 등 관련 서류의 제출 방법ㆍ절차, 제출된 서류의 보관의무, 경정청구 방법ㆍ절차 등 제한세율 적용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(2011.12.31.신설)

○ 법인세법 시행령 제138조의 7 【외국법인에 대한 조세조약상 제한세율 적용을 위한 원천징수절차 특례】(2012.2.2.신설)

① 법 제98조의 6 제1항에 따라 제한세율을 적용받으려는 국내원천소득의 실질귀속자는 기획재정부령으로 정하는 국내원천소득 제한세율 적용신청서(이하 이 조에서 “제한세율 적용신청서”라 한다)를 해당 국내원천소득을 지급받기 전까지 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제296조 제5호에 따른 외국예탁결제기관이 같은 법 제294조에 따른 한국예탁결제원에 개설한 계좌를 통하여 지급받는 국내원천소득의 경우에는 제한세율 적용 신청서를 제출하지 아니할 수 있다.

②법 제98조의 6 제2항에서 “대통령령으로 정하는 국외투자기구”란 투자권유를 하여 모은 금전 등을 재산적 가치가 있는 투자대상자산을 취득, 처분 또는 그 밖의 방법으로 운용하고 그 결과를 투자자에게 배분하여 귀속시키는 투자행위를 하는 기구로서 국외에서 설립된 것(이하 “국외투자기구”라 한다)을 말한다.

③ 제1항을 적용할 때 국내원천소득이 국외투자기구를 통하여 지급되는 경우에는 해당 국외투자기구가 실질귀속자로부터 제한세율 적용 신청서를 제출받아 기획재정부령으로 정하는 국외투자기구 신고서(이하 이 조에서 “국외투자기구 신고서”라 한다)에 실질귀속자 명세를 첨부하여 국내원천소득을 지급받기 전까지 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 국외투자기구(이하 이 조에서 “국외공모집합투자기구”라 한다)로서 각 호의 사항을 확인할 수 있는 서류와 해당 국외투자기구의 국가별 실질귀속자의 수 및 총투자금액 명세를 국외투자기구 신고서에 첨부하여 제출한 경우에는 그러하지 아니하다.

  (각 호 생략)

⑦법 제98조의 6 제3항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나의 사유를 말한다. 이 경우 제2호 또는 제3호는 그 사유가 발생한 부분으로 한정한다.

1. 제한세율적용신청서 또는 국외투자기구신고서를 제출받지 못한 경우

2. 제출된 제한세율 적용신청서 또는 국외투자기구 신고서에 기재된 내용의 보완 요구에 응하지 아니하는 경우

3. 제출된 제한세율 적용신청서 또는 국외투자기구 신고서를 통해서는 실질귀속자를 파악할 수 없는 경우(국외공모집합투자기구는 제외한다)

⑧ 원천징수의무자 및 국외투자기구는 제한세율 적용신청서, 국외투자기구 신고서 등 관련 자료를 법 제98조 제1항에 따른 원천징수세액의 납부기한 다음날부터 5년간 보관하여야 하고, 원천징수의무자의 납세지 관할세무서장이 그 제출을 요구하는 경우에는 이를 제출하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제138조의 8 【외국법인에 대한 조세조약상 제한세율 적용을 위한 경정청구 절차】

① 법 제98조의6제4항에 따라 경정을 청구하려는 자는 원천징수의무자의 납세지 관할세무서장에게 기획재정부령으로 정하는 제한세율 적용을 위한 경정청구서에 국내원천소득의 실질귀속자임을 입증할 수 있는 다음 각 호의 서류를 첨부하여 경정을 청구하여야 한다. 이 경우 증명서류는 한글번역본과 함께 제출하여야 하되, 국세청장이 인정하는 경우에는 영문으로 작성된 서류만을 제출할 수 있다.

1. 제138조의7 제1항에 따른 제한세율 적용신청서

2.해당 실질귀속자 거주지국의 권한 있는 당국이 발급하는 거주자 증명서

② 제1항에 따른 경정청구 절차에 관하여는 제138조의 6 제2항부터 제4항까지의 규정을 준용한다.

○ 법인세법 시행령 제138조의6 【조세조약상의 비과세ㆍ면제 또는 제한세율 적용을 위한 경정청구 절차】

① 법 제98조의5제2항의 규정에 따라 경정을 청구하고자 하는 자는 원천징수의무자의 납세지 관할 세무서장에게 기획재정부령이 정하는 원천징수특례적용을 위한 경정청구서에 제138조의5제1항제1호 내지 제9호의 서류를 첨부하여 경정을 청구하여야 한다. 이 경우 증빙서류는 한글번역본과 함께 제출하여야 하며 국세청장이 인정하는 경우에는 영문으로 작성된 서류만을 제출할 수 있다.

② 세무서장은 제1항에 따라 경정청구를 한 국내원천소득을 수취한 자가 해당 국내원천소득의 실질귀속자에 해당하는 경우에는 경정하여야 한다.

③ 제1항의 경정청구를 받은 세무서장은 경정청구의 내용에 대하여 보정할 필요가 있다고 인정되는 때에는 30일 이내의 기간을 정하여 보정할 것을 요구할 수 있다. 이 경우 보정기간은 법 제98조의5 제3항의 규정에 따른 기간에 산입하지 아니한다.

④ 제3항의 규정에 따른 보정요구는 다음 각 호의 사항을 기재한 문서로 하여야 한다.

  1. 보정할 사항

  2. 보정을 요구하는 이유

  3. 보정할 기간

  4. 그 밖에 필요한 사항

○ 법인세법 제98조【외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례】

① 외국법인에 대하여 제93조제1호·제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조제7호에 따른 소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외)는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.(단서생략)

3. 제93조제1호(이자)·제2호(배당)·제8호(사용료) 및 제10호(기타소득)에 따른 소득 : 그 지급액의 100분의 20. 다만, 제93조제1호의 소득 중 국가, 지방자치단체 및 내국법인이 발행하는 채권에서 발생하는 이자소득의 경우에는 그 지급액의 100분의 14로 한다.

○ 국세기본법 제3조 【세법 등과의 관계】

① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법에서 이 법 제2장제1절, 제3장제2절ㆍ제3절ㆍ제4절제26조(「조세특례제한법」제99조의5에따른납부의무소멸특례만 해당한다) 및 제5절, 제4장제2절(「조세특례제한법」제104조의7제4항에 따른 제2차 납세의무만 해당한다), 제5장제1절ㆍ제2절제45조의2ㆍ제2절제45조의3(「법인세법」제62조에 따른 비영리내국법인의 과세표준신고의 특례만 해당한다)ㆍ제3절(「조세특례제한법」제100조의10 및 같은 법 제100조의34에 따른 가산세만 해당한다), 제6장제51조 및 제52조와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법에서 정하는 바에 따른다.

○ 국세기본법 제45조의 2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. (단서 생략)

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

④ 「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 “원천징수대상자”라 한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”는 “연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고「소득세법」 제164조, 제164조의2 및「법인세법」제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수 의무자 또는 원천징수대상자”로, 제1항 각 호 외의 부분 중 “법정신고기한이 지난 후”는 “연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후”로, 제1항 제1호 중 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액”은 “원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액”으로, 제1항 제2호 중 “과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액”은 “원천징수영수증에 기재된 환급세액”으로 본다.

3. 원천징수의무자가 「법인세법」 제98조에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 같은 법 제120조 또는 제120조의 2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우

○ 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】

⑤ 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 세액에서 환급받을 환급세액이 있는 경우 그 환급액은 그 원천징수의무자가 원천징수하여 납부하여야 할 세액에 충당(다른 세목의 원천징수세액에의 충당은 「소득세법」에 따른 원천징수이행상황신고서에 그 충당ㆍ조정명세를 적어 신고한 경우에만 할 수 있다)하고 남은 금액을 환급한다. 다만, 그 원천징수의무자가 그 환급액을 즉시 환급해 줄 것을 요구하는 경우나 원천징수하여 납부하여야 할 세액이 없는 경우에는 즉시 환급한다.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법규과-2039, 2008.05.09.

  「법인세법」제98조의5제2항 규정에 의한 경정을 청구할 수 있는 법인은 같은 법 제98조의5제1항에서 규정한 국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 법인으로서 당해 소득을 직접 또는 간접적으로 수취하는 법인을 의미하는 것임

○ 서삼46019-11664, 2002.10.05

  원천징수하여 납부하는 세액간에는 국세기본법 제51조 제4항(현, 제5항)에 의거 조정이 가능하나 원천징수납부세액과 같은 법 제51조 제1항에 의거 환급되는 세액간에는 상계조정이 되지 않는 것임