1. 사실관계
○ 갑법인은 을법인, 병법인을 구성원으로 하는 갑 컨소시엄(이하 “컨소시엄”이라 함)의 대표 주간사임
○ 컨소시엄은 **지하철 1호선 **역 재개발사업(이하 “쟁점사업”이라 함)의 사업시행자로 선정되어 **교통공사(이하 “교통공사”라 함)와 쟁점사업 실시협약을 체결함(2010.04.20.)
○ 컨소시엄은 **역사 시설과 상가시설(이하 “쟁점시설”이라 함)을 준공한 후 그 소유권을 이전하고(2012.8월)
- 쟁점시설 중 상가시설과 기존 상가에 대하여 20년간의 관리운영권을 부여받으며 교통공사에 사용료를 납부하기로 함
○ 교통공사와 컨소시엄 간 쟁점사업 실시협약의 주요내용
- 사업시행자인 컨소시엄의 구성원은 본 사업의 권리․의무에 대하여 공동연대책임을 부담함
- 소유권 귀속 : 사업시행자는 공사준공 후 지체없이 쟁점시설에 대한 기부채납절차를 이행하여 부가세를 포함한 금액으로 교통공사에 쟁점시설에 대한 소유권을 이전함
- 관리운영권은 사업시행자가 쟁점시설 중 상가 운영에 필요한 시설물을 사용․수익, 유지․보수, 관리․운영을 할 수 있는 권리로서 그 설정기간은 20년 이내임
- 사업시행자는 개별점포를 직접 운영하거나 타인에게 임대할 수 있고 시설 내에 광고․자판기 등의 수익사업을 할 수 있음
- 사용료 : 사업시행자는 관리운영권을 부여받는 대가로 교통공사에 소정의 사용료를 납부함
○ 갑과 을, 병의 컨소시엄 협약 내용
- 목적 : 본 협약은 협약당사자가 쟁점사업을 위한 시공․운영 등에 관해 공동 연대하여 사업을 약속하는 것임
- 컨소시엄의 대표주간사(신청인)는 컨소시엄을 대표하며 쟁점사업의 재산관리 및 대금청구 등의 권한을 가짐
- 책임 : 컨소시엄 구성원은 교통공사와의 실시협약상의 의무이행에 대하여 연대하여 책임을 짐
- 출자비율 : 갑 40%, 을 30%, 병 30%
- 손익의 배분 : 본 협약을 이행한 후 이익․손실이 발생한 경우 출자비율에 따라 배당하거나 분담함
- 구성원은 본 협약에 따른 권리․의무를 제3자에게 양도할 수 없음
2. 질의내용
○ 사업자가 컨소시엄을 구성하여 도시철도공사와 도시철도 역사 재개발사업에 대한 실시협약을 체결하고 도시철도 역사시설과 역사 내 상가시설을 준공하여 도시철도공사에 기부채납 하는 경우
- 세금계산서를 발급하여야 하는 자는 누구인지?
- 도시철도 건설용역의 공급으로 보아 영세율을 적용할 수 있는지 여부
3. 관련 법령
○ 부가가치세법 제2조 【납세의무자】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자
○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.
○ 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.
○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가
2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】
① 법 제13조제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.
⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다.
⑥ 「공유수면매립법」에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다.
○ 조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율의 적용】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다.(이하 생략)
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역
가. 국가 및 지방자치단체
나. 「도시철도법」의 적용을 받는 도시철도공사(지방자치단체의 조례에 따라 도시철도를 건설할 수 있는 경우로 한정한다)
다. 「한국철도시설공단법」에 따른 한국철도시설공단
라. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제7호에 따른 사업시행자
