1. 질의내용 요약

가. 사실관계

○ ××××부는 연구비의 투명하고 효율적인 관리를 위하여 ’10.6월부터 은행․카드사․국세청과 연계하여 연구비를 온라인으로 집행․정산하는 시스템(Real-time Cash Management System)을 구축하여 운영함

○ RCMS의 도입으로 연구비 지급방식이 ‘연구기관 계좌로의 일괄지급’에서 ‘전담기관^* 계좌에 예치 후 사용시점별로 실시간 지급’하는 방식으로 변경되었고

  * ××××부로부터 위탁받아 정부 R&D사업을 관리하는 기관

- 이에 따라 연구기관에서 사용할 연구비가 전담기관 명의의 RCMS계좌에 머물러 이자수입이 발생하였으며

- RCMS 계좌에서 발생한 수입이자 중 정부출연금 이자는 국고로 반납하고, 민간부담금 이자는 연구기관에 반환함

○ 전담기관 명의의 RCMS 계좌에는 수천개 연구기관의 연구비가 통합관리되고 있으며, RCMS 시스템 상에서는 각 연구기관별 발생이자를 구분하여 관리하나

- 은행에서는 RCMS 계좌별로 정부출연금 및 민간부담금(연구기관 귀속분) 비율을 알 수 없으므로, 은행에서 각 연구기관별로 이자소득에 대한 원천징수를 하는 것은 불가능한 상황임

○ 따라서 이자소득의 명의자(전담기관)와 실질귀속자(연구기관)가 다른 상황이 발생함에 따라, 전담기관이 연구기관에 'RCMS 원천징수세액 확인서^*(이자소득금액 및 원천징수세액 표기)'를 발급함으로써,

  * ××××부 산하 준정부기관인 전담기관장의 명의로 발급

- 이자소득의 실질 귀속자인 연구기관이 법인세 신고시 동 원천징수세액을 기납부세액으로 공제받을 수 있도록 하고자 함.

나. 질의요지

○ 전담기관 명의로 원천징수된 세액을 동 이자수입의 실질적인 귀속자인 각 연구기관의 기납부세액으로 공제받을 수 있는지 여부

○ 전담기관이 발급한 원천징수세액 확인서를 이용하여 각 연구기관의 법인세 신고시 동 원천징수세액을 기납부세액으로 공제받을 수 있는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

○ 법인세법 제4조【실질과세】

① 자산이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득·수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 법인세법 제73조【원천징수】

① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)가 그 금액을 지급하는 경우에는 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」 제16조제1항제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

1. 「소득세법」 제127조제1항제1호의 이자소득금액

○ 법인세법 제74조【원천징수영수증의 발급】

① 제73조에 따라 원천징수의무자가 납세의무자로부터 법인세를 원천징수한 경우에는 그 납세의무자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수영수증을 발급하여야 한다.

② 제1항을 적용할 때 제73조제8항에 따라 원천징수대상채권등의 매도에 따른 이자 상당액에 대한 원천징수의무자가 납세의무자로서 납부한 법인세액에 대하여는 해당 법인을 납세의무자로 본다.

③ 제1항에 따른 원천징수영수증 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제117조【원천징수영수증의 교부】

① 법 제74조제1항의 규정에 의한 원천징수영수증의 교부에 관하여는 「소득세법 시행령」 제193조의 규정을 준용한다.

② 제1항의 규정은 선이자지급방식의 채권등에 대한 이자소득을 지급하는 법인이 원천징수한 법인세액에 대한 원천징수영수증의 교부에 대하여도 이를 적용한다.

○ 소득세법 시행령 제193조【원천징수영수증의 교부】

①, ② 삭제 <2010.12.30>

③ 법 제133조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 통지하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 이 경우 지급받은 이자소득 및 배당소득의 연간합계액과 원천징수세액명세 및 원천징수의무자의 사업자등록번호와 그 상호 또는 법인명(이하 이 조에서 "사업자등록번호등"이라 한다)을 기재하거나 통보하는 때에도 원천징수영수증을 교부한 것으로 본다.

1. 금융회사 등이 이자소득이나 배당소득을 받은 자의 통장 또는 금융거래명세서에 그 지급내용과 원천징수의무자의 사업자등록번호 등을 기재하여 통보하는 경우

2. 금융회사 등이 이자소득이나 배당소득을 받는 자로부터 신청을 받아 그 지급내용과 원천징수의무자의 사업자등록번호 등을 우편, 전자계산조직을 이용한 정보통신 또는 모사전송으로 통보하여 주는 경우

○ 산업기술혁신 촉진법 제11조【산업기술개발사업】

④ 지식경제부장관은 산업기술개발사업을 효율적으로 추진하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 제39조에 따른 한국산업기술평가관리원, 그 밖에 대통령령으로 정하는 기관ㆍ단체로 하여금 산업기술개발사업의 과제기획ㆍ관리 및 평가(이하 이 조에서 "기획등"이라 한다)에 관한 업무를 대행하게 할 수 있다. 이 경우 지식경제부장관은 기획등을 대행하는 자(이하 "전담기관"이라 한다)에 대하여 기획등의 수행에 드는 비용의 전부 또는 일부를 출연 또는 보조할 수 있다.

○ 서면2팀-2647, 2004.12.16

귀 질의의 경우와 같이 금융자산과 해당 금융자산으로부터 발생하는 이자소득의 명의상 귀속자와 실지귀속자가 다른 경우 해당 이자소득에 대한 원천징수세액은 실지귀속자의 기납부세액으로 공제하여야 하는 것임.

○ 서면2팀-2114, 2005.12.20

법인세법 제4조 【실질과세】의 규정에 따라 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 법인세법을 적용하는 것으로,

귀 질의와 같이 금융자산으로부터 발생하는 이자소득의 명의상 귀속자와 실지귀속자가 다른 경우 해당 이자소득에 대한 원천징수세액은 실지귀속자의 기납부세액으로 공제하여야 하는 것으로, 그 거래의 실질내용은 건전한 사회통념, 통상 사인간의 상관행(지급조건, 지급방법 등을 포함) 및 구체적인 정황을 기준으로 판단하는 것이며

원천징수의무자가 명의자를 소득자로 원천징수한 경우 당해 실질소득귀속자는 원천징수의무자에게 소득귀속의 실질을 확인할 수 있는 서류 등을 제시하여 정정을 요청할 수 있는 것임.

(질의내용)

甲법인이 乙법인을 인수하는 과정에 인수대금을 乙법인 명의의 통장에 예치하고 동 예치금에서 발생한 이자는 甲법인에게 귀속되는 것으로 계약을 한 경우 이자소득의 귀속자 및 원천징수 방법