[관련 참고자료]
1. 사실관계
가. 질의자(이하 당사라 함)는 사료를 도소매하는 법인임
(1) 축산 농민들에게 소매로 사료를 판매하고 조세특례제한법 제105조에 따라 영세율로 세금계산서를 발급하여 왔음
(2) AA영농조합법인과의 거래 시 축산업을 영위하는 것으로 판단하고 영세율 세금계산서를 발급하였으나, AA영농조합법인은 사료 제조업을 영위하는 회사임
나. 당사는 AA영농조합법인에 잘못 발급된 세금계산서에 대해 2012.7.1.이후 세법개정된 수정세금계산서 발급 사유에 해당된다고 보아 수정세금계산서를 발급하고자 함
2. 질의내용
2012.7.1.이전에 착오로 세율을 잘못 적용하여 발급한 영세율세금계산서에 대해 수정세금계산서를 발급할 수 있는지 여부
3. 관련된 법령
○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】
① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항
○ 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차】
① 법 제16조제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우 : 재화가 환입된 날을 작성일자로 적고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.
2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 : 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.
3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.
4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우 : 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 발급한다.
5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.
가. 세무조사의 통지를 받은 경우
나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우
라. 그 밖에 가목부터 다목까지에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우
6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우: 재화 및 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.
7. 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우: 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 부(負)의 표시를 하여 발급한다.
8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.
9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다.
○ 부가가치세법 시행령 부칙 제1조 【시행일】 <제23595호,2012.2.2>
이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제57조제1항제7호 및 제79조의2제1항제6호의7의 개정규정은 2012년 4월 1일부터 시행하고, 제19조제3항ㆍ제4항, 제26조제1항제1호, 제29조제7호ㆍ제7호의2, 제38조, 제53조제4항 각 호 외의 부분 후단, 제53조의2제6항, 제57조제1항제1호의2, 제58조제15항, 제59조제1항, 제67조의2, 제74조제2항, 제79조의2제1항제4호, 제85조 및 제85조의2의 개정규정은 2012년 7월 1일부터 시행한다.
○ 부가가치세법 시행령 부칙 제7조 【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차에 관한 적용례】
제59조제1항의 개정규정은 2012년 7월 1일 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 생기는 분부터 적용한다.
