[관련 참고자료]

1. 사실관계

 - 당사는 2008년 5월 공장건물과 공장용지를 매각하면서 매매계약서에 부가세 별도로 건물, 토지가액을 구분하여 기재하였음.

 - 매매계약서상 총 양도금액 13억(건물 8천만원, 토지 12억2천만원)

 - 현재 다시 건물을 짓는다고 해도 건축비가 4억이상 들어가며, 세무서에서 계산한 건물기준시가도 4억이 넘는 것으로, 양도소득세를 신고하니 건물양도가액이 현저하게 낮다는 사유로 양도소득세 경정고지하였음.

2. 질의내용

 - 위 경우 경정된 건물양도가액으로 부가가치세 수정신고를 하여야 하는지 또는 계약서에 실재 기재된 금액으로 부가가치세를 신고하였기에 수정신고를 하지 않아도 되는지 여부

3. 관련된 법령

 ○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

  ⑤ 제1항부터 제4항까지 외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제48조의 2 【과세표준의 안분계산】

  ④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

   1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

   2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

   3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.