1. 사실관계

○ □□□은 △△주유소를 경영하고 있는 석유판매업자로 「조세특례제한법」제106조의2에 따라 ⓛ부가가치세 ②개별소비세, 교통․에너지․환경세, 교육세 및 자동차세(이하󰡒감면세액󰡓이라 한다)가 과세된 석유류를 공급받아

 - 농․어민 등에게 면세유를 공급하고 이에 대한 감면세액을 사업장 관할세무서에 신청하여 환급받고 있음

2. 신청내용

○ 석유판매업자가 「조세특례제한법」제106조의2에 따라 농․어민 등에게 석유류를 공급하고 「농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정」제15조의2에 따라 개별소비세, 교통․에너지․환경세 등의 감면세액을 환급받는 경우

 - 해당 감면세액 환급금의 총수입금액 산입여부와 취득원가 차감 여부

3. 관련 법령

○ 소득세법 제24조 【총수입금액의 계산】

① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

○ 소득세법 제26조 【총수입금액 불산입】

⑩ 「조세특례제한법」제106조의2제2항에 따라 석유판매업자가 환급받은 세액은 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액에 산입하지 아니한다.

○ 소득세법 제27조 【사업소득의 필요경비의 계산】

① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

 ② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

 ③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 제106조의2 【농업ㆍ임업ㆍ어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 석유류(「석유 및 석유대체연료 사업법」에 따른 석유제품을 말한다. 이하 이 조에서 "면세유"라 한다)에 대해서는 2015년 12월 31일까지 공급하는 것에 대한 부가가치세와 제조장 또는 보세구역에서 반출되는 것에 대한 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 자동차 주행에 대한 자동차세(이하 이 조에서 "자동차세"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 면제한다.(2011.12.31. 개정)

 1. 대통령령으로 정하는 농민, 임업에 종사하는 자 및 어민(이하 이 조에서 "농어민등"이라 한다)이 농업ㆍ임업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류로서 대통령령으로 정하는 것

  2. 연안을 운항하는 여객선박 (「관광진흥법」제2조에 따른 관광사업 목적으로 사용되는 여객선박은 제외한다)에 사용할 목적으로 「한국해운조합법」에 따라 설립된 한국해운조합에 직접 공급하는 석유류

 ② 주유소 등 대통령령으로 정하는 석유판매업자(이하 이 조에서 "석유판매업자"라 한다)가 부가가치세, 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 자동차세가 과세된 석유류를 공급받아 농어민등에게 공급한 석유류가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 석유판매업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여 면제되는 세액을 환급받거나 납부 또는 징수할 세액에서 공제받을 수 있다.

○ 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정 제15조의2 【석유판매업자의 환급신청 등】

① 법 제106조의2제2항에서 "대통령령으로 정하는 석유판매업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  1. 「석유 및 석유대체연료 사업법」제2조제7호부터 제9호까지의 규정에 따른 석유정제업자ㆍ석유수출입업자 또는 석유판매업자

  2. 「액화석유가스의 안전관리 및 사업법」제2조제3호ㆍ제7호 및 같은 법 제27조제2항에 따른 액화석유가스 충전사업자, 액화석유가스 판매사업자 및 액화석유가스 특정사용자

  3. 「고압가스 안전관리법」 제4조에 따른 고압가스제조자

 ② 제1항에 해당하는 자(이하 "석유판매업자"라 한다)가 법 제106조의2제1항에 따라 부가가치세를 면제 또는 감면받거나 같은 조 제2항에 따라 부가가치세의 감면세액을 환급 또는 공제받으려면 농ㆍ어민등 또는 「한국해운조합법」에 따른 한국해운조합에 공급한 해당 석유류를 구입하는 때에 부담한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보아 부가가치세를 신고하여야 한다.

 ③ 석유판매업자가 법 제106조의2제2항에 따라 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 주행세의 감면세액을 환급받으려면 농ㆍ어민등에게 매월 공급한 면세유의 석유제품별 수량 및 환급세액 등이 기재된 기획재정부령으로 정하는 신청서에 국세청장이 정하는 면세유류공급명세서를 첨부하여 다음 달 15일까지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④ 제3항에 따라 환급신청을 받은 세무서장은 그 달의 말일까지 석유판매업자에게 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 교육세의 감면세액을 환급하여야 한다.

 ⑤ 세무서장이 제4항에 따라 석유판매업자에게 감면세액을 환급한 경우에는 주행세 감면세액의 환급을 위하여 기획재정부령으로 정하는 자료를 환급일의 다음 달 10일까지 울산광역시장에게 통보하여야 한다.

 ⑥ 제5항에 따라 통보를 받은 울산광역시장은 제3항에 따라 환급신청한 날의 다음 달 20일까지 주행세의 감면세액을 석유판매업자에게 환급하여야 한다.

3. 관련 사례

○ 소득세과-724, 2009.5.10

석유판매업을 영위하는 거주자가 「조세특례제한법」제106조의2에 따라 농·어민 등에게 석유류를 공급하고 「농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정」제15조의2 제3항에 따라 감면세액(개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 주행세)을 환급받는 경우, 당해 환급세액은 거주자의 소득금액 계산에 있어서 총수입금액에 산입하지 아니하는 것입니다.