[관련 참고자료]
1. 사실관계
가. 질의자(이하 당사라 함)는 과세와 면세를 겸영하는 대형할인점임
- 당사는 사업자단위과세제도를 채택하고 있어, 세금계산서 비고란에 물류센터, 각 지점 등을 표기하여 사업장을 구분하고 있음
나. 당사는 전국 각지에 소매 점포를 운영하면서 당사의 협력업체로부터 상품을 매입하여 최종소비자에게 판매하고 있음
(1) 협력업체의 상품은 대부분 당사의 물류센터를 경유하여 전국 각 점포에 납품되며, 일부 상품(우유 등)의 경우 협력업체가 직접 각 점포에 납품하기도 함
(2) 당사의 본점에서 발주한 협력업체별 상품이 물류센터로 배송되면 물류센터는 상품 검수 및 검품 활동을 거쳐 각 점포로 배송
(3) 본사에서는 물류센터로 입고된 협력업체의 상품에 대해 입고된 시점에 매입(세금)계산서를 수취함
(4) 배송된 상품은 각 소매 점포에서 소비자에게 판매 시 매출로 인식함
다. 당사의 계열사도 전국 각지에 소매 점포를 두고 당사와 동일한 대형할인점을 운영하고 있음
(1) 당사의 계열사는 별도로 물류센터를 운영하고 있지 않음
(2)일부 당사의 계열사의 협력업체가 계열사 소매 점포에 상품을 납품할 때 당사의 물류센터를 이용하기도 함
(3) 당사의 물류센터에 입고되어 출고되는 위 계열사의 상품에 대해 본사에서는 입고 및 출고시점에 상품매입과 상품매출으로 회계처리(동일한 금액)하고 세금계산서를 수수함
(4) 이때의 물류센터 운영비용에 대해서는 본사에서 서비스대행수수료 명목으로 청구하며 세금계산서를 발급함
라. 협력업체와 당사의 계열사가 당사의 물류센터를 이용하는 경우 물류운송비용 부담
(1) 물류센터까지의 배송비용에 대해서는 각 협력업체가 부담하며
(2)물류센터에 입고된 시점 이후의 배송비용에 대해서는 당사가 부담하게 되나 당해 비용에 대해 협력업체와 당사의 계열사로부터 물류운송수입수수료를 수취하여 보전받고 있음
(3) 당해 물류운송수입수수료는 당해 납품대금의 3.75~4.18%임
(4) 당사는 당사의 물류센터에서 당사의 점포 및 계열사의 점포로 상품을 배송하기 위하여 외주운송업체를 지정하여 운영함
(5) 당사가 외주운송업체에 의뢰하고 지급한 비용에 대해 본점에서는 당사의 물류센터의 외주운송비(질의대상인 매입세액임)로 회계처리하면서 세금계산서를 수취함
마. 물류센터의 일부 공간을 타사에 임대하고 임대수입도 함께 발생되고 있으나 물류운송비와는 무관함
2. 질의내용
○ 전국에 대형할인점을 지점으로 두면서 과세 및 면세상품을 소매하는 사업자단위과세사업자가
- 물류센터에서 각 점포(계열사 점포 포함)까지의 배송을 외주운송업체에 의뢰하고 당해 배송비용을 공통매입세액으로 안분계산하는 경우
- 당해 배송비용을 물류센터에서 발생되는 공통매입세액으로 보아 부가가치세법 시행령 제61조의 매입세액 안분계산을 할 수 있는지 여부
3. 관련된 법령
○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액
○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】
① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.
면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × (면세공급가액÷총공급가액) |
○ 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 【매입세액의 안분계산】
① 영 제61조제1항 및 제3항에서 "총공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, "면세공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.
