[관련 참고자료]

1. 사실관계

가. 질의자는 부동산임대업으로 2009년 12월 XX일에 사업자등록증을 발급받고 2010년 2월 24일에 ☆☆종합건설과 신축건물 공사계약 체결함

 (1) 총 계약금액은 1,595백만원(VAT포함)이며

 (2) 2010년 2월 25일부터 2010년 8월 13일까지 12회에 걸쳐 총 1,336백만원을 지급하고 지급 시마다 세금계산서를 발급받음

 (3) 미지급잔액 259백만원임

나. 질의자는 2010년 9월 20일 경 불성실 시공으로 공사중단시켰으나, ☆☆종합건설은 법원에 공사대금 청구소송 진행하여 ☆☆종합건설이 일부 승소함

 (1) 법원은 259백만원중 미시공 부분을 공제한 132백만원(VAT포함)을 지급하라고 판결함

 (2) 이후 쌍방 항소하지 않았으므로 2012.6.11. 판결 확정됨

다. 2012.7.11. 국세청 사업자등록 상태 조회 서비스 조회 결과 ☆☆종합건설은 “사업을 하고 있지 않습니다.”라고 조회됨

 (1) 질의자는 2012.7.19. 법원 판결금 전부 및 이자를 법원에 공탁함

 (2) 2012.7.20. 질의자는 인천세무서에 ‘매입자발행세금계산서 발급용 거래사실확인신청서’ 제출

2. 질의내용

○ 이 경우 매입자인 질의자가 매입자발행세금계산서를 발급받을 수 있는지 여부

3. 관련된 법령

○ 부가가치세법 제9조 【거래 시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

 1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

 2.재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

 3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】

 법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의2제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 용역을 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

 가. 헬스클럽장 등 스포츠센터를 운영하는 사업자가 연회비를 미리 받고 회원들에게 시설을 이용하게 하는 것

 나. 사업자가 다른 사업자와 상표권 사용계약을 할 때 사용대가 전액을 일시불로 받고 상표권을 사용하게 하는 것

 다. 「노인복지법」에 따른 노인복지시설(유료인 경우에만 해당한다)을 설치ㆍ운영하는 사업자가 그 시설을 분양받은 자로부터 입주 후 수영장ㆍ헬스클럽장 등을 이용하는 대가를 입주 전에 미리 받고 시설 내 수영장ㆍ헬스클럽장 등을 이용하게 하는 것

 라. 그 밖에 가목에서 다목까지의 규정과 유사한 용역

○ 조세특례제한법 제126조의4 【매입자발행세금계산서에의한 매입세액 공제 특례】

① 「부가가치세법」 제16조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제16조에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 「부가가치세법」 제17조제1항 및 제26조제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제121조의4 【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】

② 법 제126조의4제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 「부가가치세법」 제16조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

⑧ 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실여부를 확인하여 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령이 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

 1. 거래사실이 확인되는 경우 : 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

 2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우 : 거래사실 확인불가 통지

⑩ 신청인 관할세무서장으로부터 제8항제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 제8항제1호의 통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로 본다.