1. 질의내용

가. 사실관계

 ○ 甲법인 등은 〇〇〇〇공사와 협약을 맺고 민자휴게소를 건설 운영하고 있는 법인으로

    - 협약내용은 甲법인 등이 휴게소 건설 비용을 부담하고 약정기간(12-15년) 운영후 당해 휴게소 건물을 한국도로공사에 기부채납하는 조건임

 ○ 과세관청은 2007년 〇〇〇〇공사에 대한 세무조사시 자기 토지위에 다른사업자에 대하여 건물을 신축하여 일정기간 사용케하고 그 대가로 건물의 소유권을 취득하는 것은 토지임대로 보아 건물의 신축가액을 운영기간 동안 안분하여 부가가가치세 과세표준에 포함하도록 과세처분하였고

    - 〇〇〇〇공사는 민자휴계소 업체에게 토지임대료 상당액에 대하여 세금계산서를 교부함에 따라 이 세금계산서를 수취하여 부가가치세를 매입세액 공제하고 신고함

 ○ 〇〇〇〇공사는 상기 과세처분에 불복하여 소송을 제기하여 2011.6월 대법원 승소판결(당초 발행한 세금계산서를 취소)을 받음

    - 판결에 따라 甲법인 등은 매입세액 공제부분에 대하여 수정신고의무가 발생하게 됨

나. 질의요지

 ○ 부가가치세 수정신고의 원인행위가 국가에 있는 경우 부가가치세 수정신고시 가산세 감면의 정당한 사유에 해당되는지 여부

2. 관련법령

○ 국세기본법 제47조 【가산세 부과】

① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

○ 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

3. 관련사례

○ 징세과-1388, 2009.03.11.

 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 ‘정당한 사유’가 있는 때에는 「국세기본법」제48조 제1항에 의하여 해당 가산세를 부과하지 아니하는 바, 이때의 ‘정당한 사유’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때를 말하는 것으로 이에 해당되는지 여부는 개별적 사안에 따라 판단하는 것입니다.